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小?求大神

新虫 (初入文坛)

[求助] 跪求大神设计引物,我是做原核表达的,之前设计的都是引物二聚体,没有扩出来

ATGCAGGATTCTGGAATCGAGTTTGATATAGCTTCACTTGCCGACGCAGATCAAGTTTTAAACGATGACAAAAATTTTTACCAGCTGAAAAGTAAAACGATCGTTCAAAGCCAAAGCAACAACATGACAAAACTAGACGTCTCAAAGGGAAACCTGCGAGCGAACCTCCGCCTCCAGCTGATGCGTTTGCAGACGGAACAGGAGGAGAAAAAGAACGAGCAGACACCATCCTACTCCCAGTCCTACCGGCCAGCTCATACCGCTCCTCAGTCGATCCAGATACCGGCGGGCTCCGTTAGCTCCAGTACAGAGGTCCCTACACGAGTTCTTACAGTGAAGACTCAGCTAGAAAACCCAACACAGTTCCATGTGACTGAGAACCAGAAGCGACAGATTCACCTGTTCCTGCACAACTCTGGTAAGGTGACCACCGCCCAGTCTATGCCTGCCCTCACCACACAGATCCCTGGGGCCAATATGGTGCCCACTACGGTCAGTGGCAGCGCCCCCGTGGACCCGGACAGCCCGCTCTCCATGGGACTCAGCAGTGCCACTAACAGTGTCTCAGATTTCAATGAGGTGGATAACCTTTTGAATGACCTCATCAGCTTGGAGTCAGTGGATCCTAATGTAGACCAGGATCTTAATCTGTTGGAACCCTCCCTCAACCACATGTCCACAACACTTCCCCATTCAAACAACATCCTTGGTCTGTACGACACAAACGATGATGCATCGAATGGAGCCAGCTCCTGCCCCGCCAAGTTTCAGGCGGGGGAACTGAGGCTGCCAGAGTTCATGTCTGAGGAGGAAAAGAGAATGTGGGCAAAGGACCGACAGAAGAAAGACAACCATAACATGATTGAGAGAAGAAGAAGATTCAACATAAACGACAGAATCAAAGAACTTGGCACTCTCCTCCCAAAGAGCACCGACCCTGACATGAGACAGAACAAGGGAACGATCCTGAAGGCCTCAGTGGAGTACATCCGCCGGCTGAAGAAGGACCAGGACCGGATGAAGCTGATGGAGACCCGCCAGAGACAGCTGGAGATGAACAACAGGAAGCTGCTCCTCAGAATGCAGCAAATGGAGTTGGTCATGAAATCTCAAGGAATGGGAACTGGTCTTGACAATGAAATAGAACAACTGACACTCACCCAGCAACCAGCCCCCTTTCAGGCCGCCAAATTCCAGCCTGATCTAACTCAAACCAATGTTTTCGTGAACCATGCTAACATCATGGATGAGTTCATGGATGACAGTTCTCCCGTGAACGCGGACCCTATGCTGTCGTCTGAGCCCGTGAGTCCCAGTAACCTGGACGATTCATCAGACATGTTATGA
这是ORF,包括启动和终止密码子,没有信号肽,求大神帮助,比较急????

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小?求大神

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
1楼: Originally posted by 小?求大神 at 2018-05-08 13:54:15
ATGCAGGATTCTGGAATCGAGTTTGATATAGCTTCACTTGCCGACGCAGATCAAGTTTTAAACGATGACAAAAATTTTTACCAGCTGAAAAGTAAAACGATCGTTCAAAGCCAAAGCAACAACATGACAAAACTAGACGTCTCAAAGGGAAACCTGCGAGCGAACCTCCGCCTCCAGCTGATGCGTTTGCAGACGGAAC ...

我做的是原核表达

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2楼2018-05-08 13:56:30
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渊博震天

版主 (职业作家)

Yeast Display

优秀版主优秀版主

你原来设计的什么引物?

发自小木虫Android客户端
3楼2018-05-08 14:07:56
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小?求大神

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 渊博震天 at 2018-05-08 14:07:56
你原来设计的什么引物?

也是做原核表达的引物,就是扩出ORF.加酶切位点的pcr引物,但是跑出来只有引物二聚体

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4楼2018-05-08 14:30:39
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渊博震天

版主 (职业作家)

Yeast Display

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引用回帖:
4楼: Originally posted by 小?求大神 at 2018-05-08 14:30:39
也是做原核表达的引物,就是扩出ORF.加酶切位点的pcr引物,但是跑出来只有引物二聚体
...

我是说把你原来设计的引物po上来看看
5楼2018-05-08 15:12:54
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昕语星愿

新虫 (初入文坛)

克隆不出来也不一定是引物的问题呀,再说你这个好像也只能从ATG往前面卡

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6楼2018-05-08 17:11:21
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我欲乘风归去

木虫 (正式写手)


西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2018-05-09 07:58:29
可能不是引物的问题,用的是cDNA模板还是质粒模板?普通的酶还是专门扩增高GC含量的酶?从你这段序列来看,里面的C含量貌似很高,如果是普通的taq酶,试试换高GCtaq酶。
7楼2018-05-08 21:26:02
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小?求大神

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引用回帖:
7楼: Originally posted by 我欲乘风归去 at 2018-05-08 21:26:02
可能不是引物的问题,用的是cDNA模板还是质粒模板?普通的酶还是专门扩增高GC含量的酶?从你这段序列来看,里面的C含量貌似很高,如果是普通的taq酶,试试换高GCtaq酶。

cDNA模板。是r Taq酶

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8楼2018-05-08 23:49:37
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我欲乘风归去

木虫 (正式写手)

★ ★ ★
西门吹雪170: 金币+3, 鼓励回帖交流 2018-05-09 07:58:45
重新设计一对引物,不要加没切位点,扩增出来做TA克隆,测序后提取质粒做模板,再用加了酶切位点的引物扩增。扩增不出来的原因有很多,一是你扩增的这个基因在RNA样本中表达丰度不高,二是引物过长,三是cDNA反转录质量不好。
我的建议是,已有的cDNA跑一下actin引物,看下转录效果,效果不好重新反转录。如果cDNA模板质量不错,那就要考虑扩增基因的表达丰度问题,你的cDNA转录来自某一个组织样本的RNA还是总RNA,如果是前者,那就提一次不同组织的混合RNA,重新反转录。前面两个问题排除后,就是模板的GC含量问题了,试试高GCbuffer的taq酶,takara也有卖。实验就是玄学,你只能一个个问题排查,没有办法。
9楼2018-05-09 02:20:47
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