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1937mcq

金虫 (初入文坛)

努力后生

[求助] 关于用MeV做热图 已有4人参与

我想用MeV软件做热力图，但是以别人的帖子中地址下载了软件后，解压发现跟别人解压后的不一样，需要的TMEV,bat刚好就没有，其他的都和别人的一样。这就让我很尴尬，不知道还有没有别的方法。下面就是我的和别人的区别，没有最后一个文件

关于用MeV做热图
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关于用MeV做热图-1
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心若向阳，无谓悲伤！
1楼 2017-08-03 12:40:08
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1937mcq

金虫 (初入文坛)

努力后生
可是，MeV程序运行前要让我下一个JAVA软件，下载了，安装了又不能用，反正就很烦
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心若向阳，无谓悲伤！
3楼2017-08-03 13:32:45
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晋鹏

版主 (知名作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
聚类热图是我们展示芯片、或者测序结果比较常用的方式，在文章中出现的频率非常高，一般来说，这张图的每行对应一个基因，每列对应一个样本，行和列形成的是基因数*样本数的表格，接下来用不同的颜色代表基因在样本中的表达量。

我们用MeV的最新版本4.9.0来演示，用到的数据是本人在用R语言绘制的时候用到的数据，


软件下载后直接打开Mev.exe软件：

关于用MeV做热图-2

接下来我们导入数据，用的文件是百度盘里面的heatmap_example.txt，我们选择file-load data后跳出下面的页面：

关于用MeV做热图-3

我们看到数据已经导入了，数据时miRNA的表达谱数据，一共有2组，每组4个样本，共8个样本，我们单击load后就生成了下面的图片：

关于用MeV做热图-4

这样热图就做好了，解析来我们进行聚类，选择左上角的Clustering，我们看到这里的聚类方法包括分层聚类（Hierarchical Clustering），Tree EASE，自组织映射,k-means聚类等等。

关于用MeV做热图-5

这里我们既进行基因，又进行样本的聚类，距离计算按照欧式距离来计算，选好后单击OK：

如图，在Display里面，选择Set Element Size后右侧选择图片大小，也可以选择Custom我们自己来设置大小：

关于用MeV做热图-6

主要是样本之间聚类的不同，我们换种计算距离的方式，用Pearson相关系数聚类，就把对照组和实验组区分开了。
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及时行乐，人生不留遗憾！
2楼2017-08-03 13:10:54
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1937mcq

金虫 (初入文坛)

努力后生
引用回帖:
2楼: Originally posted by 晋鹏 at 2017-08-03 13:10:54
聚类热图是我们展示芯片、或者测序结果比较常用的方式，在文章中出现的频率非常高，一般来说，这张图的每行对应一个基因，每列对应一个样本，行和列形成的是基因数*样本数的表格，接下来用不同的颜色代表基因在样本 ...

谢谢，我已经会做了，但是我出现了新的问题，就是我总共有一百个基因，但是一起的做的话就会出现如下图一所示的样子，好像只有基因小于一定的数目（大约20）时才可以做成图二的样子，请问这要怎么解决呢？？？？要是一百个不能一起，我也可以分成三组这样子。希望知道的话为我解答，万分感谢！！！
关于用MeV做热图-7
BD9[LO3LPP2DHAWT$Q@M6[A.png


关于用MeV做热图-8
2~37{KC6WDS{FJ}U)36K3J6.png
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心若向阳，无谓悲伤！
4楼2017-08-03 15:18:15
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晋鹏

版主 (知名作家)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 1937mcq at 2017-08-03 15:18:15
谢谢，我已经会做了，但是我出现了新的问题，就是我总共有一百个基因，但是一起的做的话就会出现如下图一所示的样子，好像只有基因小于一定的数目（大约20）时才可以做成图二的样子，请问这要怎么解决呢？？？？要 ...

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及时行乐，人生不留遗憾！
5楼2017-08-03 15:22:34
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