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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 二代测序数据由于样品问题存在两个物种的数据，是否有必要进行加测数据
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kkkkk76

新虫 (小有名气)

[求助] 二代测序数据由于样品问题存在两个物种的数据，是否有必要进行加测数据 已有1人参与

最近做了一个二代测序，由于样品问题会存在两个物种的基因组，测序结果reads mapping一个在20%，另一个70%左右，是否需要对含量较少的数据进行补测，公司说数据量不够对后续分析会有影响，想问问各位大神是否有必要补测，以及补测数据量的标准如何确定，谢谢！！！
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1楼 2018-07-09 21:57:37
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drwhoknowss

荣誉版主 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
需不需要补测是由最终的coverage depth 决定的。
一般在测序前会定一个测序的目标，比如，需要多少深度才能回答你测序想要回答的问题。
然后决定多少数据，预计多少coverage depth。
如果你现在的数据量达到目标，不用补测。如果不能达到目标，要做好计划，保证补测达到目的。
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Progress in science depends on new techniques, new discoveries and new ideas, probably in that order. -- Nobel laureate Sydney Brenner
7楼2018-07-10 22:38:58
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kkkkk76

新虫 (小有名气)
顶上去，100金币求大神回复
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2楼2018-07-10 09:44:56
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在水壹方

新虫 (小有名气)
那应该是样品有其他物种污染，

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3楼2018-07-10 10:12:24
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在水壹方

新虫 (小有名气)
数据量不足肯定是有影响的，要补测

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4楼2018-07-10 10:12:51
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