24小时热门版块排行榜    

查看: 1381  |  回复: 5

相见很不晚

新虫 (初入文坛)

[求助] 16s rna 如何对otu表进行拉平处理

各位好,请问一下 ,就是我们在做alpha多样性之前,需要对otu表根据最低测序深度进行随机重抽样,即拉平处理,我知道qiime中的parallel_multiple_rarefactions.py可以实现otu矩阵稀疏化,并会输出好几个稀疏化的文件,公司说可以通过R软件对多次稀疏化结果取均值,得到最终的拉平后的otu矩阵。请问这里的取均值是什么意思,就是多个表格中重复出现的么?
    下面是其中一个稀疏化后得到的otu表,假如有10个这种表的化应如何取均值?希望各位能贴一下脚本16s rna  如何对otu表进行拉平处理
Y6YLS3MABA1X$HOO(80B19O.png
回复此楼

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈:小木虫仅提供交流平台,不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布,如果其内容涉及到知识产权问题,其责任在于用户本人,如对版权有异议,请联系邮箱:xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : rarefaction_5640_0.txt
  • 2017-06-05 21:12:22, 3.29 M

» 猜你喜欢

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
2楼2017-08-18 09:24:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
3楼2017-08-18 17:09:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
4楼2017-08-19 17:04:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
5楼2017-08-20 09:26:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
6楼2017-08-21 00:58:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 相见很不晚 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿厦门大学化学学硕307求调剂 +4 y7czhao 2026-03-26 4/200 2026-03-26 14:07 by 小小麦片
[考研] 085600 材料与化工 329分求调剂 +9 Mr. Z 2026-03-25 9/450 2026-03-26 10:36 by baoball
[考研] 材料调剂 5+3 想要一壶桃花水 2026-03-25 8/400 2026-03-26 09:51 by 王小欠i
[考研] 机械学硕总分317求调剂!!!! +4 Acaciad 2026-03-25 4/200 2026-03-25 19:59 by hanserlol
[考研] 290分调剂求助 +3 吉祥止止陈 2026-03-25 3/150 2026-03-25 19:58 by barlinike
[考研] 考研一志愿苏州大学初始315(英一)求调剂 +3 sbdksD 2026-03-24 4/200 2026-03-25 18:16 by xcjcqu
[考研] 271求调剂 +4 生如夏花… 2026-03-22 4/200 2026-03-25 11:25 by userper
[考研] 材料学硕,求调剂 6+4 糖葫芦888ll 2026-03-22 9/450 2026-03-25 11:19 by greychen00
[考研] 一志愿武理085500机械专业总分300求调剂 +3 an10101 2026-03-24 7/350 2026-03-25 00:00 by 山鬼0-
[考研] 080500求调剂 +3 zzzzfan 2026-03-24 3/150 2026-03-24 16:38 by barlinike
[考研] 361求调剂 +3 Glack 2026-03-22 3/150 2026-03-23 22:03 by fuyu_
[考研] 336化工调剂 +4 王大坦1 2026-03-23 5/250 2026-03-23 18:32 by allen-yin
[考研] 328求调剂 +4 LHHL66 2026-03-23 4/200 2026-03-23 14:55 by lbsjt
[考研] 一志愿华中农业071010,总分320求调剂 +5 困困困困坤坤 2026-03-20 6/300 2026-03-22 17:41 by hxsm
[考研] 一志愿北京化工大学070300 学硕336求调剂 +5 vv迷 2026-03-21 8/400 2026-03-22 14:20 by ColorlessPI
[考研] 求调剂 +7 Auroracx 2026-03-22 7/350 2026-03-22 12:38 by 素颜倾城1988
[考研] 0703化学297求调剂 +3 Daisy☆ 2026-03-20 3/150 2026-03-21 17:45 by ColorlessPI
[考研] 266求调剂 +3 哇呼哼呼哼 2026-03-20 3/150 2026-03-21 16:46 by barlinike
[考研] 中南大学化学学硕337求调剂 +3 niko- 2026-03-19 6/300 2026-03-20 21:58 by luoyongfeng
[考研] 求调剂 +3 @taotao 2026-03-20 3/150 2026-03-20 19:35 by JourneyLucky
信息提示
请填处理意见