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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 二代测序数据由于样品问题存在两个物种的数据，是否有必要进行加测数据
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kkkkk76

新虫 (小有名气)

[求助] 二代测序数据由于样品问题存在两个物种的数据，是否有必要进行加测数据 已有1人参与

最近做了一个二代测序，由于样品问题会存在两个物种的基因组，测序结果reads mapping一个在20%，另一个70%左右，是否需要对含量较少的数据进行补测，公司说数据量不够对后续分析会有影响，想问问各位大神是否有必要补测，以及补测数据量的标准如何确定，谢谢！！！
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1楼 2018-07-09 21:57:37
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kkkkk76

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by 602059625 at 2018-07-10 19:08:13
看得到的数据量，一般覆盖20倍足够了，也就是如果基因组大小是100M，就要测2G数据。
更直观的办法是，用IGV打开比对后的bam文件，看基因组各个位置有没有覆盖到。
其实只是比对reads还是很容易的，Bioinformatics ...

谢谢解惑，确实任由公司摆布，第一次做就当交学费了，不知道您的回帖为什么不能给金币，只能送花了
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8楼2018-07-11 20:05:28
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kkkkk76

新虫 (小有名气)
顶上去，100金币求大神回复
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2楼2018-07-10 09:44:56
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在水壹方

新虫 (小有名气)
那应该是样品有其他物种污染，

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3楼2018-07-10 10:12:24
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在水壹方

新虫 (小有名气)
数据量不足肯定是有影响的，要补测

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4楼2018-07-10 10:12:51
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