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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 请教Gaussian09 Linda版的安装和使用
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tanya

木虫 (正式写手)

[求助] 请教Gaussian09 Linda版的安装和使用 已有3人参与

想学学高斯计算，网上下了几个版本的g09。搞不定跨节点并行运行，请懂的linda安装和使用的指导一下，谢谢了！
我是这样安装的
1、实验室里面有6台i5台式机闲置，我把它们都安装了CentOS7, 主机名字分别是linux01~06，IP地址是192.168.1.11~16；设置了相同的用户名为gao，密码也相同。然后弄好了SSH，几台电脑能自由相互登录到gao用户下，无需密码。
2、在、把g09解压到/home/gao/g09文件夹下，按照网上的《g09使用手册》设置，先修改了bsd/g09.profile文件，加入主文件夹，然后修改了g09下的.bash.profile文件，添加source ...... g09.profile设置环境变量。
3. 添加Default.Route文件到g09文件夹中，内容如下：
-M- 6GB
-P- 24
-#- MaxDisk=80GB
-W- linux01:4,linux02:4,linux03:4,linux04:4,linux05:4,linux06:4
-S- linux01
4. 在gao文件夹下增加了.tsnet.config文件，里面增加了Tsnet.Node.lindarsharg: ssh, 和相应的主机名
所有的电脑设置基本一样。都在相同位置安装了g09
5. 弄一个的输入文件试算了一下，文件头是这样的。

%chk=/tmp/test01/test03.chk
%NProcShared=4
%LindaWorkers=linux01:2,linux02:2
# opt hf/6-31(d)

test03

0 1
C                 -2.14340000    1.65000000    0.00000000
C                 -2.14340000    0.82500000    0.00000000
C                 -1.42890000    0.41250000    0.00000000
C                 -0.71450000    0.82500000    0.00000000
.....

现在的问题是，单机能算，4个核都满的，但是其他电脑没有反应，没有l502在运行，核也是空闲的。
我该怎么办啊？
G09不是编译了linda了么？不需要另外安装linda吧？或者需要安装PBS软件才行？
请各位大侠不宁赐教！
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1楼 2017-05-12 16:45:22
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qchem

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你得先有Linda版的Gaussian才行，网上下的应该都没Linda

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tanya
2楼2017-05-13 07:31:17
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tanya

木虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by qchem at 2017-05-13 07:31:17
你得先有Linda版的Gaussian才行，网上下的应该都没Linda

谢谢回复！
怎么才能知道软件包中含不含Linda呢？下过4个版本，看文件夹结构都一样，但其中一个最大，解压后达到2.3G，其他在1.6G左右。
有人说还需要安装并行调度软件，是这样么？

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3楼2017-05-13 07:55:27
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qchem

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by tanya at 2017-05-13 07:55:27
谢谢回复！
怎么才能知道软件包中含不含Linda呢？下过4个版本，看文件夹结构都一样，但其中一个最大，解压后达到2.3G，其他在1.6G左右。
有人说还需要安装并行调度软件，是这样么？
...

那些link文件有后缀是.exel的

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4楼2017-05-13 11:59:38
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tanya

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by qchem at 2017-05-13 11:59:38
那些link文件有后缀是.exel的
...

谢谢你的回复！
我在文件夹中只找到”.exe“文件，没有“.exel”文件，我把g09文件夹下的所有文件和bsd下的所有文件都列出来，麻烦你帮我看看。
g09文件夹下的文件：
2017/05/11 周四  15:33    <DIR>          .
2017/05/11 周四  15:33    <DIR>          ..
2013/01/10 周四  06:06            15,566 amber.prm
2013/01/10 周四  06:06            31,388 amber98.prm
2017/05/11 周四  15:33    <DIR>          basis
2017/05/11 周四  15:33    <DIR>          bsd
2013/05/01 周三  13:04           687,600 c8609
2013/05/01 周三  13:04               225 c8609.hlp
2013/05/01 周三  13:04           889,504 chkchk
2013/04/26 周五  00:29           809,721 copychk
2013/05/01 周三  13:04        24,676,016 cubegen
2013/05/01 周三  13:04             2,486 cubegen.hlp
2013/05/01 周三  13:04           462,720 cubman
2013/05/01 周三  13:04             1,478 cubman.hlp
2013/05/01 周三  13:04           407,160 demofc
2013/01/10 周四  06:06           169,617 dftba.prm
2013/01/10 周四  06:06               953 dftbpar.prm
2017/05/11 周四  15:33    <DIR>          doc
2013/01/10 周四  06:06             5,521 dreiding.prm
2013/04/26 周五  00:04                 0 em64t.flag
2013/05/01 周三  13:04           818,656 formchk
2013/05/01 周三  13:04               953 formchk.hlp
2013/05/01 周三  13:04        26,873,840 freqchk
2013/05/01 周三  13:04           401,328 freqmem
2013/05/01 周三  13:04           439,576 g09
2013/05/01 周三  13:04            32,160 gau-cpp
2013/05/01 周三  13:04            14,840 gau-fsplit
2013/05/01 周三  13:04             6,440 gau-machine
2013/05/01 周三  13:04         1,526,336 gauopt
2013/05/01 周三  13:04               545 gauopt.hlp
2013/05/01 周三  13:04         1,740,880 gauoptl
2013/05/01 周三  13:04               545 gauoptl.hlp
2013/05/01 周三  13:04           609,536 gautraj
2013/04/26 周五  00:30         1,021,092 gdrgen
2013/05/01 周三  13:04           725,664 ghelp
2013/05/01 周三  13:04             1,326 ghelp.hlp
2013/05/01 周三  13:04             1,326 ghmain.hlp
2013/05/01 周三  13:04           394,432 ham506
2013/05/01 周三  13:04               174 ham506.hlp
2013/05/01 周三  13:04         1,676,984 l1.exe
2013/05/01 周三  13:04           288,324 l1.hlp
2013/05/01 周三  13:04        31,318,016 l1002.exe
2013/05/01 周三  13:04            20,026 l1002.hlp
2013/05/01 周三  13:04        27,101,064 l1003.exe
2013/05/01 周三  13:04            98,235 l1003.hlp
2013/05/01 周三  13:04         4,161,000 l101.exe
2013/05/01 周三  13:04           110,188 l101.hlp
2013/05/01 周三  13:04        30,200,808 l1014.exe
2013/05/01 周三  13:04           862,448 l102.exe
2013/05/01 周三  13:04        31,840,376 l103.exe
2013/05/01 周三  13:04            62,506 l103.hlp
2013/05/01 周三  13:04         2,721,976 l105.exe
2013/05/01 周三  13:04         2,213,344 l106.exe
2013/05/01 周三  13:04         2,531,848 l107.exe
2013/05/01 周三  13:04           851,392 l108.exe
2013/05/01 周三  13:04         2,942,376 l109.exe
2013/05/01 周三  13:04         1,014,456 l110.exe
2013/05/01 周三  13:04        28,185,224 l1101.exe
2013/05/01 周三  13:04            14,359 l1101.hlp
2013/05/01 周三  13:04        27,427,792 l1102.exe
2013/05/01 周三  13:04         1,021,536 l111.exe
2013/05/01 周三  13:04        31,132,384 l1110.exe
2013/05/01 周三  13:04        31,581,008 l1111.exe
2013/05/01 周三  13:04            86,630 l1111.hlp
2013/05/01 周三  13:04        30,673,224 l1112.exe
2013/05/01 周三  13:04           498,728 l112.exe
2013/05/01 周三  13:04         2,975,552 l113.exe
2013/05/01 周三  13:04         2,979,008 l114.exe
2013/05/01 周三  13:04         2,918,008 l115.exe
2013/05/01 周三  13:04            22,544 l115.hlp
2013/05/01 周三  13:04         1,038,776 l116.exe
2013/05/01 周三  13:04        24,953,168 l117.exe
2013/05/01 周三  13:04         3,286,616 l118.exe
2013/05/01 周三  13:04        31,460,632 l120.exe
2013/05/01 周三  13:04        26,508,272 l121.exe
2013/05/01 周三  13:04        25,780,712 l122.exe
2013/05/01 周三  13:04        26,839,424 l123.exe
2013/05/01 周三  13:04             1,838 l123.hlp
2013/05/01 周三  13:04        28,810,816 l124.exe
2013/05/01 周三  13:04         2,616,552 l202.exe
2013/05/01 周三  13:04             6,874 l202.hlp
2013/05/01 周三  13:04        30,322,120 l301.exe
2013/05/01 周三  13:04            80,116 l301.hlp
2013/05/01 周三  13:04        26,845,208 l302.exe
2013/05/01 周三  13:04        27,394,256 l303.exe
2013/05/01 周三  13:04        24,264,776 l308.exe
2013/05/01 周三  13:04           668,296 l310.exe
2013/05/01 周三  13:04           746,232 l311.exe
2013/05/01 周三  13:04         1,147,600 l314.exe
2013/05/01 周三  13:04        24,371,432 l316.exe
2013/05/01 周三  13:04         2,234,760 l318.exe
2013/05/01 周三  13:04        24,241,568 l319.exe
2013/05/01 周三  13:04        24,604,264 l320.exe
2013/05/01 周三  13:04        27,785,888 l401.exe
2013/05/01 周三  13:04            30,212 l401.hlp
2013/05/01 周三  13:04        32,453,392 l402.exe
2013/05/01 周三  13:04           597,408 l405.exe
2013/05/01 周三  13:04            16,025 l405.hlp
2013/05/01 周三  13:04        31,445,416 l502.exe
2013/05/01 周三  13:04            43,186 l502.hlp
2013/05/01 周三  13:04         2,534,024 l503.exe
2013/05/01 周三  13:04             3,339 l503.hlp
2013/05/01 周三  13:04        25,919,792 l506.exe
2013/05/01 周三  13:04             3,722 l506.hlp
2013/05/01 周三  13:04        29,768,808 l508.exe
2013/05/01 周三  13:04        33,304,184 l510.exe
2013/05/01 周三  13:04           282,222 l510.hlp
2013/05/01 周三  13:04        28,800,992 l601.exe
2013/05/01 周三  13:04            29,354 l601.hlp
2013/05/01 周三  13:04        27,806,760 l602.exe
2013/05/01 周三  13:04         2,201,560 l604.exe
2013/05/01 周三  13:04        25,629,992 l607.exe
2013/05/01 周三  13:04        26,067,416 l608.exe
2013/05/01 周三  13:04         4,631,104 l609.exe
2013/05/01 周三  13:04        24,306,472 l610.exe
2013/05/01 周三  13:04        24,772,288 l612.exe
2013/05/01 周三  13:04        30,212,664 l701.exe
2013/05/01 周三  13:04         2,221,944 l702.exe
2013/05/01 周三  13:04        26,765,232 l703.exe
2013/05/01 周三  13:04        29,670,392 l716.exe
2013/05/01 周三  13:04            16,711 l716.hlp
2013/05/01 周三  13:04         3,348,544 l717.exe
2013/05/01 周三  13:04         2,981,304 l718.exe
2013/05/01 周三  13:04        29,360,272 l801.exe
2013/05/01 周三  13:04            18,321 l801.hlp
2013/05/01 周三  13:04           490,496 l802.exe
2013/05/01 周三  13:04        25,853,360 l804.exe
2013/05/01 周三  13:04         3,274,672 l811.exe
2013/05/01 周三  13:04         1,653,328 l901.exe
2013/05/01 周三  13:04         2,112,528 l902.exe
2013/05/01 周三  13:04           449,688 l903.exe
2013/05/01 周三  13:04        27,867,440 l904.exe
2013/05/01 周三  13:04           439,888 l905.exe
2013/05/01 周三  13:04        25,624,200 l906.exe
2013/05/01 周三  13:04        25,863,408 l908.exe
2013/05/01 周三  13:04        29,751,680 l913.exe
2013/05/01 周三  13:04            30,101 l913.hlp
2013/05/01 周三  13:04        31,512,800 l914.exe
2013/05/01 周三  13:04         2,042,720 l915.exe
2013/05/01 周三  13:04        28,895,416 l916.exe
2013/05/01 周三  13:04            19,946 l916.hlp
2013/05/01 周三  13:04         2,174,640 l918.exe
2013/05/01 周三  13:04        33,087,720 l923.exe
2013/05/01 周三  13:04           274,131 l923.hlp
2013/05/01 周三  13:04        27,413,832 l9999.exe
2013/05/01 周三  13:04            21,277 l9999.hlp
2013/05/01 周三  13:05               800 mdutil.hlp
2013/05/01 周三  13:04        31,345,584 mm
2013/05/01 周三  13:04             1,598 mm.hlp
2013/01/10 周四  06:06           255,220 mm2.prm
2013/05/01 周三  13:04        25,877,944 newzmat
2013/05/01 周三  13:04            11,224 newzmat.hlp
2013/01/10 周四  06:06            24,716 oplsaa.prm
2013/05/01 周三  13:04               201 putil.hlp
2013/05/01 周三  13:04               201 putils.hlp
2013/04/26 周五  00:30           274,760 rdmat
2013/05/01 周三  13:04           400,232 rwfdump
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5楼2017-05-15 09:09:53
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蓝天飞翔

木虫 (知名作家)

奋斗，小青年
你有linux64位的gaussview5.08或者gaussview4？
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忙碌是一种幸福，让我们没时间体会痛苦；奔波是一种快乐，让我们真实地感受生活；疲惫是一种享受，让我们无暇空虚。
6楼2017-05-15 10:00:13
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
“我该怎么办啊？
G09不是编译了linda了么？不需要另外安装linda吧？或者需要安装PBS软件才行？
请各位大侠不宁赐教！”

你说对了，linda是需要另行安装的（可以单买Gaussian不带linda，要买linda需要多加钱的），一般在gaussian目录下，对，就是你列出来的bsd, basis, doc, tests等等目录之外，还应该有一个linda的目录（看不同版本的Gaussian，可能是linda7.1或者linda8.2之类的），没有linda只能单机多核并行，不能多机并行。
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

tanya
一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭，其实这是修养不足学识浅薄的一种体现，也是可恶的偏执和愚蠢的自以
7楼2017-05-15 11:35:47
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yicong2010

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
安装PBS来控制linda，高斯下夸节点运行不好，弄八核的单机跑，多任务总效率比并行的单任务高。

发自小木虫IOS客户端
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

tanya
8楼2017-05-15 12:16:28
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tanya

木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 蓝天飞翔 at 2017-05-15 10:00:13
你有linux64位的gaussview5.08或者gaussview4？

网上有的，好像是百度网盘里，我没用就没下。
我是给linux主机做了smb共享文件夹，然后用windows直接访问，然后用windows下的GV5.0.9直接看的，试了两次，目前没发现问题。
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9楼2017-05-15 14:33:13
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tanya

木虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by zhangmt at 2017-05-15 11:35:47
“我该怎么办啊？
G09不是编译了linda了么？不需要另外安装linda吧？或者需要安装PBS软件才行？
请各位大侠不宁赐教！”

你说对了，linda是需要另行安装的（可以单买Gaussian不带linda，要买linda需要多加钱的 ...

谢谢回复！
在网上看来看去，只看到G03的linda详细安装过程，是要单独安装Linda的，G09的没看到，我还以为不用单独安装了。看来只能单机算算了。
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10楼2017-05-15 14:35:46
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