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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 关于用MeV做热图
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1937mcq

金虫 (初入文坛)

努力后生

[求助] 关于用MeV做热图 已有4人参与

我想用MeV软件做热力图，但是以别人的帖子中地址下载了软件后，解压发现跟别人解压后的不一样，需要的TMEV,bat刚好就没有，其他的都和别人的一样。这就让我很尴尬，不知道还有没有别的方法。下面就是我的和别人的区别，没有最后一个文件

关于用MeV做热图
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关于用MeV做热图-1
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心若向阳，无谓悲伤！
1楼 2017-08-03 12:40:08
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晋鹏

版主 (知名作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
聚类热图是我们展示芯片、或者测序结果比较常用的方式，在文章中出现的频率非常高，一般来说，这张图的每行对应一个基因，每列对应一个样本，行和列形成的是基因数*样本数的表格，接下来用不同的颜色代表基因在样本中的表达量。

我们用MeV的最新版本4.9.0来演示，用到的数据是本人在用R语言绘制的时候用到的数据，


软件下载后直接打开Mev.exe软件：

关于用MeV做热图-2

接下来我们导入数据，用的文件是百度盘里面的heatmap_example.txt，我们选择file-load data后跳出下面的页面：

关于用MeV做热图-3

我们看到数据已经导入了，数据时miRNA的表达谱数据，一共有2组，每组4个样本，共8个样本，我们单击load后就生成了下面的图片：

关于用MeV做热图-4

这样热图就做好了，解析来我们进行聚类，选择左上角的Clustering，我们看到这里的聚类方法包括分层聚类（Hierarchical Clustering），Tree EASE，自组织映射,k-means聚类等等。

关于用MeV做热图-5

这里我们既进行基因，又进行样本的聚类，距离计算按照欧式距离来计算，选好后单击OK：

如图，在Display里面，选择Set Element Size后右侧选择图片大小，也可以选择Custom我们自己来设置大小：

关于用MeV做热图-6

主要是样本之间聚类的不同，我们换种计算距离的方式，用Pearson相关系数聚类，就把对照组和实验组区分开了。
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及时行乐，人生不留遗憾！
2楼2017-08-03 13:10:54
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1937mcq

金虫 (初入文坛)

努力后生
可是，MeV程序运行前要让我下一个JAVA软件，下载了，安装了又不能用，反正就很烦
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心若向阳，无谓悲伤！
3楼2017-08-03 13:32:45
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1937mcq

金虫 (初入文坛)

努力后生
引用回帖:
2楼: Originally posted by 晋鹏 at 2017-08-03 13:10:54
聚类热图是我们展示芯片、或者测序结果比较常用的方式，在文章中出现的频率非常高，一般来说，这张图的每行对应一个基因，每列对应一个样本，行和列形成的是基因数*样本数的表格，接下来用不同的颜色代表基因在样本 ...

谢谢，我已经会做了，但是我出现了新的问题，就是我总共有一百个基因，但是一起的做的话就会出现如下图一所示的样子，好像只有基因小于一定的数目（大约20）时才可以做成图二的样子，请问这要怎么解决呢？？？？要是一百个不能一起，我也可以分成三组这样子。希望知道的话为我解答，万分感谢！！！
关于用MeV做热图-7
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关于用MeV做热图-8
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心若向阳，无谓悲伤！
4楼2017-08-03 15:18:15
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晋鹏

版主 (知名作家)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 1937mcq at 2017-08-03 15:18:15
谢谢，我已经会做了，但是我出现了新的问题，就是我总共有一百个基因，但是一起的做的话就会出现如下图一所示的样子，好像只有基因小于一定的数目（大约20）时才可以做成图二的样子，请问这要怎么解决呢？？？？要 ...

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及时行乐，人生不留遗憾！
5楼2017-08-03 15:22:34
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YY荣耀出品

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 1937mcq at 2017-08-03 13:32:45
可是，MeV程序运行前要让我下一个JAVA软件，下载了，安装了又不能用，反正就很烦

安装在桌面试试，这个与你用的电脑系统有关系。
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6楼2017-10-11 15:21:59
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wangyang02

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 晋鹏 at 2017-08-03 13:10:54
聚类热图是我们展示芯片、或者测序结果比较常用的方式，在文章中出现的频率非常高，一般来说，这张图的每行对应一个基因，每列对应一个样本，行和列形成的是基因数*样本数的表格，接下来用不同的颜色代表基因在样本 ...

你好，能发一份Mev的软件安装包吗？感谢
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7楼2017-12-01 23:26:12
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hwp19891031

至尊木虫 (著名写手)

扶摇子
我下载的软件解压后跟你一样的情况，请问你是怎么解决的啊
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倚楼听风雨，淡看江湖路。
8楼2018-08-30 08:34:19
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liyang_236

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 1937mcq at 2017-08-03 13:32:45
可是，MeV程序运行前要让我下一个JAVA软件，下载了，安装了又不能用，反正就很烦

楼主后来怎么解决的，我也碰到了一样的问题，每次定向到了Java的一个下载网站
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念念不忘，必有回响
9楼2018-12-19 12:23:52
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shiyutao

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
9楼: Originally posted by liyang_236 at 2018-12-19 12:23:52
楼主后来怎么解决的，我也碰到了一样的问题，每次定向到了Java的一个下载网站...

更换java版本可解决。首先下载JavaUninstallTool，把旧版本java删除，重新安装java。我win10系统，安装了java13、java8等MeV都不能用，最后找到jre-7u65-windows-x64（搜索下载后离线安装）这个版本安装后就解决了。
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10楼2020-02-17 17:46:02
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