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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 如何在Dmol3计算固体表面吸附分子的自由能中用Partial Hessian加速
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clickme

木虫 (小有名气)

[求助] 如何在Dmol3计算固体表面吸附分子的自由能中用Partial Hessian加速

即只对吸附分子做频率分析，基底原子自动忽略，最后给出零点能和室温下的自由能。
这样可以极大的降低计算量。

尝试发现vasp和castep可以通过对基底原子固定坐标的方式来做到这个效果。
dmol3即使固定了坐标也没有用。
使用她的partial hessian功能后能进行频率分析，但是最后不能给出自由能。
说“Thermochemistry is not calculated with Partial Hessian”
有大侠知道如何修改关键字来达到这个效果吗？
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1楼 2017-06-28 12:28:11
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
引用回帖:
5楼: Originally posted by 52Hz的明王星 at 2021-03-05 11:22:06
请问您找到解决的方法了吗？

这个需要自己写脚本来处理，DMol3内置是不支持partial hessian分析热化学信息的，但这个脚本并不复杂，需要的信息只是温度和振动频率。
（注：DMol3只能分析声子BZ的Gamma点的频率，因此特定的体系要建立足够大的晶格才有意义）
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不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。
6楼2021-03-05 21:57:57
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
引用回帖:
8楼: Originally posted by 52Hz的明王星 at 2021-03-06 14:50:35
我的计算结果如下：
   vibrational frequencies,                          intensities
  mode     au_amu        cm-1         meV         THz      km/mol
    1   -0.028053      -144.2      -17.88     ...

看下tool菜单里面的vibrational analysis呢，那个有多少虚频？
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不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。
9楼2021-03-06 15:15:47
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普通回帖

Ccfreesia

铜虫 (小有名气)
同求，顶一下
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2楼2018-07-27 14:45:58
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时光唤雨

新虫 (小有名气)
您好，请问解决了吗？

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3楼2019-04-18 09:40:16
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时光唤雨

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by Ccfreesia at 2018-07-27 14:45:58
同求，顶一下

您好，请问解决了吗

发自小木虫Android客户端
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4楼2019-04-18 09:52:13
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52Hz的明王星

木虫 (正式写手)
请问您找到解决的方法了吗？
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5楼2021-03-05 11:22:06
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52Hz的明王星

木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 卡开发发 at 2021-03-05 21:57:57
这个需要自己写脚本来处理，DMol3内置是不支持partial hessian分析热化学信息的，但这个脚本并不复杂，需要的信息只是温度和振动频率。
（注：DMol3只能分析声子BZ的Gamma点的频率，因此特定的体系要建立足够大的 ...

您好，我后来用partial hessian进行计算后，发现几乎都是虚频。请问您这个时候应该怎么处理？谢谢
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7楼2021-03-06 14:45:27
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52Hz的明王星

木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 卡开发发 at 2021-03-05 21:57:57
这个需要自己写脚本来处理，DMol3内置是不支持partial hessian分析热化学信息的，但这个脚本并不复杂，需要的信息只是温度和振动频率。
（注：DMol3只能分析声子BZ的Gamma点的频率，因此特定的体系要建立足够大的 ...

我的计算结果如下：
   vibrational frequencies,                          intensities
  mode     au_amu        cm-1         meV         THz      km/mol
    1   -0.028053      -144.2      -17.88      -4.323        0.00
    2   -0.020608      -105.9      -13.13      -3.176        0.00
    3   -0.015733       -80.9      -10.03      -2.425        0.00
    4   -0.011992       -61.6       -7.64      -1.848        0.00
    5   -0.009646       -49.6       -6.15      -1.486        0.00
    6   -0.005562       -28.6       -3.54      -0.857        0.00
    7    0.000000         0.0        0.00       0.000        0.00
    8    0.000000         0.0        0.00       0.000        0.00
    9    0.000000         0.0        0.00       0.000        0.00
   10    0.000000         0.0        0.00       0.000        0.00
后面都是0，但是 零点能可以算出
Zero point vibrational energy:      4.696 kcal/mol
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8楼2021-03-06 14:50:35
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52Hz的明王星

木虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 卡开发发 at 2021-03-06 15:15:47
看下tool菜单里面的vibrational analysis呢，那个有多少虚频？...

老师，您好。在vibrational analysis里面就没有虚频存在了。我体系291个原子，只选择了2个原子为partial hessian，但是最终出来了867个频率结果，我要计算ZPE和TS的时候，这些频率都是要考虑的，还是只是挑出我所关注的这两个原子的振动模式进行计算？如果我是要挑出来那几个关注的频率结果，有没有比较便捷的方法从这么多数据中找出来呢？谢谢老师的解答。
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10楼2021-03-06 16:27:07
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