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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 二代测序数据由于样品问题存在两个物种的数据，是否有必要进行加测数据
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drwhoknowss

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【答案】应助回帖

引用回帖:
9楼: Originally posted by kkkkk76 at 2018-07-11 20:16:30
谢谢回复，不知道这个测序深度需要怎么去确定，目前在做的是RNA+ChIP-seq，数据产出分别在6G和10G左右，由于样品原因，存在了两个物种，现在产出数据与这两个物种的reads mapping分别在20%和70%左右，两种测序的的 ...

这个取决很多方面，你的genome多大？有refrence genome 吗？read长度多少？
病毒基因组很小，也许6G*20%=1.2G就够了。
比较严谨的做法是，也是相对比较懒的办法，类比文献，比如nature science的 paper 中RNAseq都用多少data，
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Progress in science depends on new techniques, new discoveries and new ideas, probably in that order. -- Nobel laureate Sydney Brenner
11楼2018-07-12 23:21:26
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