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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 二代测序数据由于样品问题存在两个物种的数据，是否有必要进行加测数据
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kkkkk76

新虫 (小有名气)

[求助] 二代测序数据由于样品问题存在两个物种的数据，是否有必要进行加测数据 已有1人参与

最近做了一个二代测序，由于样品问题会存在两个物种的基因组，测序结果reads mapping一个在20%，另一个70%左右，是否需要对含量较少的数据进行补测，公司说数据量不够对后续分析会有影响，想问问各位大神是否有必要补测，以及补测数据量的标准如何确定，谢谢！！！
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1楼 2018-07-09 21:57:37
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602059625

金虫 (知名作家)
★ ★ ★
drwhoknowss: 金币+3, 鼓励交流 2018-07-10 22:33:25
看得到的数据量，一般覆盖20倍足够了，也就是如果基因组大小是100M，就要测2G数据。
更直观的办法是，用IGV打开比对后的bam文件，看基因组各个位置有没有覆盖到。
其实只是比对reads还是很容易的，Bioinformatics_and_Functional_Genomics_3rd_edition_2015，第9章，照着做一遍就会了，现在windows 10也自带linux，
不然很吃亏，任由公司摆布

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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kkkkk76
[url=http://ip.WoTuLa.com][img]http://i.WoTuLa.com/note.png?name=填写姓名&say=这里填写您想说的内容。[/img][/url]
6楼2018-07-10 19:08:13
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drwhoknowss

荣誉版主 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
需不需要补测是由最终的coverage depth 决定的。
一般在测序前会定一个测序的目标，比如，需要多少深度才能回答你测序想要回答的问题。
然后决定多少数据，预计多少coverage depth。
如果你现在的数据量达到目标，不用补测。如果不能达到目标，要做好计划，保证补测达到目的。
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Progress in science depends on new techniques, new discoveries and new ideas, probably in that order. -- Nobel laureate Sydney Brenner
7楼2018-07-10 22:38:58
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普通回帖

kkkkk76

新虫 (小有名气)
顶上去，100金币求大神回复
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2楼2018-07-10 09:44:56
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在水壹方

新虫 (小有名气)
那应该是样品有其他物种污染，

发自小木虫Android客户端
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3楼2018-07-10 10:12:24
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在水壹方

新虫 (小有名气)
数据量不足肯定是有影响的，要补测

发自小木虫Android客户端
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4楼2018-07-10 10:12:51
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kkkkk76

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 在水壹方 at 2018-07-10 10:12:51
数据量不足肯定是有影响的，要补测

数据量不足会产生什么样的影响呢？补测量又该如何确定呢？
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5楼2018-07-10 17:00:16
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kkkkk76

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by 602059625 at 2018-07-10 19:08:13
看得到的数据量，一般覆盖20倍足够了，也就是如果基因组大小是100M，就要测2G数据。
更直观的办法是，用IGV打开比对后的bam文件，看基因组各个位置有没有覆盖到。
其实只是比对reads还是很容易的，Bioinformatics ...

谢谢解惑，确实任由公司摆布，第一次做就当交学费了，不知道您的回帖为什么不能给金币，只能送花了
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8楼2018-07-11 20:05:28
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kkkkk76

新虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by drwhoknowss at 2018-07-10 22:38:58
需不需要补测是由最终的coverage depth 决定的。
一般在测序前会定一个测序的目标，比如，需要多少深度才能回答你测序想要回答的问题。
然后决定多少数据，预计多少coverage depth。
如果你现在的数据量达到目标 ...

谢谢回复，不知道这个测序深度需要怎么去确定，目前在做的是RNA+ChIP-seq，数据产出分别在6G和10G左右，由于样品原因，存在了两个物种，现在产出数据与这两个物种的reads mapping分别在20%和70%左右，两种测序的的数据都大概是这个回帖率，回帖率较低的公司说不适合做后续分析，因此需要补测数据
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9楼2018-07-11 20:16:30
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在水壹方

新虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by kkkkk76 at 2018-07-10 17:00:16
数据量不足会产生什么样的影响呢？补测量又该如何确定呢？...

数据量不足，影响准确性

发自小木虫Android客户端
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10楼2018-07-11 21:20:33
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