应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 蛋白同源建模及模型优化问题
101/1返回列表
查看: 3924  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

caffey0387

木虫 (正式写手)

[求助] 蛋白同源建模及模型优化问题 已有2人参与

我用DS30建模，输入蛋白序列后blast，显示Error converting UTF-8 character错误，没能解决，后来用SWISS-model建模，但是不知道如何优化
请教各位老师。另外，如果我不用blast找模板，而是直接从PDB数据库下载模板序列，那么应该如何进行同源建模呢？好像步骤和说明书上不太一样，还请指导！！！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2017-05-12 09:31:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

longdlut

捐助贵宾 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
swiss-model直接提交序列，或者用Modeller建模
赞一下 回复此楼
2楼2017-05-13 10:27:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

caffey0387

木虫 (正式写手)
swiss-model提交序列建模后不用优化吗，直接可以用在文章里？？？？？
赞一下 回复此楼
3楼2017-05-13 15:40:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Small_Seven

新虫 (著名写手)
modeller

发自小木虫IOS客户端
回复此楼
如果不是终点，请一直微笑向前
4楼2017-05-13 16:42:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

caffey0387

木虫 (正式写手)
内容已删除
回复此楼
5楼2017-05-13 18:51:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Small_Seven

新虫 (著名写手)
不会呀，你自己在官网上注册下载就可以了，不过得用学校的邮箱，我们是每个学生有自己的学校邮箱

发自小木虫IOS客户端
赞一下 回复此楼
如果不是终点，请一直微笑向前
6楼2017-05-13 19:29:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

匿名

用户注销 (初入文坛)
本帖仅楼主可见
赞一下
7楼2017-12-24 20:13:24
已阅   申请模拟EPI   回复此楼   编辑   查看我的主页

nanxiaohui

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by caffey0387 at 2017-05-13 15:40:32
swiss-model提交序列建模后不用优化吗，直接可以用在文章里？？？？？

我也想问这个问题，不过我发现一个在线网站可以给你建的模型打分评价

发自小木虫IOS客户端
赞一下 回复此楼
8楼2017-12-26 10:31:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

caffey0387

木虫 (正式写手)
恩，学了好久，终于了解了一点，MODELLER有图形界面的衍生软件，使用比较方便。如果序列同源性高，可以用SWISSMODEL单模板建模，如果同源性差点，用BLAST或者SWISSMODEL找模板，然后MODELLER多模板建模比较好。建立好的模型可以用ERRAT来评价。我的蛋白同源性在46%左右，我只用了SWISSMODEL建模就算了，但是建立好的模型还想优化一下，不知道用DS做能量最小化靠谱不？还需要怎么优化呢？？？？
赞一下 回复此楼
9楼2018-01-10 18:25:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

caffey0387

木虫 (正式写手)
还有，我现在在国外，用DS的blast功能就没问题了，在国内就不行，SHIT。
赞一下 回复此楼
10楼2018-01-10 18:27:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 caffey0387 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 qTvzQBRAHjCi 2026-08-07 4/200 2026-08-08 17:22 by oEVWOejN9taj
[硕博家园] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 qTvzQBRAHjCi 2026-08-07 4/200 2026-08-08 17:19 by oEVWOejN9taj
[基金申请] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 qTvzQBRAHjCi 2026-08-07 5/250 2026-08-08 17:02 by oEVWOejN9taj
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 Vi50GxzrFcSG 2026-08-07 4/200 2026-08-08 16:27 by oEVWOejN9taj
[考博] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 Vi50GxzrFcSG 2026-08-07 4/200 2026-08-08 16:22 by oEVWOejN9taj
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 Vi50GxzrFcSG 2026-08-07 5/250 2026-08-08 15:59 by oEVWOejN9taj
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 WQyTGMbfH7Cx 2026-08-07 4/200 2026-08-08 15:02 by oEVWOejN9taj
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 HEQlVqMTIA7d 2026-08-07 6/300 2026-08-08 14:42 by oEVWOejN9taj
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 HEQlVqMTIA7d 2026-08-07 5/250 2026-08-08 14:22 by oEVWOejN9taj
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 KXLV3nuBVBY7 2026-08-07 5/250 2026-08-08 14:07 by oEVWOejN9taj
[基金申请] 国基金的申报应该改成非等额制，评价高的钱多评价低的钱少，但是增加资助率 +5 a089 2026-08-07 5/250 2026-08-08 14:04 by alian_214
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 HEQlVqMTIA7d 2026-08-07 3/150 2026-08-08 03:47 by 6vVgjDL4CnGu
[基金申请] 固定端突然变了，今天 +6 archvillain 2026-08-06 10/500 2026-08-07 16:03 by 医学老男孩
[基金申请] 听说今天filecode变了 +24 布布和一二 2026-08-06 47/2350 2026-08-07 16:02 by zhiyanjiang
[基金申请] filecode与中标关系的预测 +3 布布和一二 2026-08-07 3/150 2026-08-07 15:09 by gltch
[基金申请] filecode变化情况 +6 布布和一二 2026-08-07 22/1100 2026-08-07 14:45 by 且听虎啸
[基金申请] 关于豆爷回答的JTJC与%2F数量 +4 yang182083 2026-08-06 6/300 2026-08-07 12:43 by 虫友是什么虫
[基金申请] 影响面上的因素 +8 布布和一二 2026-08-05 11/550 2026-08-06 10:41 by 宝贝虫子
[基金申请] 8月时间戳变的，举个手。玩一下，释放压力 +9 archvillain 2026-08-04 11/550 2026-08-05 20:06 by wlwhappy
[考博] 【2027博士申请】纳米药物递送方向 20+3 13586093586 2026-08-03 4/200 2026-08-05 09:59 by lfy8008
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭