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13011231322新虫 (小有名气)
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[求助]
转录组测序数据分析的结果和荧光定量验证的结果不一致 已有3人参与
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转录组数据分析的出来的差异表达基因倍数比较大，但是荧光定量验证后并没有显著性差异，分析差异表达的基因的readcount一般在多少比较比较合适？ 发自小木虫Android客户端 |
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 测序 QPCR |
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【答案】应助回帖
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1.不一致的程度分析： A.验证30个基因，25个表达趋势一致； B.验证30个基因，15个表达趋势一致； C.验证30个基因，5个表达趋势一致； D.验证3个基因，1个表达趋势一致。 2.首先，思考可能存在的原因？ 如D情况，随机出现的概率会比较大，属于验证实验设计不合理，不作为讨论范围。 如A情况，属于结果一致，为了更好的表示是否一致，建议计算30个基因的相关性系数，趋势只反映上下调，不能反映倍数。一般相关性系数大于0.8，说明一致性较好 如C情况，优先考虑是否是实验组与对照组在某个实验中设置颠倒。 如B情况，相对复杂，需要一步一步来排查 引自：http://www.planttech.com.cn/blog/db3347ad80c |
7楼2018-01-22 12:57:46
2楼2018-01-09 15:38:48
13011231322
新虫 (小有名气)
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3楼2018-01-09 23:54:28
Liumengya
木虫 (正式写手)
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- 专业: 生物信息学
4楼2018-01-10 00:49:11
