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遗丶失

铜虫 (小有名气)

[求助] 如何将自己的氨基酸序列转换获得.pdb格式文件 已有1人参与

小弟最近需要进行蛋白三级结构的模拟建模,使用的软件是pymol、rasmol,但是这两个软件都是识别.pdb格式的蛋白序列文档,有没有大神教教我如何将自己手头上的氨基酸序列(.fasta)转换成可以被建模软件识别的.pdb格式,谢谢
注:1.本人手头上的序列在PDB,ncbi等数据库比对后未找到已有的数据;
       2.尝试了使用OpenBABEL进行转换,不知道是哪里没有设置好转换出来的用pymol、rasmol读取后都是直线型,下了一个GFP的.fasta和.pdb作为对照,转换
          后也是直线型与直接下的.pdb不一致。
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ghst110

银虫 (正式写手)


西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2018-09-22 10:29:48
swiss model,同源建模,把你氨基酸序列输入,结果中可以现在pdb文件的蛋白结构文件

发自小木虫Android客户端
*才随遇长,识以穷精*
2楼2018-09-13 12:26:15
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遗丶失

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by ghst110 at 2018-09-13 12:26:15
swiss model,同源建模,把你氨基酸序列输入,结果中可以现在pdb文件的蛋白结构文件

试过,但是建不出来,似乎找不到同源的
3楼2018-09-13 12:32:41
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白话八股

金虫 (正式写手)

没有结构只能同源建模,swissmodel或者modeller

发自小木虫Android客户端
最爱的那个人会出现在身边。
4楼2018-09-13 17:26:26
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张小萌123

新虫 (初入文坛)

西门吹雪170: 应助指数-1, 无应助 2018-09-22 10:30:16
请问楼主找到解决的办法了么?和你的问题一样,Swiss modle没办法模拟出来
5楼2018-09-21 08:51:59
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遗丶失

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 张小萌123 at 2018-09-21 08:51:59
请问楼主找到解决的办法了么?和你的问题一样,Swiss modle没办法模拟出来

没有,似乎目前无解

发自小木虫Android客户端
6楼2018-09-21 14:31:45
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