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1937mcq金虫 (初入文坛)
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关于用MeV做热图 已有4人参与
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我想用MeV软件做热力图，但是以别人的帖子中地址下载了软件后，解压发现跟别人解压后的不一样，需要的TMEV,bat刚好就没有，其他的都和别人的一样。这就让我很尴尬，不知道还有没有别的方法。下面就是我的和别人的区别，没有最后一个文件 BEZ%58}~{A_S`@}NC)V5}U5.png  SS(S_(RBBP6H{$Y6Q1X11IW.png |
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【答案】应助回帖
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聚类热图是我们展示芯片、或者测序结果比较常用的方式，在文章中出现的频率非常高，一般来说，这张图的每行对应一个基因，每列对应一个样本，行和列形成的是基因数*样本数的表格，接下来用不同的颜色代表基因在样本中的表达量。 我们用MeV的最新版本4.9.0来演示，用到的数据是本人在用R语言绘制的时候用到的数据， 软件下载后直接打开Mev.exe软件：  接下来我们导入数据，用的文件是百度盘里面的heatmap_example.txt，我们选择file-load data后跳出下面的页面：  我们看到数据已经导入了，数据时miRNA的表达谱数据，一共有2组，每组4个样本，共8个样本，我们单击load后就生成了下面的图片：  这样热图就做好了，解析来我们进行聚类，选择左上角的Clustering，我们看到这里的聚类方法包括分层聚类（Hierarchical Clustering），Tree EASE，自组织映射,k-means聚类等等。  这里我们既进行基因，又进行样本的聚类，距离计算按照欧式距离来计算，选好后单击OK： 如图，在Display里面，选择Set Element Size后右侧选择图片大小，也可以选择Custom我们自己来设置大小：  主要是样本之间聚类的不同，我们换种计算距离的方式，用Pearson相关系数聚类，就把对照组和实验组区分开了。 |
2楼2017-08-03 13:10:54
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4楼2017-08-03 15:18:15
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