24小时热门版块排行榜    

查看: 1826  |  回复: 7

77qa

新虫 (初入文坛)

[交流] 分子对接的结果是否需要优化 已有2人参与

用autodock做一个蛋白与小分子的对接,蛋白结构是实验测出来的,不是同源建模推测出来的,所以我想是否还需要对对接好后的复合物优化??、如果用软件做了优化,会不会使得蛋白的结构改变,不在是其真实结构??
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

77qa

新虫 (初入文坛)

还有小分子的优化一般用什么软件来做?还请指教
2楼2018-04-11 20:46:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

沙漠猎人

版主 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
如果后面还要做分子动力学,需要优化;做完对接就没了,可以不用优化。
优化可以用amber,chimera等软件
www.modekeji.cn
3楼2018-04-11 22:30:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

77qa

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 沙漠猎人 at 2018-04-11 22:30:26
如果后面还要做分子动力学,需要优化;做完对接就没了,可以不用优化。
优化可以用amber,chimera等软件

做分子动力学不就是优化吗?不是很懂这个,做分子动力学是要干什么?  如果用那些软件做了优化,会不会影响蛋白的构象?那个蛋白是通过结晶实验做出来的构象,按我的理解应该是不能改变蛋白的构象的,因为实验测出来的总比软件模拟出来的要可信
4楼2018-04-11 23:43:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

沙漠猎人

版主 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
4楼: Originally posted by 77qa at 2018-04-11 23:43:01
做分子动力学不就是优化吗?不是很懂这个,做分子动力学是要干什么?  如果用那些软件做了优化,会不会影响蛋白的构象?那个蛋白是通过结晶实验做出来的构象,按我的理解应该是不能改变蛋白的构象的,因为实验测出 ...

蛋白质的构象本来就是在变化的,实验测出来的只是某一时刻的结构而已。
再说了,计算也是一种实验,为什么不能相信它呢?

发自小木虫Android客户端
www.modekeji.cn
5楼2018-04-12 08:01:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

autodockytu

捐助贵宾 (小有名气)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
如果是蛋白晶体结构,最好不要优化了;如果是同源建模获得的,最好优化一下
6楼2018-04-12 10:31:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

77qa

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 沙漠猎人 at 2018-04-12 08:01:44
蛋白质的构象本来就是在变化的,实验测出来的只是某一时刻的结构而已。
再说了,计算也是一种实验,为什么不能相信它呢?
...

那我应该做哪方面的优化呢?就是做动力学优化吗?
7楼2018-04-12 13:46:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

沙漠猎人

版主 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 77qa at 2018-04-12 13:46:26
那我应该做哪方面的优化呢?就是做动力学优化吗?...

没问题
www.modekeji.cn
8楼2018-04-12 14:20:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 77qa 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[教师之家] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 3/150 2026-09-15 08:26 by C79jjtjAKjEn
[考研] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 3/150 2026-09-15 08:14 by C79jjtjAKjEn
[教师之家] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 3/150 2026-09-15 08:14 by C79jjtjAKjEn
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 4/200 2026-09-15 08:02 by C79jjtjAKjEn
[考博] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 3/150 2026-09-15 07:58 by C79jjtjAKjEn
[公派出国] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 5/250 2026-09-15 06:38 by 5BDX0d0WFp7t
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 4/200 2026-09-15 06:01 by 5BDX0d0WFp7t
[博后之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +6 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 6/300 2026-09-15 05:50 by 5BDX0d0WFp7t
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +6 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 7/350 2026-09-15 05:22 by 5BDX0d0WFp7t
[考研] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +5 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 6/300 2026-09-15 05:13 by 5BDX0d0WFp7t
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +6 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 8/400 2026-09-15 05:01 by mibUvS8DDCwf
[博后之家] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 4/200 2026-09-14 23:24 by vZfe6xYu34yj
[公派出国] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 6/300 2026-09-14 22:37 by vZfe6xYu34yj
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 5/250 2026-09-14 21:25 by vZfe6xYu34yj
[考博] 上海工程技术大学激光智能制造课题组招收博士研究生 +4 两三岁ss 2026-09-14 4/200 2026-09-14 20:29 by 班主任的同桌
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 3/150 2026-09-14 15:09 by Aj1rhIDL5ixY
[基金申请] 求教各位大神:2026教育部人文社科青年基金项目何时公示呀? +5 云宴山人 2026-09-10 7/350 2026-09-14 12:11 by ecnu2013
[找工作] 浙江师范大学是怎么坑我的 +6 recruit123 2026-09-09 6/300 2026-09-14 12:00 by 萨仁其其格
[考博] 西北工业大学材料学院电化学传感与催化课题组招收2027年推免研究生、博士生、博士后 +3 马方园 2026-09-10 4/200 2026-09-14 09:29 by Chem张zz
[考博] 27秋季材料博士申请求助 10+3 Cahal1 2026-09-11 4/200 2026-09-14 08:50 by 北京莱茵编辑
信息提示
请填处理意见