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大家看一下我设计的引物有没有问题
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12个bp 5'-TTA AGT GCT CAA-3' 16个bp 5'-TTA AGT GCT CAA TGA A-3' 20个bp 5'-TTA AGT GCT CAA TGA ATT AA-3' 24个bp 5'-TTA AGT GCT CAA TGA ATT AAT CAA-3' 这是我设计的DNA引物序列，各位虫友要是有检测 评价引物序列软件的能不能给我看一下有什么问题？ 先谢谢了！ |
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2楼2009-02-23 17:10:24
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muchong5577
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lwf991229(金币+1,VIP+0):辛苦~ 2-23 21:17
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谨记碱基互补配对原则，自己写过去： 以这个为基础，如果你要16个bp 5'-TTA AGT GCT CAA-3' 则变成5'-TTA AGT GC ||（分界线，可以取序列的中段，然后逆序写出一些不互补配对的就可以） 5'-TTA AGT GC || AGTTCCTG（从右往左写） 然后再用软件评价一下，恰当修改一些碱基 http://scitools.idtdna.com/analy ... alyzer/Default.aspx 用这个软件 |
8楼2009-02-23 17:56:24
chemifunan
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lwf991229(金币+1,VIP+0):感谢~ 2-23 21:17
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楼主我不清楚你的用途是什么 一般PCR引物用于验证或者普通扩增 通常在15-20个碱基 有正反两条 分别位于所扩增序列的两端 楼主提供的引物序列是同一位置的但是设计了四个长度不知如何使用 正反两条通常保证配对碱基数相近 GC量相当 安全退火即可 严格配对的外端最好不要是A或T 尽量是G或C的位置 根据您的信息 模板GC比很普通 可以选择20个左右长度比较适合 若需要包含外端的酶切位点 该部分序列不在上述注意问题之内 不主要影响退火温度 因此只要5‘加足保护碱基即可 如果是PCR targeting 这样的长度是不够的 如果是特殊PCR技术需要特殊的生物学实验功能 比如3C PCR 那就按照文献和实际需求设计 不一定两对 请楼主把PCR的实验需要明示 |
9楼2009-02-23 18:24:31
chemifunan
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