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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 请问lammps高手，自己编译的lammps如何用mpirun单机多核运行？
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linzi610

新虫 (初入文坛)

[求助] 请问lammps高手，自己编译的lammps如何用mpirun单机多核运行？ 已有1人参与

　　　我自己在ubuntu下编译lammps已经超过几十次上百次了，但是至今仍然没有找到多核并行运行的方法．如果是直接从网上下载的lammps，就可以用mpirun多核并行运行．以前由于用gpu加速，不需要cpu的多核运行，所以这个问题就一直没有去解决；但是现在换到在安卓手机上运行lammps，直接输出mpg视频查看结果，不可能使用gpu加速，所以cpu多核运行变得十分重要．我自己已经尝试了很多天了，仍然没有一点头绪，无论是改变编译宏选项还是改变package组件都无效；mpirun可以启动一般程序的任意多个的进程，但是只要换成自己编译的lammps程序，无论如何就都只有一个进程了，所以cpu无论多少核就只有一个核在运行lammps．如果谁帮我解决这个问题，我把我所有的分都给他，否则请版主扣掉我所有的分．谢谢．
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1楼 2017-05-28 21:20:22
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哦紧迫看

新虫 (初入文坛)
安卓手机运行lammps？

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2楼2017-05-28 23:42:53
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linzi610

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 哦紧迫看 at 2017-05-28 23:42:53
安卓手机运行lammps？

安卓的终端模拟器chroot运行ubuntu，我已经用了好几年了．
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3楼2017-05-30 00:07:10
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linzi610

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 哦紧迫看 at 2017-05-28 23:42:53
安卓手机运行lammps？

因为用apt-get 下载的arm版的lammps版本比较老，而且不支持视频dump输出，所以只能自己编译的才行．无论是在电脑上还是在手机上，这个自己编译的无法多核运行的问题都一直存在着，我花了大量时间都没有解决这问题．
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4楼2017-05-30 00:11:33
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jluchemlib

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
linzi610: 金币+5, ★★★很有帮助, 问题解决了，如果不是这位提示，我很久都找不到方向，实在是千头万绪． 2017-05-31 15:18:15
先装任何一个mpi软件，比如openmpi，装好之后在bashrc里设置环境变量，然后下载lammps源代码，进src里面打make mpi就可以了
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5楼2017-05-31 08:31:21
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linzi610

新虫 (初入文坛)
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5楼: Originally posted by jluchemlib at 2017-05-31 08:31:21
先装任何一个mpi软件，比如openmpi，装好之后在bashrc里设置环境变量，然后下载lammps源代码，进src里面打make mpi就可以了

我问的不是怎样编译lammps，我已经在ubuntu下编译过无数遍了，包括编译GPU和CUDA的包和对多种显卡的支持．问题是自己编译的lammps只能用mpirun启动一个进程所以无法cpu多核运行，但是从网上下载的就可以多核运行．手机和电脑上好像mpich2和openmpi都装上了，不知道是不是两者冲突导致的．openmpi我的没有设置什么，可能是系统自带的．
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6楼2017-05-31 10:45:19
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mengfan

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by jluchemlib at 2017-05-31 08:31:21
先装任何一个mpi软件，比如openmpi，装好之后在bashrc里设置环境变量，然后下载lammps源代码，进src里面打make mpi就可以了

应该就是这样啊。并行计算的编译并不难。不过反馈一个信息，我之前用Ubuntu, 开始可以用多线程计算，后来无论mpirun设置用几个线程，最后只能用一个。原因至今不清楚。

发自小木虫Android客户端
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XeTaL
7楼2017-05-31 11:07:35
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linzi610

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by jluchemlib at 2017-05-31 08:31:21
先装任何一个mpi软件，比如openmpi，装好之后在bashrc里设置环境变量，然后下载lammps源代码，进src里面打make mpi就可以了

我发现我的ubuntu里的mpirun是用apt-get安装lammps时装上的libopenmpi里面的，而不是mpich2里面的．可能存在版本冲突问题．
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8楼2017-05-31 11:08:58
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linzi610

新虫 (初入文坛)
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7楼: Originally posted by mengfan at 2017-05-31 11:07:35
应该就是这样啊。并行计算的编译并不难。不过反馈一个信息，我之前用Ubuntu, 开始可以用多线程计算，后来无论mpirun设置用几个线程，最后只能用一个。原因至今不清楚。
...

我一直用的都是并行编译，自己编译的lammps只能用一个线程的原因就是mpirun只能启动它的一个进程．你用几行c语言代码写一个长时间循环语句的小程序，都可以用mpirun启动它的任意多个进程，用top命令就可以看得出来，用网上下载的lammps程序也可以，但是只要换成自己编译的lammps程序，mpirun就无论如何只能启动它一个进程，所以只能使用单核．估计可能是openmpi的问题．
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9楼2017-05-31 13:21:37
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jluchemlib

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by linzi610 at 2017-05-31 10:45:19
我问的不是怎样编译lammps，我已经在ubuntu下编译过无数遍了，包括编译GPU和CUDA的包和对多种显卡的支持．问题是自己编译的lammps只能用mpirun启动一个进程所以无法cpu多核运行，但是从网上下载的就可以多核运行． ...

只要你的openmpi或者mpich2是从官网上下源码包安装的，就没问题。你装lammps的时候想用哪个就调用哪个就可以了。觉得装这种软件还是不要用ubuntu自带的apt-get比较好
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10楼2017-05-31 15:08:26
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