24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 1515  |  回复: 7
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

77qa

新虫 (初入文坛)

[交流] 分子对接的结果是否需要优化 已有2人参与

用autodock做一个蛋白与小分子的对接,蛋白结构是实验测出来的,不是同源建模推测出来的,所以我想是否还需要对对接好后的复合物优化??、如果用软件做了优化,会不会使得蛋白的结构改变,不在是其真实结构??
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

沙漠猎人

版主 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 77qa at 2018-04-12 13:46:26
那我应该做哪方面的优化呢?就是做动力学优化吗?...

没问题
www.modekeji.cn
8楼2018-04-12 14:20:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

77qa

新虫 (初入文坛)

还有小分子的优化一般用什么软件来做?还请指教
2楼2018-04-11 20:46:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

沙漠猎人

版主 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
如果后面还要做分子动力学,需要优化;做完对接就没了,可以不用优化。
优化可以用amber,chimera等软件
www.modekeji.cn
3楼2018-04-11 22:30:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

77qa

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 沙漠猎人 at 2018-04-11 22:30:26
如果后面还要做分子动力学,需要优化;做完对接就没了,可以不用优化。
优化可以用amber,chimera等软件

做分子动力学不就是优化吗?不是很懂这个,做分子动力学是要干什么?  如果用那些软件做了优化,会不会影响蛋白的构象?那个蛋白是通过结晶实验做出来的构象,按我的理解应该是不能改变蛋白的构象的,因为实验测出来的总比软件模拟出来的要可信
4楼2018-04-11 23:43:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 学硕274求调剂 +15 Li李鱼 2026-03-26 15/750 2026-03-31 10:14 by cal0306
[考研] 070300化学354求调剂 +8 101次希望 2026-03-28 8/400 2026-03-31 10:12 by herarysara
[考研] 求调剂 生物学 377分 +4 zzll03 2026-03-31 4/200 2026-03-31 10:07 by zhyzzh
[考研] 材料考研调剂生 +4 黄粱一梦千年 2026-03-24 4/200 2026-03-31 10:05 by cal0306
[考研] 调剂申请 +5 张张张张zy 2026-03-31 5/250 2026-03-31 10:00 by 芦铭1998
[考研] 化学工程085602 305分求调剂 +26 RichLi_ 2026-03-25 26/1300 2026-03-31 09:42 by JourneyLucky
[考研] 335求调剂 +3 321* 2026-03-31 3/150 2026-03-31 09:00 by 功夫疯狂
[考研] 279求调剂 +12 j的立方 2026-03-29 12/600 2026-03-30 20:30 by dick_runner
[考研] 342求调剂 +4 加油a李zs 2026-03-26 4/200 2026-03-30 16:39 by 晶体之美
[考研] 071010 323 分求调剂 +3 Baekzhy 2026-03-27 3/150 2026-03-30 14:24 by andresqi
[考研] 求调剂 +7 青春裁为三截 2026-03-29 7/350 2026-03-30 13:14 by laoshidan
[考研] 0703本科郑州大学求调剂 +7 nhj_ 2026-03-25 7/350 2026-03-30 12:44 by fangnagu
[考研] 317求调剂 +10 蛋黄咸肉粽 2026-03-26 10/500 2026-03-30 09:45 by longlotian
[考研] 343求调剂 +6 爱羁绊 2026-03-29 6/300 2026-03-29 12:00 by 无际的草原
[考研] 11408软件工程求调剂 +3 Qiu学ing 2026-03-28 3/150 2026-03-28 21:50 by zhq0425
[考研] 一志愿 西北大学 总分282 英语一62 求调剂 +7 18419759900 2026-03-25 8/400 2026-03-27 16:38 by 18419759900
[考研] 安徽大学专硕生物与医药专业(086000)324分,英语已过四六级,六级521,求调剂 +4 美味可乐鸡翅 2026-03-26 4/200 2026-03-27 15:27 by 星空星月
[考研] 材料求调剂 +5 .m.. 2026-03-25 5/250 2026-03-27 11:08 by 不吃魚的貓
[考研] 环境专硕324分求调剂推荐 +5 轩小宁—— 2026-03-26 5/250 2026-03-26 12:05 by i_cooler
[考研] 网络空间安全0839招调剂 +4 w320357296 2026-03-25 6/300 2026-03-25 17:59 by 255671
信息提示
请填处理意见