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Y/XT

新虫 (小有名气)

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10楼: Originally posted by wlandy at 2018-04-13 11:23:13
把前面的那句这个删掉，只留time vasp位置这个

你能说的详细一点吗

我没有懂

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11楼2018-04-13 11:55:29

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Y/XT

新虫 (小有名气)

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10楼: Originally posted by wlandy at 2018-04-13 11:23:13
把前面的那句这个删掉，只留time vasp位置这个

你能说的清楚一点吗我没有明白什么意思谢谢你了

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12楼2018-04-13 11:59:03

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前田庆次

木虫 (著名写手)

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【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1

#!/bin/bash
#========================================#
# PBS Job submission script for VASP
#========================================#
# 1. PBS job control

#PBS -S /bin/bash
#PBS -N vasp
#PBS -j oe
#PBS -q long
#PBS -l nodes=1:ppn=16
#PBS -l walltime=480:00:00
#PBS -V

#========================================#
# 2. Job specification

cd ${PBS_O_WORKDIR}
inputfile="INCAR"

#========================================#

export MKL_SERIAL=YES
export MKL_NUM_THREADS=1
export OMP_NUM_THREADS=1
export GOTO_NUM_THREADS=1

echo this jobs runs on the following machines:
echo `cat  $PBS_NODEFILE | uniq `
PROCS=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l`
cat  $PBS_NODEFILE | uniq > user.$PBS_JOBID
NP=`cat $PBS_NODEFILE|wc -l`
## for Intel MPI ##

/opt/openmpi-1.4.4/bin/mpirun -np $NP -machinefile user.$PBS_JOBID  ~/bin/vasp >& out

=======================================================================================
#!/bin/sh
rm WAVECAR
for i in 150 200 250 300 350 400
do
cat > INCAR <<!
SYSTEM = Si-Diamond
ENCUT = $i
ISTART = 0 ; ICHARG = 2
ISMEAR = -5
PREC = Accurate
!
echo "ENCUT = $i eV" ; time vasp
E=‘grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk ’{printf "%12.6f \n", $5 }’‘
echo $i $E >>comment
done
直接複製進去就可以嘍，命名為XX.sh
chmod +x XX.sh就可以了吧
另外注意那個是
E=‘grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk ’{printf "%12.6f \n", $5 }’‘
‘這個符號是ESC那面那個東西

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长枪一横花飘零，松风追月伴我行。无双人间世如梦，倾奇万世永留名。

13楼2018-04-13 12:17:48

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Y/XT

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13楼: Originally posted by 前田庆次 at 2018-04-13 12:17:48
#!/bin/bash
#========================================#
# PBS Job submission script for VASP
#========================================#
# 1. PBS job control

#PBS -S /bin/bash
#PBS -N vasp
#PB ...

你好我是用SSH 和服务器联在一起的你说的复制是将候博的那个脚本作为一个文件内容一起和 POSCAR POTCAR KPOINT run.bet 共五个文件一起放进去吗？

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14楼2018-04-13 14:26:17

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