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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » ENCUT收敛性脚本测试问题
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Y/XT

新虫 (小有名气)
引用回帖:
10楼: Originally posted by wlandy at 2018-04-13 11:23:13
把前面的那句这个删掉，只留time vasp位置这个

你能说的详细一点吗  我没有懂

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11楼2018-04-13 11:55:29
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Y/XT

新虫 (小有名气)
引用回帖:
10楼: Originally posted by wlandy at 2018-04-13 11:23:13
把前面的那句这个删掉，只留time vasp位置这个

你能说的清楚一点吗  我没有明白什么意思  谢谢你了
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12楼2018-04-13 11:59:03
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前田庆次

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
#!/bin/bash
#========================================#
# PBS Job submission script for VASP
#========================================#
# 1. PBS job control

#PBS -S /bin/bash
#PBS -N vasp
#PBS -j oe
#PBS -q long
#PBS -l nodes=1:ppn=16
#PBS -l walltime=480:00:00
#PBS -V

#========================================#
# 2. Job specification

cd ${PBS_O_WORKDIR}
inputfile="INCAR"

#========================================#

export MKL_SERIAL=YES
export MKL_NUM_THREADS=1
export OMP_NUM_THREADS=1
export GOTO_NUM_THREADS=1

echo this jobs runs on the following machines:
echo `cat  $PBS_NODEFILE | uniq `
PROCS=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l`
cat  $PBS_NODEFILE | uniq > user.$PBS_JOBID
NP=`cat $PBS_NODEFILE|wc -l`
## for Intel MPI ##

/opt/openmpi-1.4.4/bin/mpirun -np $NP -machinefile user.$PBS_JOBID  ~/bin/vasp >& out

=======================================================================================
#!/bin/sh
rm WAVECAR
for i in 150 200 250 300 350 400
do
cat > INCAR <<!
SYSTEM = Si-Diamond
ENCUT = $i
ISTART = 0 ; ICHARG = 2
ISMEAR = -5
PREC = Accurate
!
echo "ENCUT = $i eV" ; time vasp
E=‘grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk ’{printf "%12.6f \n", $5 }’‘
echo $i $E >>comment
done
直接複製進去就可以嘍，命名為XX.sh
chmod +x XX.sh就可以了吧
另外注意那個是
E=‘grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk ’{printf "%12.6f \n", $5 }’‘
‘這個符號是ESC那面那個東西
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长枪一横花飘零，松风追月伴我行。无双人间世如梦，倾奇万世永留名。
13楼2018-04-13 12:17:48
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Y/XT

新虫 (小有名气)
引用回帖:
13楼: Originally posted by 前田庆次 at 2018-04-13 12:17:48
#!/bin/bash
#========================================#
# PBS Job submission script for VASP
#========================================#
# 1. PBS job control

#PBS -S /bin/bash
#PBS -N vasp
#PB ...

你好我是用SSH 和服务器联在一起的  你说的复制是将候博的那个脚本作为一个文件内容一起和 POSCAR POTCAR  KPOINT run.bet 共五个文件一起放进去吗？

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14楼2018-04-13 14:26:17
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hs0218

金虫 (正式写手)

DDr.

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
如果才学vasp 最好一个个建立单独文件夹来做测试
等会了bash之后自己读懂脚本再用类似的
要不然出错了自己都排查不了
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路漫漫其修远兮
15楼2018-04-13 15:49:49
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Y/XT

新虫 (小有名气)
引用回帖:
15楼: Originally posted by hs0218 at 2018-04-13 15:49:49
如果才学vasp 最好一个个建立单独文件夹来做测试
等会了bash之后自己读懂脚本再用类似的
要不然出错了自己都排查不了

好的  谢谢

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16楼2018-04-13 16:51:45
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