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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 二代测序数据由于样品问题存在两个物种的数据，是否有必要进行加测数据
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kkkkk76

新虫 (小有名气)

[求助] 二代测序数据由于样品问题存在两个物种的数据，是否有必要进行加测数据 已有1人参与

最近做了一个二代测序，由于样品问题会存在两个物种的基因组，测序结果reads mapping一个在20%，另一个70%左右，是否需要对含量较少的数据进行补测，公司说数据量不够对后续分析会有影响，想问问各位大神是否有必要补测，以及补测数据量的标准如何确定，谢谢！！！
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1楼 2018-07-09 21:57:37
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kkkkk76

新虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by drwhoknowss at 2018-07-10 22:38:58
需不需要补测是由最终的coverage depth 决定的。
一般在测序前会定一个测序的目标，比如，需要多少深度才能回答你测序想要回答的问题。
然后决定多少数据，预计多少coverage depth。
如果你现在的数据量达到目标 ...

谢谢回复，不知道这个测序深度需要怎么去确定，目前在做的是RNA+ChIP-seq，数据产出分别在6G和10G左右，由于样品原因，存在了两个物种，现在产出数据与这两个物种的reads mapping分别在20%和70%左右，两种测序的的数据都大概是这个回帖率，回帖率较低的公司说不适合做后续分析，因此需要补测数据
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9楼2018-07-11 20:16:30
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kkkkk76

新虫 (小有名气)
顶上去，100金币求大神回复
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2楼2018-07-10 09:44:56
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在水壹方

新虫 (小有名气)
那应该是样品有其他物种污染，

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3楼2018-07-10 10:12:24
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在水壹方

新虫 (小有名气)
数据量不足肯定是有影响的，要补测

发自小木虫Android客户端
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4楼2018-07-10 10:12:51
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