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caffey0387

木虫 (正式写手)

[求助] 蛋白同源建模及模型优化问题 已有2人参与

我用DS30建模,输入蛋白序列后blast,显示Error converting UTF-8 character错误,没能解决,后来用SWISS-model建模,但是不知道如何优化
请教各位老师。另外,如果我不用blast找模板,而是直接从PDB数据库下载模板序列,那么应该如何进行同源建模呢?好像步骤和说明书上不太一样,还请指导!!!
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caffey0387

木虫 (正式写手)

恩,学了好久,终于了解了一点,MODELLER有图形界面的衍生软件,使用比较方便。如果序列同源性高,可以用SWISSMODEL单模板建模,如果同源性差点,用BLAST或者SWISSMODEL找模板,然后MODELLER多模板建模比较好。建立好的模型可以用ERRAT来评价。我的蛋白同源性在46%左右,我只用了SWISSMODEL建模就算了,但是建立好的模型还想优化一下,不知道用DS做能量最小化靠谱不?还需要怎么优化呢????
9楼2018-01-10 18:25:35
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longdlut

捐助贵宾 (著名写手)


【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
swiss-model直接提交序列,或者用Modeller建模
2楼2017-05-13 10:27:30
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caffey0387

木虫 (正式写手)

swiss-model提交序列建模后不用优化吗,直接可以用在文章里?????
3楼2017-05-13 15:40:32
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Small_Seven

新虫 (著名写手)

如果不是终点,请一直微笑向前
4楼2017-05-13 16:42:53
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