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三百烦恼风

银虫 (小有名气)

[求助] autodock对接clusting聚类图,能量分布很广,很均匀,没有主要构象

对接了50次,大概有十几个能量,分布得特均匀,没有主要构象。这是为啥?是我对接过程有问题,还是小分子药物根本没有抑制效果?

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longdlut

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很正常,换盒子参数,或增加次数对接

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2楼2018-01-16 07:29:55
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三百烦恼风

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by longdlut at 2018-01-16 07:29:55
很正常,换盒子参数,或增加次数对接

盒子参数指的是grid box 的大小吗?我设置的是包含原配体位置,盒子设置的90,90,90。是不是太大了不好。

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3楼2018-01-16 16:06:12
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longdlut

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引用回帖:
3楼: Originally posted by 三百烦恼风 at 2018-01-16 16:06:12
盒子参数指的是grid box 的大小吗?我设置的是包含原配体位置,盒子设置的90,90,90。是不是太大了不好。
...

嗯太大了吧,可以调整一下

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4楼2018-01-17 09:23:08
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三百烦恼风

银虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by longdlut at 2018-01-17 09:23:08
嗯太大了吧,可以调整一下
...

嗯嗯,谢谢。我还想问下,如果最低能量构象并不是clusting聚类中次数最多的构象,那该选择哪个作为对接能量?

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5楼2018-01-17 21:23:54
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longdlut

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我会选择最低能量的构象进行分析,能量越低越稳定的,法则

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» 本帖已获得的红花(最新10朵)

6楼2018-01-17 21:47:24
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hclwonder

新虫 (正式写手)

问题是能量算得不怎么准

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7楼2018-01-17 22:56:17
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三百烦恼风

银虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by longdlut at 2018-01-17 21:47:24
我会选择最低能量的构象进行分析,能量越低越稳定的,法则

多谢!!但是如果对接50次,能量低的构象只有1次,而能量高一些的构象有20多次,依旧选能量低的构象吗?

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8楼2018-01-23 21:44:38
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