应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » autodock对接clusting聚类图，能量分布很广，很均匀，没有主要构象
81/1返回列表
查看: 1709  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

三百烦恼风

银虫 (小有名气)

[求助] autodock对接clusting聚类图，能量分布很广，很均匀，没有主要构象

对接了50次，大概有十几个能量，分布得特均匀，没有主要构象。这是为啥？是我对接过程有问题，还是小分子药物根本没有抑制效果？

发自小木虫Android客户端
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
人丑就要多读书
1楼 2018-01-15 12:56:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

longdlut

捐助贵宾 (著名写手)
很正常，换盒子参数，或增加次数对接

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
2楼2018-01-16 07:29:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

三百烦恼风

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by longdlut at 2018-01-16 07:29:55
很正常，换盒子参数，或增加次数对接

盒子参数指的是grid box 的大小吗？我设置的是包含原配体位置，盒子设置的90，90，90。是不是太大了不好。

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
人丑就要多读书
3楼2018-01-16 16:06:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

longdlut

捐助贵宾 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 三百烦恼风 at 2018-01-16 16:06:12
盒子参数指的是grid box 的大小吗？我设置的是包含原配体位置，盒子设置的90，90，90。是不是太大了不好。
...

嗯太大了吧，可以调整一下

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
4楼2018-01-17 09:23:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

三百烦恼风

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by longdlut at 2018-01-17 09:23:08
嗯太大了吧，可以调整一下
...

嗯嗯，谢谢。我还想问下，如果最低能量构象并不是clusting聚类中次数最多的构象，那该选择哪个作为对接能量？

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
人丑就要多读书
5楼2018-01-17 21:23:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

longdlut

捐助贵宾 (著名写手)
我会选择最低能量的构象进行分析，能量越低越稳定的，法则

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

三百烦恼风
6楼2018-01-17 21:47:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hclwonder

新虫 (正式写手)
问题是能量算得不怎么准

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
7楼2018-01-17 22:56:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

三百烦恼风

银虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by longdlut at 2018-01-17 21:47:24
我会选择最低能量的构象进行分析，能量越低越稳定的，法则

多谢！！但是如果对接50次，能量低的构象只有1次，而能量高一些的构象有20多次，依旧选能量低的构象吗？

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
人丑就要多读书
8楼2018-01-23 21:44:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 三百烦恼风 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[论文投稿] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 3xN9SualEUPt 2026-10-24 4/200 2026-10-25 14:42 by XiYP04It3Evb
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 3xN9SualEUPt 2026-10-24 3/150 2026-10-25 14:23 by XiYP04It3Evb
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 3xN9SualEUPt 2026-10-24 4/200 2026-10-25 14:07 by XiYP04It3Evb
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 DI1qFHFK0KbE 2026-10-24 4/200 2026-10-25 13:18 by XiYP04It3Evb
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +6 7xHjyB3bAiwg 2026-10-24 6/300 2026-10-25 13:11 by XiYP04It3Evb
[博后之家] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 7xHjyB3bAiwg 2026-10-23 9/450 2026-10-25 13:02 by XiYP04It3Evb
[找工作] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 7xHjyB3bAiwg 2026-10-23 8/400 2026-10-25 12:59 by XiYP04It3Evb
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +5 7xHjyB3bAiwg 2026-10-23 10/500 2026-10-25 12:51 by XiYP04It3Evb
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 7xHjyB3bAiwg 2026-10-23 11/550 2026-10-25 12:49 by XiYP04It3Evb
[公派出国] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 7xHjyB3bAiwg 2026-10-23 10/500 2026-10-25 12:49 by XiYP04It3Evb
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 7xHjyB3bAiwg 2026-10-23 11/550 2026-10-25 12:45 by XiYP04It3Evb
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 7xHjyB3bAiwg 2026-10-23 4/200 2026-10-25 12:36 by XiYP04It3Evb
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 7xHjyB3bAiwg 2026-10-23 4/200 2026-10-25 12:32 by XiYP04It3Evb
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 GVGRDgNfv7P4 2026-10-23 4/200 2026-10-25 12:10 by XiYP04It3Evb
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 7xHjyB3bAiwg 2026-10-24 4/200 2026-10-25 01:22 by XcOYG53d3x4p
[考研] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 7xHjyB3bAiwg 2026-10-23 8/400 2026-10-25 00:15 by XcOYG53d3x4p
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 7xHjyB3bAiwg 2026-10-23 11/550 2026-10-24 23:35 by XcOYG53d3x4p
[文学芳草园] 亲密关系 +7 宋昙 2026-10-21 13/650 2026-10-23 17:07 by 小牧11
[考博] 27秋申博自荐 +4 且听风吟时 2026-10-21 4/200 2026-10-23 13:26 by 大大大肥虫
[考博] 郑州大学申博 +5 stars~ 2026-10-19 8/400 2026-10-22 15:06 by stars~
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭