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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 如何将自己的氨基酸序列转换获得.pdb格式文件
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遗丶失

铜虫 (小有名气)

[求助] 如何将自己的氨基酸序列转换获得.pdb格式文件 已有1人参与

小弟最近需要进行蛋白三级结构的模拟建模，使用的软件是pymol、rasmol，但是这两个软件都是识别.pdb格式的蛋白序列文档，有没有大神教教我如何将自己手头上的氨基酸序列（.fasta）转换成可以被建模软件识别的.pdb格式，谢谢
注：1.本人手头上的序列在PDB，ncbi等数据库比对后未找到已有的数据；
       2.尝试了使用OpenBABEL进行转换，不知道是哪里没有设置好转换出来的用pymol、rasmol读取后都是直线型，下了一个GFP的.fasta和.pdb作为对照，转换
          后也是直线型与直接下的.pdb不一致。
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1楼 2018-09-13 12:19:40
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遗丶失

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 张小萌123 at 2018-09-21 08:51:59
请问楼主找到解决的办法了么？和你的问题一样，Swiss modle没办法模拟出来

没有，似乎目前无解

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6楼2018-09-21 14:31:45
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ghst110

银虫 (正式写手)
★
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2018-09-22 10:29:48
swiss model，同源建模，把你氨基酸序列输入，结果中可以现在pdb文件的蛋白结构文件

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*才随遇长，识以穷精*
2楼2018-09-13 12:26:15
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遗丶失

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ghst110 at 2018-09-13 12:26:15
swiss model，同源建模，把你氨基酸序列输入，结果中可以现在pdb文件的蛋白结构文件

试过，但是建不出来，似乎找不到同源的
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3楼2018-09-13 12:32:41
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白话八股

金虫 (正式写手)
没有结构只能同源建模，swissmodel或者modeller

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最爱的那个人会出现在身边。
4楼2018-09-13 17:26:26
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