应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 蛋白同源建模及模型优化问题
101/1返回列表
查看: 4025  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

caffey0387

木虫 (正式写手)

[求助] 蛋白同源建模及模型优化问题 已有2人参与

我用DS30建模，输入蛋白序列后blast，显示Error converting UTF-8 character错误，没能解决，后来用SWISS-model建模，但是不知道如何优化
请教各位老师。另外，如果我不用blast找模板，而是直接从PDB数据库下载模板序列，那么应该如何进行同源建模呢？好像步骤和说明书上不太一样，还请指导！！！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2017-05-12 09:31:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

longdlut

捐助贵宾 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
swiss-model直接提交序列，或者用Modeller建模
赞一下 回复此楼
2楼2017-05-13 10:27:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

caffey0387

木虫 (正式写手)
swiss-model提交序列建模后不用优化吗，直接可以用在文章里？？？？？
赞一下 回复此楼
3楼2017-05-13 15:40:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Small_Seven

新虫 (著名写手)
modeller

发自小木虫IOS客户端
回复此楼
如果不是终点，请一直微笑向前
4楼2017-05-13 16:42:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

caffey0387

木虫 (正式写手)
内容已删除
回复此楼
5楼2017-05-13 18:51:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Small_Seven

新虫 (著名写手)
不会呀，你自己在官网上注册下载就可以了，不过得用学校的邮箱，我们是每个学生有自己的学校邮箱

发自小木虫IOS客户端
赞一下 回复此楼
如果不是终点，请一直微笑向前
6楼2017-05-13 19:29:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

匿名

用户注销 (初入文坛)
本帖仅楼主可见
赞一下
7楼2017-12-24 20:13:24
已阅   申请模拟EPI   回复此楼   编辑   查看我的主页

nanxiaohui

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by caffey0387 at 2017-05-13 15:40:32
swiss-model提交序列建模后不用优化吗，直接可以用在文章里？？？？？

我也想问这个问题，不过我发现一个在线网站可以给你建的模型打分评价

发自小木虫IOS客户端
赞一下 回复此楼
8楼2017-12-26 10:31:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

caffey0387

木虫 (正式写手)
恩，学了好久，终于了解了一点，MODELLER有图形界面的衍生软件，使用比较方便。如果序列同源性高，可以用SWISSMODEL单模板建模，如果同源性差点，用BLAST或者SWISSMODEL找模板，然后MODELLER多模板建模比较好。建立好的模型可以用ERRAT来评价。我的蛋白同源性在46%左右，我只用了SWISSMODEL建模就算了，但是建立好的模型还想优化一下，不知道用DS做能量最小化靠谱不？还需要怎么优化呢？？？？
赞一下 回复此楼
9楼2018-01-10 18:25:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

caffey0387

木虫 (正式写手)
还有，我现在在国外，用DS的blast功能就没问题了，在国内就不行，SHIT。
赞一下 回复此楼
10楼2018-01-10 18:27:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 caffey0387 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 40ms4Wlo4umh 2026-09-14 4/200 2026-09-16 06:36 by LH5NkK5Ud4bh
[找工作] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 3/150 2026-09-16 05:15 by LH5NkK5Ud4bh
[考研] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 5/250 2026-09-16 05:03 by LH5NkK5Ud4bh
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 3/150 2026-09-16 04:23 by DgNGHc3h5tPl
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 4/200 2026-09-16 03:38 by DgNGHc3h5tPl
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 5/250 2026-09-16 02:14 by DgNGHc3h5tPl
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 Aj1rhIDL5ixY 2026-09-14 3/150 2026-09-15 20:59 by zNcEhTcH7ihq
[考博] 上海工程技术大学激光智能制造课题组招收博士研究生 +6 两三岁ss 2026-09-14 6/300 2026-09-15 20:17 by 只吃肉葡萄
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 Aj1rhIDL5ixY 2026-09-14 3/150 2026-09-15 19:59 by CgyNCDVNhGVg
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 23jxep3nCNZb 2026-09-14 4/200 2026-09-15 18:11 by CgyNCDVNhGVg
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 3/150 2026-09-15 17:39 by CgyNCDVNhGVg
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 5/250 2026-09-15 16:35 by CgyNCDVNhGVg
[教师之家] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 3/150 2026-09-15 08:26 by C79jjtjAKjEn
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 4/200 2026-09-15 08:02 by C79jjtjAKjEn
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 6/300 2026-09-14 22:37 by vZfe6xYu34yj
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 4/200 2026-09-14 21:37 by vZfe6xYu34yj
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 4/200 2026-09-14 16:13 by Aj1rhIDL5ixY
[基金申请] 求教各位大神：2026教育部人文社科青年基金项目何时公示呀？ +5 云宴山人 2026-09-10 7/350 2026-09-14 12:11 by ecnu2013
[找工作] 浙江师范大学是怎么坑我的 +6 recruit123 2026-09-09 6/300 2026-09-14 12:00 by 萨仁其其格
[考博] 西北工业大学材料学院电化学传感与催化课题组招收2027年推免研究生、博士生、博士后 +3 马方园 2026-09-10 4/200 2026-09-14 09:29 by Chem张zz
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭