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kshdd

金虫 (著名写手)

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[求助] 请问大神有什么可行的方法来确定细菌和真菌的总菌数，样品为景观河水已有1人参与

小弟的样品为景观河水，想做细菌和真菌的可培养菌数占总菌数的比例，请问大神有什么可行的方法来确定细菌和真菌的总菌数？

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1楼 2018-04-15 23:28:09

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snoopytbw

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【答案】应助回帖

引用回帖:

9楼: Originally posted by kshdd at 2018-04-18 08:36:21
细菌有的基因组会有几个16S拷贝，真菌基因组会有几十到几千的18S拷贝数，所以qPCR的方法会夸大其数值；目前针对细菌的话，可以用死活菌染色进行总菌计数；但是针对真菌，我还没有找到合适的方法...

细菌和真菌的活死染色原理是一样的
live/dead这个试剂盒本身不具备特异性，会有很大的误差哦。如果你的样品本身杂质很多，体系成分复杂，有悬浊颗粒，有乳液滴，肯定不适合使用该法。
PCR的方法也是非常不科学的，每一种菌的核糖体拷贝数都是浮动的，不是那么准确的。而且这个跟生长状态和代谢活性都有关。
目前比较靠谱的办法是FISH，你要不试试用通用16s保守区，设计探针，需要查文献，看看有没有通用的保守区，也就是大部分微生物都具有这段序列。真菌可以参考一样的方法做。