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77qa

新虫 (初入文坛)

[交流] 分子对接的结果是否需要优化 已有2人参与

用autodock做一个蛋白与小分子的对接,蛋白结构是实验测出来的,不是同源建模推测出来的,所以我想是否还需要对对接好后的复合物优化??、如果用软件做了优化,会不会使得蛋白的结构改变,不在是其真实结构??
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77qa

新虫 (初入文坛)

还有小分子的优化一般用什么软件来做?还请指教
2楼2018-04-11 20:46:20
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沙漠猎人

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如果后面还要做分子动力学,需要优化;做完对接就没了,可以不用优化。
优化可以用amber,chimera等软件
www.modekeji.cn
3楼2018-04-11 22:30:26
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77qa

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 沙漠猎人 at 2018-04-11 22:30:26
如果后面还要做分子动力学,需要优化;做完对接就没了,可以不用优化。
优化可以用amber,chimera等软件

做分子动力学不就是优化吗?不是很懂这个,做分子动力学是要干什么?  如果用那些软件做了优化,会不会影响蛋白的构象?那个蛋白是通过结晶实验做出来的构象,按我的理解应该是不能改变蛋白的构象的,因为实验测出来的总比软件模拟出来的要可信
4楼2018-04-11 23:43:01
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沙漠猎人

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引用回帖:
4楼: Originally posted by 77qa at 2018-04-11 23:43:01
做分子动力学不就是优化吗?不是很懂这个,做分子动力学是要干什么?  如果用那些软件做了优化,会不会影响蛋白的构象?那个蛋白是通过结晶实验做出来的构象,按我的理解应该是不能改变蛋白的构象的,因为实验测出 ...

蛋白质的构象本来就是在变化的,实验测出来的只是某一时刻的结构而已。
再说了,计算也是一种实验,为什么不能相信它呢?

发自小木虫Android客户端
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5楼2018-04-12 08:01:44
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autodockytu

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如果是蛋白晶体结构,最好不要优化了;如果是同源建模获得的,最好优化一下
6楼2018-04-12 10:31:07
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77qa

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 沙漠猎人 at 2018-04-12 08:01:44
蛋白质的构象本来就是在变化的,实验测出来的只是某一时刻的结构而已。
再说了,计算也是一种实验,为什么不能相信它呢?
...

那我应该做哪方面的优化呢?就是做动力学优化吗?
7楼2018-04-12 13:46:26
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沙漠猎人

版主 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 77qa at 2018-04-12 13:46:26
那我应该做哪方面的优化呢?就是做动力学优化吗?...

没问题
www.modekeji.cn
8楼2018-04-12 14:20:45
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