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77qa

新虫 (初入文坛)

[交流] 分子对接的结果是否需要优化 已有2人参与

用autodock做一个蛋白与小分子的对接，蛋白结构是实验测出来的，不是同源建模推测出来的，所以我想是否还需要对对接好后的复合物优化？？、如果用软件做了优化，会不会使得蛋白的结构改变，不在是其真实结构？？
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1楼 2018-04-11 20:37:08
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沙漠猎人

版主 (正式写手)
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如果后面还要做分子动力学，需要优化；做完对接就没了，可以不用优化。
优化可以用amber，chimera等软件
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3楼2018-04-11 22:30:26
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77qa

新虫 (初入文坛)
还有小分子的优化一般用什么软件来做？还请指教
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2楼2018-04-11 20:46:20
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77qa

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 沙漠猎人 at 2018-04-11 22:30:26
如果后面还要做分子动力学，需要优化；做完对接就没了，可以不用优化。
优化可以用amber，chimera等软件

做分子动力学不就是优化吗？不是很懂这个，做分子动力学是要干什么？  如果用那些软件做了优化，会不会影响蛋白的构象？那个蛋白是通过结晶实验做出来的构象，按我的理解应该是不能改变蛋白的构象的，因为实验测出来的总比软件模拟出来的要可信
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4楼2018-04-11 23:43:01
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沙漠猎人

版主 (正式写手)
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
4楼: Originally posted by 77qa at 2018-04-11 23:43:01
做分子动力学不就是优化吗？不是很懂这个，做分子动力学是要干什么？  如果用那些软件做了优化，会不会影响蛋白的构象？那个蛋白是通过结晶实验做出来的构象，按我的理解应该是不能改变蛋白的构象的，因为实验测出 ...

蛋白质的构象本来就是在变化的，实验测出来的只是某一时刻的结构而已。
再说了，计算也是一种实验，为什么不能相信它呢？

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5楼2018-04-12 08:01:44
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