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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 大家看一下我设计的引物有没有问题
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chemhcl

[交流] 大家看一下我设计的引物有没有问题

12个bp  5'-TTA AGT GCT CAA-3'
16个bp  5'-TTA AGT GCT CAA TGA A-3'
20个bp  5'-TTA AGT GCT CAA TGA ATT AA-3'
24个bp  5'-TTA AGT GCT CAA TGA ATT AAT CAA-3'
这是我设计的DNA引物序列，各位虫友要是有检测 评价引物序列软件的能不能给我看一下有什么问题？
先谢谢了！
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1楼 2009-02-23 16:59:15
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)
★
chemhcl(金币+1,VIP+0):谢谢！ 2-23 17:21
引物那么短？12、14个bp也太短了吧~~
所有引物都会形成比较厉害的发夹结构……肉眼一看就知道了~~
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2楼2009-02-23 17:10:24
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jasco

木虫 (正式写手)
GC好少，都是AT啊
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3楼2009-02-23 17:20:42
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muchong5577

金虫 (正式写手)
★
chemhcl(金币+1,VIP+0):谢谢！ 2-23 17:23
这样的引物，无语啦！
短、严重的发夹结构、一般不以A作为3末端
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4楼2009-02-23 17:21:27
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chemhcl

能不能帮我改一下啊？保持5端的序列不变，在3端增加碱基的个数就行。
我是学化学的所有对这方面不懂，我不进行PCR扩增，只要这条链和他的互补链能够进行互补配对成螺旋结构就行。
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5楼2009-02-23 17:27:02
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muchong5577

金虫 (正式写手)
按照序列，自己往后面加吧.
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6楼2009-02-23 17:32:07
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chemhcl

引用回帖:
Originally posted by 三磷酸腺苷 at 2009-2-23 17:10:
引物那么短？12、14个bp也太短了吧~~
所有引物都会形成比较厉害的发夹结构……肉眼一看就知道了~~

你能不能帮我改一下啊？谢谢！
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7楼2009-02-23 17:34:07
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)
★
lwf991229(金币+1,VIP+0):辛苦~ 2-23 21:17
谨记碱基互补配对原则，自己写过去：
以这个为基础，如果你要16个bp
5'-TTA AGT GCT CAA-3'
则变成5'-TTA AGT GC  ||（分界线，可以取序列的中段，然后逆序写出一些不互补配对的就可以）
5'-TTA AGT GC || AGTTCCTG（从右往左写）
然后再用软件评价一下，恰当修改一些碱基
http://scitools.idtdna.com/analy ... alyzer/Default.aspx
用这个软件
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8楼2009-02-23 17:56:24
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chemifunan

木虫 (正式写手)

海王小木虫
★
lwf991229(金币+1,VIP+0):感谢~ 2-23 21:17
楼主我不清楚你的用途是什么 一般PCR引物用于验证或者普通扩增 通常在15-20个碱基 有正反两条 分别位于所扩增序列的两端 楼主提供的引物序列是同一位置的但是设计了四个长度不知如何使用
正反两条通常保证配对碱基数相近 GC量相当 安全退火即可 严格配对的外端最好不要是A或T 尽量是G或C的位置 根据您的信息 模板GC比很普通 可以选择20个左右长度比较适合
若需要包含外端的酶切位点 该部分序列不在上述注意问题之内 不主要影响退火温度 因此只要5‘加足保护碱基即可
如果是PCR targeting 这样的长度是不够的
如果是特殊PCR技术需要特殊的生物学实验功能 比如3C PCR 那就按照文献和实际需求设计 不一定两对
请楼主把PCR的实验需要明示
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Bemühen Sie !
9楼2009-02-23 18:24:31
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chemifunan

木虫 (正式写手)

海王小木虫
8楼的朋友好像经常做PCR呢
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Bemühen Sie !
10楼2009-02-23 18:25:39
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