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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 蛋白同源建模及模型优化问题
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caffey0387

木虫 (正式写手)

[求助] 蛋白同源建模及模型优化问题 已有2人参与

我用DS30建模，输入蛋白序列后blast，显示Error converting UTF-8 character错误，没能解决，后来用SWISS-model建模，但是不知道如何优化
请教各位老师。另外，如果我不用blast找模板，而是直接从PDB数据库下载模板序列，那么应该如何进行同源建模呢？好像步骤和说明书上不太一样，还请指导！！！
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1楼 2017-05-12 09:31:31
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longdlut

捐助贵宾 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
swiss-model直接提交序列，或者用Modeller建模
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2楼2017-05-13 10:27:30
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caffey0387

木虫 (正式写手)
swiss-model提交序列建模后不用优化吗，直接可以用在文章里？？？？？
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3楼2017-05-13 15:40:32
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Small_Seven

新虫 (著名写手)
modeller

发自小木虫IOS客户端
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如果不是终点，请一直微笑向前
4楼2017-05-13 16:42:53
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caffey0387

木虫 (正式写手)
内容已删除
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5楼2017-05-13 18:51:53
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Small_Seven

新虫 (著名写手)
不会呀，你自己在官网上注册下载就可以了，不过得用学校的邮箱，我们是每个学生有自己的学校邮箱

发自小木虫IOS客户端
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如果不是终点，请一直微笑向前
6楼2017-05-13 19:29:49
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匿名

用户注销 (初入文坛)
本帖仅楼主可见
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7楼2017-12-24 20:13:24
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nanxiaohui

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by caffey0387 at 2017-05-13 15:40:32
swiss-model提交序列建模后不用优化吗，直接可以用在文章里？？？？？

我也想问这个问题，不过我发现一个在线网站可以给你建的模型打分评价

发自小木虫IOS客户端
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8楼2017-12-26 10:31:28
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caffey0387

木虫 (正式写手)
恩，学了好久，终于了解了一点，MODELLER有图形界面的衍生软件，使用比较方便。如果序列同源性高，可以用SWISSMODEL单模板建模，如果同源性差点，用BLAST或者SWISSMODEL找模板，然后MODELLER多模板建模比较好。建立好的模型可以用ERRAT来评价。我的蛋白同源性在46%左右，我只用了SWISSMODEL建模就算了，但是建立好的模型还想优化一下，不知道用DS做能量最小化靠谱不？还需要怎么优化呢？？？？
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9楼2018-01-10 18:25:35
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caffey0387

木虫 (正式写手)
还有，我现在在国外，用DS的blast功能就没问题了，在国内就不行，SHIT。
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10楼2018-01-10 18:27:05
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