应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » hairpin for VIGS
101/1返回列表
查看: 1828  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

饿的神啊

新虫 (著名写手)

[求助] hairpin for VIGS 已有1人参与

1、像这种反向互补序列是直接送公司合成的，还是设计一半的引物，然后让引物退火成双链？
2、如果是直接合成的，插入载体种还要同时做正、反向插入吗？

以下是原文描述，我不是很懂，求解。
The oligonucleotides PDS-54s and PDS-54as, corresponding to nt 1176–1220 of the Arabidopsis PDS cds, were hybridized to each other and cloned into the SnaBI site of E17-S in the sense or antisense orientation to generate E17-PDS-s and E17-PDS- as, respectively. The oligonucleotides PDS-IR37 and PDS-IR41, corresponding to nt 1176–1212 of the Arabidopsis PDS cds, were hybridized to each other and cloned into the SnaBI site of E17-S
to generate E17-PDS-IR.

The other VIGS vector constructs (pTY-PDS48-IR, pTY-PDS52-IR, pTY-PDS56-IR, pTY-PDS60-IR, pTY-PDS64-IR, pTY-PDS70-IR, pTYPDS76-IR, pTY-PDS2-IR and pTY-LFY-IR) were obtained by cloning the self-hybridized palindromic oligonucleotides PDS48, PDS52, PDS56, PDS60, PDS64, PDS70, PDS76, PDS2-IR and LFY-IR (corresponding to nt 911–949 of the LFY cds), respectively, into the SnaBI site of pTY-S.

This small size therefore allows the introduction of foreign sequences in the viral genome by direct cloning of doublestranded synthetic oligonucleotides. To target a specific gene, we therefore advise that a self-hybridizing palindromic oligonucleotide of 76–80 nt, identical to the target gene
sequence, be inserted into the SnaB1 site of pTY-S, so that hairpin RNAs bearing a stem of 36–38 nt and a 4 nt loop could be generated.

hairpin for VIGS
hp.png
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2017-10-10 12:35:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

挑战来了

新虫 (小有名气)
请问你做的是dsRNA合成吗？

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
2楼2017-10-10 13:01:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yudaoqian88

至尊木虫 (知名作家)

不良人

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
很短的片段，一般都是公司直接合成，然后引物对直接退火形成双链，通过粘性末端或者同源重组的方式连接到目的载体的。
赞一下 回复此楼
特别喜欢家门口开门的瞬间，宝宝那个高兴呀，蹦蹦跳跳，好不热闹！
3楼2017-10-10 15:01:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yudaoqian88

至尊木虫 (知名作家)

不良人
请问你做这种发卡结构的vigs，效果如何，或者你所知道的其他人这样做，效果如何？
赞一下 回复此楼
特别喜欢家门口开门的瞬间，宝宝那个高兴呀，蹦蹦跳跳，好不热闹！
4楼2017-10-10 15:01:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

饿的神啊

新虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by yudaoqian88 at 2017-10-10 15:01:14
很短的片段，一般都是公司直接合成，然后引物对直接退火形成双链，通过粘性末端或者同源重组的方式连接到目的载体的。

比如说图中第一条PDS48，它其实左边是一条24bp的寡核苷酸，右边是反向互补序列，那么合成的时候只合成24bp？那退火成双链是引物二聚体吧，也形成不了双链啊？还是说直接合成48bp的寡核苷酸？
赞一下 回复此楼
5楼2017-10-11 09:30:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

饿的神啊

新虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by yudaoqian88 at 2017-10-10 15:01:59
请问你做这种发卡结构的vigs，效果如何，或者你所知道的其他人这样做，效果如何？

我之前做VIGS并没有用到发卡结构，直接反向插入的200-400bp的片段，在烟草上很好，但是在柑橘上不行，所以想尝试用发卡，我不知道别人做这个效果怎样，我是看到文献上这么做的。一般的VIGS用不着发卡结构
赞一下 回复此楼
6楼2017-10-11 09:31:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

饿的神啊

新虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 挑战来了 at 2017-10-10 13:01:00
请问你做的是dsRNA合成吗？

不是，这个不是dsRNA，是回文结构的寡核苷酸，我只是不知道它是怎么做的
赞一下 回复此楼
7楼2017-10-11 09:32:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

饿的神啊

新虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 挑战来了 at 2017-10-10 13:01:00
请问你做的是dsRNA合成吗？

dsRNA一般是体外转录得到的，公司应该也可以合成
赞一下 回复此楼
8楼2017-10-11 09:33:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yudaoqian88

至尊木虫 (知名作家)

不良人
引用回帖:
5楼: Originally posted by 饿的神啊 at 2017-10-11 09:30:04
比如说图中第一条PDS48，它其实左边是一条24bp的寡核苷酸，右边是反向互补序列，那么合成的时候只合成24bp？那退火成双链是引物二聚体吧，也形成不了双链啊？还是说直接合成48bp的寡核苷酸？...

双链倒来倒去很乱，容易迷糊

直接合成全长就可以了
赞一下 回复此楼
特别喜欢家门口开门的瞬间，宝宝那个高兴呀，蹦蹦跳跳，好不热闹！
9楼2017-10-11 12:42:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

饿的神啊

新虫 (著名写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by yudaoqian88 at 2017-10-11 12:42:28
双链倒来倒去很乱，容易迷糊

直接合成全长就可以了...

那插入载体时是不是就不用考虑正反向的问题了，合成时在回文寡核苷酸链两端加上酶切位点就可以了吧
赞一下 回复此楼
10楼2017-10-11 16:29:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 饿的神啊 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 2026国自然放榜时间 +3 布布和一二 2026-08-08 3/150 2026-08-08 18:15 by Lightingo
[基金申请] 国基金的申报应该改成非等额制，评价高的钱多评价低的钱少，但是增加资助率 +7 a089 2026-08-07 7/350 2026-08-08 18:05 by gltch
[公派出国] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 qTvzQBRAHjCi 2026-08-07 4/200 2026-08-08 17:27 by oEVWOejN9taj
[硕博家园] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 qTvzQBRAHjCi 2026-08-07 4/200 2026-08-08 17:19 by oEVWOejN9taj
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 qTvzQBRAHjCi 2026-08-07 5/250 2026-08-08 16:47 by oEVWOejN9taj
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 Vi50GxzrFcSG 2026-08-07 4/200 2026-08-08 16:27 by oEVWOejN9taj
[考博] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 Vi50GxzrFcSG 2026-08-07 4/200 2026-08-08 16:22 by oEVWOejN9taj
[博后之家] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 Vi50GxzrFcSG 2026-08-07 4/200 2026-08-08 16:02 by oEVWOejN9taj
[基金申请] fileCode有新解读？ +9 Tide man 2026-08-08 17/850 2026-08-08 14:56 by archvillain
[基金申请] 这样的filecode谁见过 +5 布布和一二 2026-08-08 8/400 2026-08-08 14:54 by archvillain
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 HEQlVqMTIA7d 2026-08-07 6/300 2026-08-08 14:47 by oEVWOejN9taj
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 HEQlVqMTIA7d 2026-08-07 5/250 2026-08-08 14:22 by oEVWOejN9taj
[基金申请] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 KXLV3nuBVBY7 2026-08-07 5/250 2026-08-08 14:07 by oEVWOejN9taj
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 KXLV3nuBVBY7 2026-08-07 5/250 2026-08-08 14:07 by oEVWOejN9taj
[论文投稿] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 KXLV3nuBVBY7 2026-08-07 6/300 2026-08-08 14:01 by oEVWOejN9taj
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 HEQlVqMTIA7d 2026-08-07 3/150 2026-08-08 03:47 by 6vVgjDL4CnGu
[基金申请] 基金中了 +14 laoda193707 2026-08-06 14/700 2026-08-08 00:23 by 实验小白ha
[基金申请] 娱乐 +6 Tide man 2026-08-03 6/300 2026-08-07 22:40 by 铁帽子农民
[基金申请] filecode变化情况 +6 布布和一二 2026-08-07 22/1100 2026-08-07 14:45 by 且听虎啸
[基金申请] 好消息？这个有何含义？？？ +8 Tide man 2026-08-05 10/500 2026-08-05 16:14 by xmuxiaoyu
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭