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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 请问大神有什么可行的方法来确定细菌和真菌的总菌数，样品为景观河水
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kshdd

金虫 (著名写手)

[求助] 请问大神有什么可行的方法来确定细菌和真菌的总菌数，样品为景观河水 已有1人参与

小弟的样品为景观河水，想做细菌和真菌的可培养菌数占总菌数的比例，请问大神有什么可行的方法来确定细菌和真菌的总菌数？
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1楼 2018-04-15 23:28:09
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~！
你查找一下真菌是否有什么通用引物，细菌的话，可以通过16S通用引物，使用qPCR来进行16S拷贝数定量
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2楼2018-04-17 13:56:29
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kshdd

金虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by xp198766 at 2018-04-17 13:56:29
你查找一下真菌是否有什么通用引物，细菌的话，可以通过16S通用引物，使用qPCR来进行16S拷贝数定量

好的，谢谢大神的建议
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3楼2018-04-17 14:54:10
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snoopytbw

荣誉版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
3M的菌落总数，大肠菌群纸片，采了水样，梯度稀释，每个稀释度都做3个纸片
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4楼2018-04-17 16:17:43
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kshdd

金虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by snoopytbw at 2018-04-17 16:17:43
3M的菌落总数，大肠菌群纸片，采了水样，梯度稀释，每个稀释度都做3个纸片

小弟的问题是想做细菌和真菌的可培养菌数占总菌数的比例；您这个方法是属于培养法的
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5楼2018-04-17 16:38:50
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snoopytbw

荣誉版主 (著名写手)
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5楼: Originally posted by kshdd at 2018-04-17 16:38:50
小弟的问题是想做细菌和真菌的可培养菌数占总菌数的比例；您这个方法是属于培养法的...

好吧，不太懂了，啥叫总菌数啊

发自小木虫Android客户端
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6楼2018-04-17 23:47:17
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kshdd

金虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by snoopytbw at 2018-04-17 23:47:17
好吧，不太懂了，啥叫总菌数啊
...

可培养菌数是指在平板上可以长出来的，一般用cfu表示；此外，样品中还包含一些不能在培养基上生长的菌+可培养菌=总菌数。你是不是学微生物的？
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7楼2018-04-18 00:04:30
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snoopytbw

荣誉版主 (著名写手)
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7楼: Originally posted by kshdd at 2018-04-18 00:04:30
可培养菌数是指在平板上可以长出来的，一般用cfu表示；此外，样品中还包含一些不能在培养基上生长的菌+可培养菌=总菌数。你是不是学微生物的？...

总菌数这个表述太牵强了，不可培养菌怎么计数啊。PCR你可以试试定量16s，但是没有其他内参基因，这个也只能半定量。计数肯定是做不了的
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8楼2018-04-18 08:18:32
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kshdd

金虫 (著名写手)
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8楼: Originally posted by snoopytbw at 2018-04-18 08:18:32
总菌数这个表述太牵强了，不可培养菌怎么计数啊。PCR你可以试试定量16s，但是没有其他内参基因，这个也只能半定量。计数肯定是做不了的...

细菌有的基因组会有几个16S拷贝，真菌基因组会有几十到几千的18S拷贝数，所以qPCR的方法会夸大其数值；目前针对细菌的话，可以用死活菌染色进行总菌计数；但是针对真菌，我还没有找到合适的方法
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9楼2018-04-18 08:36:21
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snoopytbw

荣誉版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
9楼: Originally posted by kshdd at 2018-04-18 08:36:21
细菌有的基因组会有几个16S拷贝，真菌基因组会有几十到几千的18S拷贝数，所以qPCR的方法会夸大其数值；目前针对细菌的话，可以用死活菌染色进行总菌计数；但是针对真菌，我还没有找到合适的方法...

细菌和真菌的活死染色原理是一样的
live/dead这个试剂盒本身不具备特异性，会有很大的误差哦。如果你的样品本身杂质很多，体系成分复杂，有悬浊颗粒，有乳液滴，肯定不适合使用该法。
PCR的方法也是非常不科学的，每一种菌的核糖体拷贝数都是浮动的，不是那么准确的。而且这个跟生长状态和代谢活性都有关。
目前比较靠谱的办法是FISH，你要不试试用通用16s保守区，设计探针，需要查文献，看看有没有通用的保守区，也就是大部分微生物都具有这段序列。真菌可以参考一样的方法做。
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10楼2018-04-18 12:02:09
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