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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 转录组测序数据分析的结果和荧光定量验证的结果不一致
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13011231322

新虫 (小有名气)

[求助] 转录组测序数据分析的结果和荧光定量验证的结果不一致 已有3人参与

转录组数据分析的出来的差异表达基因倍数比较大，但是荧光定量验证后并没有显著性差异，分析差异表达的基因的readcount一般在多少比较比较合适？

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1楼 2018-01-09 14:50:02
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swearit

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

1.不一致的程度分析：

A.验证30个基因，25个表达趋势一致；

B.验证30个基因，15个表达趋势一致；

C.验证30个基因，5个表达趋势一致；

D.验证3个基因，1个表达趋势一致。

2.首先，思考可能存在的原因？

如D情况，随机出现的概率会比较大，属于验证实验设计不合理，不作为讨论范围。

如A情况，属于结果一致，为了更好的表示是否一致，建议计算30个基因的相关性系数，趋势只反映上下调，不能反映倍数。一般相关性系数大于0.8，说明一致性较好

如C情况，优先考虑是否是实验组与对照组在某个实验中设置颠倒。

如B情况，相对复杂，需要一步一步来排查
引自：http://www.planttech.com.cn/blog/db3347ad80c
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7楼2018-01-22 12:57:46
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hyuqing

捐助贵宾 (小有名气)

Enriching beads

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2018-01-09 21:44:23
找找不一致的原因吧，取样条件、操作流程、人为的还是天然存在的，总之只要能重复的都是可信任的结果。
转录组数据需要进行差异分析，就是针对这一类情况。你可以去了解下差异表达基因分析。方法有很多的
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2楼2018-01-09 15:38:48
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13011231322

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by hyuqing at 2018-01-09 15:38:48
找找不一致的原因吧，取样条件、操作流程、人为的还是天然存在的，总之只要能重复的都是可信任的结果。
转录组数据需要进行差异分析，就是针对这一类情况。你可以去了解下差异表达基因分析。方法有很多的

好的，谢谢。

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3楼2018-01-09 23:54:28
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Liumengya

木虫 (正式写手)
转录组还要看数据本身怎么样，二代数据常常质量较差。同时qpcr假阳性假阴性概率很高，有条件的话建议用northern试试

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4楼2018-01-10 00:49:11
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