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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » ENCUT收敛性脚本测试问题
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Y/XT

新虫 (小有名气)

[求助] ENCUT收敛性脚本测试问题 已有2人参与

各位大神好  小弟是vasp小白 请问大家 如何将侯博有关vaspENCUT收敛性测试的脚本用在自己的run文件中啊 小弟是连在服务器上计算的 所以需要执行任务的脚本文件 恳请各位大神指导  谢谢  以下是小弟的PBS执行文件 和侯博的ENCUT文件  
#!/bin/bash
#========================================#
# PBS Job submission script for VASP
#========================================#
# 1. PBS job control

#PBS -S /bin/bash
#PBS -N vasp
#PBS -j oe
#PBS -q long
#PBS -l nodes=1:ppn=16
#PBS -l walltime=480:00:00
#PBS -V

#========================================#
# 2. Job specification

cd ${PBS_O_WORKDIR}
inputfile="INCAR"

#========================================#

export MKL_SERIAL=YES
export MKL_NUM_THREADS=1
export OMP_NUM_THREADS=1
export GOTO_NUM_THREADS=1

echo this jobs runs on the following machines:
echo `cat  $PBS_NODEFILE | uniq `
PROCS=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l`
cat  $PBS_NODEFILE | uniq > user.$PBS_JOBID
NP=`cat $PBS_NODEFILE|wc -l`
## for Intel MPI ##

/opt/openmpi-1.4.4/bin/mpirun -np $NP -machinefile user.$PBS_JOBID  ~/bin/vasp >& out

=======================================================================================
#!/bin/sh
rm WAVECAR
for i in 150 200 250 300 350 400
do
cat > INCAR <<!
SYSTEM = Si-Diamond
ENCUT = $i
ISTART = 0 ; ICHARG = 2
ISMEAR = -5
PREC = Accurate
!
echo "ENCUT = $i eV" ; time vasp
E=‘grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk ’{printf "%12.6f \n", $5 }’‘
echo $i $E >>comment
done
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1楼 2018-04-12 17:36:27
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wlandy

铁杆木虫 (正式写手)

知道自己不知道
把time vasp, 换成你mpirun那句

发自小木虫Android客户端
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创新吧
4楼2018-04-12 17:58:59
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普通回帖

Y/XT

新虫 (小有名气)
顶
2楼2018-04-12 17:36:54
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Y/XT

新虫 (小有名气)
求助  谢谢大家
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3楼2018-04-12 17:37:14
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Y/XT

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by wlandy at 2018-04-12 17:58:59
把time vasp, 换成你mpirun那句

你说的是这句吗 /opt/openmpi-1.4.4/bin/mpirun -np $NP -machinefile user.$PBS_JOBID  ~/bin/vasp >& out 我尝试过 但是报错 不执行
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5楼2018-04-12 18:40:58
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Y/XT

新虫 (小有名气)
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6楼2018-04-12 19:46:14
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Y/XT

新虫 (小有名气)
顶
7楼2018-04-12 20:16:11
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Y/XT

新虫 (小有名气)
求助 谢谢大家
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8楼2018-04-12 20:31:50
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Y/XT

新虫 (小有名气)
求助
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9楼2018-04-12 20:57:46
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wlandy

铁杆木虫 (正式写手)

知道自己不知道
把前面的那句这个删掉，只留time vasp位置这个

发自小木虫Android客户端
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创新吧
10楼2018-04-13 11:23:13
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