24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 3631  |  回复: 9

caffey0387

木虫 (正式写手)

[求助] 蛋白同源建模及模型优化问题 已有2人参与

我用DS30建模,输入蛋白序列后blast,显示Error converting UTF-8 character错误,没能解决,后来用SWISS-model建模,但是不知道如何优化
请教各位老师。另外,如果我不用blast找模板,而是直接从PDB数据库下载模板序列,那么应该如何进行同源建模呢?好像步骤和说明书上不太一样,还请指导!!!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

longdlut

捐助贵宾 (著名写手)


【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
swiss-model直接提交序列,或者用Modeller建模
2楼2017-05-13 10:27:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

caffey0387

木虫 (正式写手)

swiss-model提交序列建模后不用优化吗,直接可以用在文章里?????
3楼2017-05-13 15:40:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Small_Seven

新虫 (著名写手)

如果不是终点,请一直微笑向前
4楼2017-05-13 16:42:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

caffey0387

木虫 (正式写手)

内容已删除
5楼2017-05-13 18:51:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Small_Seven

新虫 (著名写手)

不会呀,你自己在官网上注册下载就可以了,不过得用学校的邮箱,我们是每个学生有自己的学校邮箱

发自小木虫IOS客户端
如果不是终点,请一直微笑向前
6楼2017-05-13 19:29:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

匿名

用户注销 (初入文坛)

本帖仅楼主可见
7楼2017-12-24 20:13:24
已阅   申请模拟EPI   回复此楼   编辑   查看我的主页

nanxiaohui

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by caffey0387 at 2017-05-13 15:40:32
swiss-model提交序列建模后不用优化吗,直接可以用在文章里?????

我也想问这个问题,不过我发现一个在线网站可以给你建的模型打分评价

发自小木虫IOS客户端
8楼2017-12-26 10:31:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

caffey0387

木虫 (正式写手)

恩,学了好久,终于了解了一点,MODELLER有图形界面的衍生软件,使用比较方便。如果序列同源性高,可以用SWISSMODEL单模板建模,如果同源性差点,用BLAST或者SWISSMODEL找模板,然后MODELLER多模板建模比较好。建立好的模型可以用ERRAT来评价。我的蛋白同源性在46%左右,我只用了SWISSMODEL建模就算了,但是建立好的模型还想优化一下,不知道用DS做能量最小化靠谱不?还需要怎么优化呢????
9楼2018-01-10 18:25:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

caffey0387

木虫 (正式写手)

还有,我现在在国外,用DS的blast功能就没问题了,在国内就不行,SHIT。
10楼2018-01-10 18:27:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 caffey0387 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 324求调剂 +5 hanamiko 2026-03-26 7/350 2026-03-27 01:05 by muchong357
[考研] 化学308分求调剂 +5 你好明天你好 2026-03-23 5/250 2026-03-26 23:43 by 催化大白
[考研] 08工学调剂 +13 用户573181 2026-03-20 20/1000 2026-03-26 21:22 by 用户573181
[考研] 求调剂 +6 白QF 2026-03-21 6/300 2026-03-26 20:37 by fmesaito
[考研] 312求调剂 +8 上岸吧ZJY 2026-03-22 12/600 2026-03-26 18:49 by muchong357
[考研] 289求调剂 +17 硕星赴 2026-03-23 17/850 2026-03-26 16:18 by 不吃魚的貓
[考研] 296求调剂 +5 www_q 2026-03-20 5/250 2026-03-26 12:56 by 3Strings
[考研] 调剂310 +3 温柔的晚安 2026-03-25 4/200 2026-03-25 23:16 by peike
[考研] 一志愿上海交大生物与医药专硕324分,求调剂 +6 jiajunX 2026-03-22 6/300 2026-03-25 23:05 by licg0208
[考研] 07化学303求调剂 +5 睿08 2026-03-25 5/250 2026-03-25 22:46 by 418490947
[考研] 285求调剂 +3 AZMK 2026-03-24 3/150 2026-03-25 12:23 by userper
[考研] 318求调剂 +3 plum李子 2026-03-23 3/150 2026-03-25 09:42 by 雾散后相遇lc
[考研] 085404电子信息284分求调剂 +4 13659058978 2026-03-24 4/200 2026-03-24 12:15 by syl20081243
[考研] 一志愿华东理工大学081700,初试分数271 +5 kotoko_ik 2026-03-23 6/300 2026-03-24 10:29 by 学术搬砖er
[基金申请] 请教下大家 2026年国家基金申请是双盲审吗? +3 lishucheng1 2026-03-22 5/250 2026-03-24 08:22 by gltch
[考研] 333求调剂 +3 ALULU4408 2026-03-23 3/150 2026-03-23 19:04 by macy2011
[考研] 材料与化工085600,总分304,本科有两篇sci参与,求调剂 +4 幸运的酱酱 2026-03-22 5/250 2026-03-22 20:15 by edmund7
[考研] A区线材料学调剂 +5 周周无极 2026-03-20 5/250 2026-03-20 21:33 by laoshidan
[考研] 求调剂 +3 eation27 2026-03-20 3/150 2026-03-20 19:32 by JourneyLucky
[考研] 一志愿南理工085701环境302求调剂院校 +3 葵梓卫队 2026-03-20 3/150 2026-03-20 19:28 by zhukairuo
信息提示
请填处理意见