| 查看: 1497 | 回复: 5 | |||
[求助]
16s rna 如何对otu表进行拉平处理
|
|
各位好，请问一下 ，就是我们在做alpha多样性之前，需要对otu表根据最低测序深度进行随机重抽样，即拉平处理，我知道qiime中的parallel_multiple_rarefactions.py可以实现otu矩阵稀疏化，并会输出好几个稀疏化的文件，公司说可以通过R软件对多次稀疏化结果取均值，得到最终的拉平后的otu矩阵。请问这里的取均值是什么意思，就是多个表格中重复出现的么？ 下面是其中一个稀疏化后得到的otu表，假如有10个这种表的化应如何取均值？希望各位能贴一下脚本  Y6YLS3MABA1X$HOO(80B19O.png |
回复此楼» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : rarefaction_5640_0.txt
2017-06-05 21:12:22, 3.29 M
» 猜你喜欢
国社科又开始会评了，不知道这次命运如何
已经有13人回复
-
麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上）
已经有13人回复
-
售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有4人回复
-
售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有6人回复
-
科研人应该花精力去思考如何解决问题，而不是去凝练问题
已经有14人回复
-
要骂人了，新模版改版就是要淡化问题凝练这种虚的东西，结果有个评委还在说凝练得不够
已经有17人回复
-
基金系统什么内容也没有
已经有10人回复
-
学科评审组评审是指会评吗？
已经有5人回复
-
面上函评意见出来了，像什么等级？
已经有17人回复
-
小白求助 投论文要求的highlights应该如何写
已经有4人回复
 |
2楼2017-08-18 09:24:11
 |
3楼2017-08-18 17:09:26
 |
4楼2017-08-19 17:04:17
|
|
5楼2017-08-20 09:26:50
|
|
6楼2017-08-21 00:58:59