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钱塘幼麟

木虫 (著名写手)

[求助] 摇菌6小时左右就目测浑浊了,是怎么回事?

构建质粒,经过酶切连接,再转化到大肠杆菌E.Coli。在有抗性的平板上挑取生长出来的单菌落,放到带有同样抗性的液体LB摇菌。37度,220转每分钟,大约6小时,就目测液体比较浑浊了。这是怎么了?(后来,我把未接种任何细菌的LB液体培养基置于同样的条件摇了约18小时,未见浑浊。)

用试剂盒提取质粒送去测序,得到的峰很杂乱,不能读出信息。在测序前,先用PCR根据构建了的质粒进行粗筛,得到了目的条带,但是部分质粒样品出现了非特异条带(目的条带约600bp,非特异条带约4000bp)。


估计质粒样品很不纯。请问我该怎样补救(得到一个意见:把提取的质粒样品再转化一次到大肠杆菌,同时提高筛选平板的抗生素浓度)?还是希望不再做一回酶切连接了。请各位大侠不吝赐教!
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最爱琪琪

新虫 (小有名气)

之前听测序公司的人说可以重新图板,他们意思是挑的不是单菌落

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2楼2017-08-04 21:14:22
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极北小白熊

铁虫 (正式写手)

有杂带表明连接可能出问题,目的片段不纯,测序杂峰表明菌有问题,,如果连接产物没问题,可以划线,如果不能确定连接产物,最好重做,免得日后麻烦。。。

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3楼2017-08-05 09:37:25
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钱塘幼麟

木虫 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 极北小白熊 at 2017-08-05 09:37:25
有杂带表明连接可能出问题,目的片段不纯,测序杂峰表明菌有问题,,如果连接产物没问题,可以划线,如果不能确定连接产物,最好重做,免得日后麻烦。。。

PCR的时候退火温度比较低,53度。

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4楼2017-08-05 15:58:16
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极北小白熊

铁虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 钱塘幼麟 at 2017-08-05 15:58:16
PCR的时候退火温度比较低,53度。
...

切胶测序,做一下就知道了。

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» 本帖已获得的红花(最新10朵)

5楼2017-08-05 16:00:16
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钱塘幼麟

木虫 (著名写手)

送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by 极北小白熊 at 2017-08-05 16:00:16
切胶测序,做一下就知道了。
...

我把前面的质粒样品重新转化到E.coli,在固体选择培养基里增加了抗生素的浓度。转化得到的菌种再提取质粒。而后,用PCR根据目的插入序列,进行扩增,这次目的条带都没有。要不是非特异条带,要不就是空白。

怎么办?绝望!
6楼2017-08-07 00:11:30
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钱塘幼麟

木虫 (著名写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 极北小白熊 at 2017-08-05 16:00:16
切胶测序,做一下就知道了。
...

刚才仔细看了一下,“空白”的泳道,发现模糊出现了一个条带,这个条带指向没有插入。
7楼2017-08-07 00:16:32
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8楼2017-08-19 11:57:39
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