| 查看: 11024 | 回复: 9 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
1937mcq金虫 (初入文坛)
努力后生
|
[求助]
关于用MeV做热图 已有4人参与
|
|
我想用MeV软件做热力图，但是以别人的帖子中地址下载了软件后，解压发现跟别人解压后的不一样，需要的TMEV,bat刚好就没有，其他的都和别人的一样。这就让我很尴尬，不知道还有没有别的方法。下面就是我的和别人的区别，没有最后一个文件 BEZ%58}~{A_S`@}NC)V5}U5.png  SS(S_(RBBP6H{$Y6Q1X11IW.png |
回复此楼» 猜你喜欢
含氟糖皮质激素的外用抗炎利器醋酸氟轻松
已经有0人回复
-
阿莫奈韦（Amenamevir）：解旋酶-引物酶靶向分子的结构特征与合成路径全解析
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有249人回复
-
利瑞鲁单抗：靶向KIR的NK细胞检查点工具抗体，结构基础与科研应用全解析
已经有0人回复
-
Wnt-C59：PORCN靶向化学探针，Wnt信号通路阻断机制与科研应用全解析
已经有0人回复
-
Fexaramine：肠道限制性FXR化学探针，结构特征与信号通路研究全解析
已经有0人回复
-
NVS-STG2：靶向STING跨膜域的分子胶类激动剂，结构特征与寡聚化机制研究全解析
已经有0人回复
-
DOTA-GPC3肽（CAS 3066439-94-6）：双功能分子探针前体的结构特征与标记应用解析
已经有0人回复
-
科研用 TLR7/8 双激动剂怎么选？现货与质控要点
已经有0人回复
-
SEL120-34A HCl：CDK8/CDK19高选择性激酶抑制剂
已经有0人回复
liyang_236
新虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 42
- 帖子: 27
- 在线: 33.5小时
- 虫号: 2174135
- 注册: 2012-12-08
- 性别: GG
- 专业: 植物生理与生化
9楼2018-12-19 12:23:52
晋鹏
版主 (知名作家)
- MolEPI: 6
- 应助: 626 (博士)
- 贵宾: 0.096
- 金币: 27592.6
- 散金: 1052
- 红花: 288
- 沙发: 2
- 帖子: 5663
- 在线: 726.4小时
- 虫号: 1183978
- 注册: 2011-01-05
- 性别: GG
- 专业: 生物信息学
- 管辖: 农林
【答案】应助回帖
感谢参与，应助指数 +1
|
聚类热图是我们展示芯片、或者测序结果比较常用的方式，在文章中出现的频率非常高，一般来说，这张图的每行对应一个基因，每列对应一个样本，行和列形成的是基因数*样本数的表格，接下来用不同的颜色代表基因在样本中的表达量。 我们用MeV的最新版本4.9.0来演示，用到的数据是本人在用R语言绘制的时候用到的数据， 软件下载后直接打开Mev.exe软件：  接下来我们导入数据，用的文件是百度盘里面的heatmap_example.txt，我们选择file-load data后跳出下面的页面：  我们看到数据已经导入了，数据时miRNA的表达谱数据，一共有2组，每组4个样本，共8个样本，我们单击load后就生成了下面的图片：  这样热图就做好了，解析来我们进行聚类，选择左上角的Clustering，我们看到这里的聚类方法包括分层聚类（Hierarchical Clustering），Tree EASE，自组织映射,k-means聚类等等。  这里我们既进行基因，又进行样本的聚类，距离计算按照欧式距离来计算，选好后单击OK： 如图，在Display里面，选择Set Element Size后右侧选择图片大小，也可以选择Custom我们自己来设置大小：  主要是样本之间聚类的不同，我们换种计算距离的方式，用Pearson相关系数聚类，就把对照组和实验组区分开了。 |
2楼2017-08-03 13:10:54
1937mcq
金虫 (初入文坛)
努力后生
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 771.9
- 散金: 80
- 帖子: 32
- 在线: 7.5小时
- 虫号: 3599657
- 注册: 2014-12-14
- 性别: MM
- 专业: 作物分子育种
3楼2017-08-03 13:32:45
1937mcq
金虫 (初入文坛)
努力后生
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 771.9
- 散金: 80
- 帖子: 32
- 在线: 7.5小时
- 虫号: 3599657
- 注册: 2014-12-14
- 性别: MM
- 专业: 作物分子育种
4楼2017-08-03 15:18:15
