[求助] 如何在Dmol3计算固体表面吸附分子的自由能中用Partial Hessian加速

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1楼2017-06-28 12:28:11

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卡开发发

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5楼: Originally posted by 52Hz的明王星 at 2021-03-05 11:22:06
请问您找到解决的方法了吗？

这个需要自己写脚本来处理，DMol3内置是不支持partial hessian分析热化学信息的，但这个脚本并不复杂，需要的信息只是温度和振动频率。
（注：DMol3只能分析声子BZ的Gamma点的频率，因此特定的体系要建立足够大的晶格才有意义）

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6楼2021-03-05 21:57:57

卡开发发

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8楼: Originally posted by 52Hz的明王星 at 2021-03-06 14:50:35
我的计算结果如下：
vibrational frequencies,                         intensities
  mode    au_amu       cm-1       meV       THz    km/mol
1 -0.028053    -144.2    -17.88    ...

看下tool菜单里面的vibrational analysis呢，那个有多少虚频？

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9楼2021-03-06 15:15:47

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Ccfreesia

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2楼2018-07-27 14:45:58

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您好，请问解决了吗？

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3楼2019-04-18 09:40:16

时光唤雨

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2楼: Originally posted by Ccfreesia at 2018-07-27 14:45:58
同求，顶一下

您好，请问解决了吗

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4楼2019-04-18 09:52:13

52Hz的明王星

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请问您找到解决的方法了吗？

5楼2021-03-05 11:22:06

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6楼: Originally posted by 卡开发发 at 2021-03-05 21:57:57
这个需要自己写脚本来处理，DMol3内置是不支持partial hessian分析热化学信息的，但这个脚本并不复杂，需要的信息只是温度和振动频率。
（注：DMol3只能分析声子BZ的Gamma点的频率，因此特定的体系要建立足够大的 ...

您好，我后来用partial hessian进行计算后，发现几乎都是虚频。请问您这个时候应该怎么处理？谢谢

7楼2021-03-06 14:45:27

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我的计算结果如下：
vibrational frequencies,                         intensities
  mode    au_amu       cm-1       meV       THz    km/mol
1 -0.028053    -144.2    -17.88    -4.323       0.00
2 -0.020608    -105.9    -13.13    -3.176       0.00
3 -0.015733    -80.9    -10.03    -2.425       0.00
4 -0.011992    -61.6    -7.64    -1.848       0.00
5 -0.009646    -49.6    -6.15    -1.486       0.00
6 -0.005562    -28.6    -3.54    -0.857       0.00
7 0.000000       0.0       0.00    0.000       0.00
8 0.000000       0.0       0.00    0.000       0.00
9 0.000000       0.0       0.00    0.000       0.00
10 0.000000       0.0       0.00    0.000       0.00
后面都是0，但是零点能可以算出
Zero point vibrational energy:    4.696 kcal/mol

8楼2021-03-06 14:50:35

52Hz的明王星

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9楼: Originally posted by 卡开发发 at 2021-03-06 15:15:47
看下tool菜单里面的vibrational analysis呢，那个有多少虚频？...

老师，您好。在vibrational analysis里面就没有虚频存在了。我体系291个原子，只选择了2个原子为partial hessian，但是最终出来了867个频率结果，我要计算ZPE和TS的时候，这些频率都是要考虑的，还是只是挑出我所关注的这两个原子的振动模式进行计算？如果我是要挑出来那几个关注的频率结果，有没有比较便捷的方法从这么多数据中找出来呢？谢谢老师的解答。

10楼2021-03-06 16:27:07