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16s rna 如何对otu表进行拉平处理
各位好,请问一下 ,就是我们在做alpha多样性之前,需要对otu表根据最低测序深度进行随机重抽样,即拉平处理,我知道qiime中的parallel_multiple_rarefactions.py可以实现otu矩阵稀疏化,并会输出好几个稀疏化的文件,公司说可以通过R软件对多次稀疏化结果取均值,得到最终的拉平后的otu矩阵。请问这里的取均值是什么意思,就是多个表格中重复出现的么?
下面是其中一个稀疏化后得到的otu表,假如有10个这种表的化应如何取均值?希望各位能贴一下脚本![16s rna 如何对otu表进行拉平处理]()
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- 附件 1 : rarefaction_5640_0.txt
2017-06-05 21:12:22, 3.29 M
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