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chemhcl

应助: (幼儿园)
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虫号: 667993

[交流] 大家看一下我设计的引物有没有问题

12个bp  5'-TTA AGT GCT CAA-3'
16个bp  5'-TTA AGT GCT CAA TGA A-3'
20个bp  5'-TTA AGT GCT CAA TGA ATT AA-3'
24个bp  5'-TTA AGT GCT CAA TGA ATT AAT CAA-3'
这是我设计的DNA引物序列，各位虫友要是有检测评价引物序列软件的能不能给我看一下有什么问题？
先谢谢了！

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1楼 2009-02-23 16:59:15

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chemifunan

木虫 (正式写手)

海王小木虫

应助: 0 (幼儿园)
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在线: 11.4小时
虫号: 235785
注册: 2006-04-01
性别: GG
专业: 神经生物学

★
lwf991229(金币+1,VIP+0):感谢~ 2-23 21:17

楼主我不清楚你的用途是什么一般PCR引物用于验证或者普通扩增通常在15-20个碱基有正反两条分别位于所扩增序列的两端楼主提供的引物序列是同一位置的但是设计了四个长度不知如何使用
正反两条通常保证配对碱基数相近 GC量相当安全退火即可严格配对的外端最好不要是A或T 尽量是G或C的位置根据您的信息模板GC比很普通可以选择20个左右长度比较适合
若需要包含外端的酶切位点该部分序列不在上述注意问题之内不主要影响退火温度因此只要5‘加足保护碱基即可
如果是PCR targeting 这样的长度是不够的
如果是特殊PCR技术需要特殊的生物学实验功能比如3C PCR 那就按照文献和实际需求设计不一定两对
请楼主把PCR的实验需要明示