应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 关于用MeV做热图
101/1返回列表
查看: 10756  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

1937mcq

金虫 (初入文坛)

努力后生

[求助] 关于用MeV做热图 已有4人参与

我想用MeV软件做热力图，但是以别人的帖子中地址下载了软件后，解压发现跟别人解压后的不一样，需要的TMEV,bat刚好就没有，其他的都和别人的一样。这就让我很尴尬，不知道还有没有别的方法。下面就是我的和别人的区别，没有最后一个文件

关于用MeV做热图
BEZ%58}~{A_S`@}NC)V5}U5.png


关于用MeV做热图-1
SS(S_(RBBP6H{$Y6Q1X11IW.png
回复此楼

» 猜你喜欢
心若向阳，无谓悲伤！
1楼 2017-08-03 12:40:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

晋鹏

版主 (知名作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
聚类热图是我们展示芯片、或者测序结果比较常用的方式，在文章中出现的频率非常高，一般来说，这张图的每行对应一个基因，每列对应一个样本，行和列形成的是基因数*样本数的表格，接下来用不同的颜色代表基因在样本中的表达量。

我们用MeV的最新版本4.9.0来演示，用到的数据是本人在用R语言绘制的时候用到的数据，


软件下载后直接打开Mev.exe软件：

关于用MeV做热图-2

接下来我们导入数据，用的文件是百度盘里面的heatmap_example.txt，我们选择file-load data后跳出下面的页面：

关于用MeV做热图-3

我们看到数据已经导入了，数据时miRNA的表达谱数据，一共有2组，每组4个样本，共8个样本，我们单击load后就生成了下面的图片：

关于用MeV做热图-4

这样热图就做好了，解析来我们进行聚类，选择左上角的Clustering，我们看到这里的聚类方法包括分层聚类（Hierarchical Clustering），Tree EASE，自组织映射,k-means聚类等等。

关于用MeV做热图-5

这里我们既进行基因，又进行样本的聚类，距离计算按照欧式距离来计算，选好后单击OK：

如图，在Display里面，选择Set Element Size后右侧选择图片大小，也可以选择Custom我们自己来设置大小：

关于用MeV做热图-6

主要是样本之间聚类的不同，我们换种计算距离的方式，用Pearson相关系数聚类，就把对照组和实验组区分开了。
赞一下 回复此楼
及时行乐，人生不留遗憾！
2楼2017-08-03 13:10:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

1937mcq

金虫 (初入文坛)

努力后生
可是，MeV程序运行前要让我下一个JAVA软件，下载了，安装了又不能用，反正就很烦
赞一下 回复此楼
心若向阳，无谓悲伤！
3楼2017-08-03 13:32:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

1937mcq

金虫 (初入文坛)

努力后生
引用回帖:
2楼: Originally posted by 晋鹏 at 2017-08-03 13:10:54
聚类热图是我们展示芯片、或者测序结果比较常用的方式，在文章中出现的频率非常高，一般来说，这张图的每行对应一个基因，每列对应一个样本，行和列形成的是基因数*样本数的表格，接下来用不同的颜色代表基因在样本 ...

谢谢，我已经会做了，但是我出现了新的问题，就是我总共有一百个基因，但是一起的做的话就会出现如下图一所示的样子，好像只有基因小于一定的数目（大约20）时才可以做成图二的样子，请问这要怎么解决呢？？？？要是一百个不能一起，我也可以分成三组这样子。希望知道的话为我解答，万分感谢！！！
关于用MeV做热图-7
BD9[LO3LPP2DHAWT$Q@M6[A.png


关于用MeV做热图-8
2~37{KC6WDS{FJ}U)36K3J6.png
赞一下 回复此楼
心若向阳，无谓悲伤！
4楼2017-08-03 15:18:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

晋鹏

版主 (知名作家)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 1937mcq at 2017-08-03 15:18:15
谢谢，我已经会做了，但是我出现了新的问题，就是我总共有一百个基因，但是一起的做的话就会出现如下图一所示的样子，好像只有基因小于一定的数目（大约20）时才可以做成图二的样子，请问这要怎么解决呢？？？？要 ...

更改设置
回复此楼
及时行乐，人生不留遗憾！
5楼2017-08-03 15:22:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

YY荣耀出品

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 1937mcq at 2017-08-03 13:32:45
可是，MeV程序运行前要让我下一个JAVA软件，下载了，安装了又不能用，反正就很烦

安装在桌面试试，这个与你用的电脑系统有关系。
赞一下 回复此楼
6楼2017-10-11 15:21:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangyang02

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 晋鹏 at 2017-08-03 13:10:54
聚类热图是我们展示芯片、或者测序结果比较常用的方式，在文章中出现的频率非常高，一般来说，这张图的每行对应一个基因，每列对应一个样本，行和列形成的是基因数*样本数的表格，接下来用不同的颜色代表基因在样本 ...

你好，能发一份Mev的软件安装包吗？感谢
赞一下 回复此楼
7楼2017-12-01 23:26:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hwp19891031

至尊木虫 (著名写手)

扶摇子
我下载的软件解压后跟你一样的情况，请问你是怎么解决的啊
赞一下 回复此楼
倚楼听风雨，淡看江湖路。
8楼2018-08-30 08:34:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liyang_236

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 1937mcq at 2017-08-03 13:32:45
可是，MeV程序运行前要让我下一个JAVA软件，下载了，安装了又不能用，反正就很烦

楼主后来怎么解决的，我也碰到了一样的问题，每次定向到了Java的一个下载网站
赞一下 回复此楼
念念不忘，必有回响
9楼2018-12-19 12:23:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shiyutao

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
9楼: Originally posted by liyang_236 at 2018-12-19 12:23:52
楼主后来怎么解决的，我也碰到了一样的问题，每次定向到了Java的一个下载网站...

更换java版本可解决。首先下载JavaUninstallTool，把旧版本java删除，重新安装java。我win10系统，安装了java13、java8等MeV都不能用，最后找到jre-7u65-windows-x64（搜索下载后离线安装）这个版本安装后就解决了。
赞一下 回复此楼
10楼2020-02-17 17:46:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 1937mcq 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 279分求调剂 一志愿211 +15 chaojifeixia 2026-03-19 17/850 2026-03-23 18:30 by allen-yin
[考研] 0854 考研调剂 招生了！AI 方向 +3 pk3725069 2026-03-19 14/700 2026-03-23 14:44 by Jack_333
[考研] 求调剂材料学硕080500，总分289分 5+3 @taotao 2026-03-19 21/1050 2026-03-23 10:17 by 冠c哥
[考研] 一志愿东华大学化学070300，求调剂 +7 2117205181 2026-03-21 8/400 2026-03-22 22:55 by chixmc
[考研] 293求调剂 +3 涛涛Wjt 2026-03-22 5/250 2026-03-22 22:21 by jiangpengfei
[考研] 306求调剂 +5 来好运来来来 2026-03-22 5/250 2026-03-22 16:17 by BruceLiu320
[考研] 一志愿中南化学（0703）总分337求调剂 +9 niko- 2026-03-19 10/500 2026-03-22 16:08 by ColorlessPI
[考研] 354求调剂 +7 Tyoumou 2026-03-18 10/500 2026-03-22 11:11 by 人来盛
[考研] 初试 317 +7 半拉月丙 2026-03-20 7/350 2026-03-21 22:26 by peike
[考研] 一志愿重庆大学085700资源与环境总分308求调剂 +7 墨墨漠 2026-03-20 7/350 2026-03-21 16:36 by barlinike
[考研] 346求调剂[0856] +4 WayneLim327 2026-03-16 7/350 2026-03-21 04:02 by JourneyLucky
[考研] 330求调剂 +4 小材化本科 2026-03-18 4/200 2026-03-20 23:13 by JourneyLucky
[考研] 材料与化工 322求调剂 +4 然11 2026-03-19 4/200 2026-03-20 22:12 by luoyongfeng
[考研] 一志愿苏州大学材料求调剂，总分315（英一） +5 sbdksD 2026-03-19 5/250 2026-03-20 22:10 by luoyongfeng
[考研] A区线材料学调剂 +5 周周无极 2026-03-20 5/250 2026-03-20 21:33 by laoshidan
[考研] 材料学硕297已过四六级求调剂推荐 +11 adaie 2026-03-19 11/550 2026-03-20 21:30 by laoshidan
[考研] 085600材料与化工调剂 324分 +10 llllkkkhh 2026-03-18 12/600 2026-03-19 14:33 by llllkkkhh
[考研] 0703化学调剂 +5 pupcoco 2026-03-17 8/400 2026-03-19 13:58 by houyaoxu
[考研] 材料工程专硕调剂 +5 204818@lcx 2026-03-17 6/300 2026-03-18 22:55 by 204818@lcx
[考研] 考研求调剂 +3 橘颂. 2026-03-17 4/200 2026-03-17 21:43 by 有只狸奴
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭