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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 急急急，求各位帮忙，指出问题
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cifer1230

金虫 (著名写手)

[交流] 急急急，求各位帮忙，指出问题

前两天做的pcr,每个都有引物二聚体，这个怎么消除呀，连我用水做的模板都有引物二聚体，是不是引物加多了。还是我的模板有问题，请求各位牛人帮帮忙。
图中从左往右分别是123我的不同处理；4，6，7是内参，5是marker，8，9是以水为模板，我的目的基因的引物和内参的引物。我怎么优化才能没有引物二聚体，因为刚开始做pcr,也没有师姐教，可能问题比较Low,但是希望大家指教指教，谢谢！！！

急急急，求各位帮忙，指出问题
1.jpg
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1楼 2017-04-27 08:14:00
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冰之雪域

新虫 (小有名气)
★
cifer1230(金币+1): 谢谢参与
这个结果没啥毛病，有引物二聚体也属于正常现象，一般引物加的量都稍多

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15楼2017-04-27 20:50:58
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sheng_1210

新虫 (小有名气)
★
cifer1230(金币+1): 谢谢参与
一般情况下都会有引物二聚体的，不会影响实验结果

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17楼2017-04-29 14:53:43
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muyouleya

铜虫 (正式写手)
★
cifer1230(金币+1): 谢谢参与
只要这对引物不是用来做qPCR，有引物二聚体也没关系，你的结果和电泳图都没毛病

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18楼2017-04-29 17:10:58
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月白风清@

铜虫 (正式写手)
★
cifer1230(金币+1): 谢谢参与
引物浓度大了吧，引物自身也有互补结构

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4楼2017-04-27 08:37:02
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范威21003

铁杆木虫 (小有名气)
★
cifer1230(金币+1): 谢谢参与
可以说的具体一点吗？这样也不知道从哪方面分析原因

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5楼2017-04-27 08:37:05
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蓝蓝0921

铁杆木虫 (职业作家)
★
cifer1230(金币+1): 谢谢参与
可能是引物出问题:引物互补结构；引物浓度大
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6楼2017-04-27 08:37:32
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林俊杰小迷妹

新虫 (著名写手)
★
cifer1230(金币+1): 谢谢参与
加油

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10楼2017-04-27 09:10:13
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Lanzz

新虫 (初入文坛)
★
cifer1230(金币+1): 谢谢参与
引物本身的结构，可以考虑重新设计一下。

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13楼2017-04-27 15:48:33
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yumao8510

木虫 (小有名气)
★
cifer1230(金币+1): 谢谢参与
试下降低引物浓度，提高退火温度

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14楼2017-04-27 15:50:44
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洛神惟惟

新虫 (正式写手)
★
cifer1230(金币+1): 谢谢参与
引物稀释一下或者减少量或者增加几个循环

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16楼2017-04-28 00:25:46
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好low

新虫 (初入文坛)
★
cifer1230(金币+1): 谢谢参与
是不是设计引物时候没设计好呀？

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19楼2017-04-29 23:31:33
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13332482180

新虫 (小有名气)
★
cifer1230(金币+1): 谢谢参与
pcr温度调一下试试

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20楼2017-04-29 23:43:31
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稻草人儿

新虫 (小有名气)
★
cifer1230(金币+1): 谢谢参与
引物自身互补序列太多了，引物二聚体都会存在，但是你的结果太严重，应该是引物设计问题

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21楼2017-04-30 19:00:09
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feng2017nb

新虫 (初入文坛)
降低引物浓度

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22楼2017-04-30 19:19:25
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15978432804

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
你可以试一下touchdown PCR

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23楼2017-04-30 23:52:38
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dadaoxing

禁虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
本帖内容被屏蔽
24楼2017-05-06 10:14:37
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dadaoxing

禁虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
本帖内容被屏蔽
25楼2017-05-06 10:17:32
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dadaoxing

禁虫 (著名写手)
本帖内容被屏蔽
26楼2017-05-06 10:22:07
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mxm12345

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
换引物再试，引物特异性不好！

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27楼2017-05-06 11:01:34
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cifer1230

金虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 范威21003 at 2017-04-27 08:37:05
可以说的具体一点吗？这样也不知道从哪方面分析原因

1.以水为模板，为啥隐约也有条带
2.目的条带不亮
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28楼2017-06-15 20:51:51
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cifer1230

金虫 (著名写手)
引用回帖:
18楼: Originally posted by muyouleya at 2017-04-29 17:10:58
只要这对引物不是用来做qPCR，有引物二聚体也没关系，你的结果和电泳图都没毛病

就是打算做q的
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29楼2017-06-15 20:52:30
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cifer1230

金虫 (著名写手)
引用回帖:
21楼: Originally posted by 稻草人儿 at 2017-04-30 19:00:09
引物自身互补序列太多了，引物二聚体都会存在，但是你的结果太严重，应该是引物设计问题

您说内参也是是吗？我重新设计了，可是现在连条带也出不来了，难过。。。
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30楼2017-06-15 20:53:54
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cifer1230

金虫 (著名写手)
引用回帖:
23楼: Originally posted by 15978432804 at 2017-04-30 23:52:38
你可以试一下touchdown PCR

我不知道什么样的pcr仪，可以做？我们是最普通的，连温度梯度都不能设置，只能一度一度的摸。
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31楼2017-06-15 20:55:03
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cifer1230

金虫 (著名写手)
引用回帖:
25楼: Originally posted by dadaoxing at 2017-05-06 10:17:32
是因为引物本身的问题导致引物二聚体存在，重新设计吧

重新设计了，可是现在更惨，连条带都出不来了
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32楼2017-06-15 20:55:46
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cifer1230

金虫 (著名写手)
引用回帖:
25楼: Originally posted by dadaoxing at 2017-05-06 10:17:32
是因为引物本身的问题导致引物二聚体存在，重新设计吧

麻烦问一下，你的退火温度是按设计软件上的Tm值，还是合成报告单上的，这两个还是差很多呢
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33楼2017-06-15 20:56:57
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15978432804

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
31楼: Originally posted by cifer1230 at 2017-06-15 20:55:03
我不知道什么样的pcr仪，可以做？我们是最普通的，连温度梯度都不能设置，只能一度一度的摸。...

应该是可以的，你试着摸索一下

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34楼2017-06-15 21:42:36
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星光渺渺

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
减少一半的引物量

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35楼2018-02-04 10:42:37
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江南的竹2楼
2017-04-27 08:20   回复  
cifer1230(金币+1): 谢谢参与
。。。。。。。。。。。 发自小木虫Android客户端
tanliangzhi3楼
2017-04-27 08:24   回复  
cifer1230(金币+1): 谢谢参与
, 发自小木虫Android客户端
也是小白7楼
2017-04-27 08:42   回复  
cifer1230(金币+1): 谢谢参与
？ 发自小木虫Android客户端
纳米材料7538楼
2017-04-27 08:47   回复  
cifer1230(金币+1): 谢谢参与
yaoyao1459楼
2017-04-27 09:02   回复  
cifer1230(金币+1): 谢谢参与
xufan11楼
2017-04-27 09:26   回复  
cifer1230(金币+1): 谢谢参与
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朝都12楼
2017-04-27 09:39   回复  
cifer1230(金币+1): 谢谢参与
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