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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 用MS构建真空层结构发生变化
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努力的向日葵

铁虫 (小有名气)

[求助] 用MS构建真空层结构发生变化 已有1人参与

我在MS里希望对自己的模型加一个真空层，用的结构是一个Ge2Sb2Te5的单胞，但是在进行切面时由于对MS中的surface模块不了解，不明白他是怎么切的，所以每次设置参数后切面得到的结构都发生改变了，原子比不再是2:2:5(而且切了之后加入真空层原子总是集中在真空层的一端，另一端只有几个原子，中间是空的)。这样使得后期再VASP里进行计算时所用到的结构就不是我自己想要的。所以想请教大家应当如何设置才能使得最终在切面和加真空层后所得到的结构不发生变化。至少保持原子比不变.还请高手指教，感谢。

用MS构建真空层结构发生变化
原始模型图.png


用MS构建真空层结构发生变化-1
切面后得到的.png


用MS构建真空层结构发生变化-2
加入真空层的结果.png
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1楼 2017-04-15 11:21:10
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zhangfrank

金虫 (正式写手)
前面几个图不说。最后一个图，真空右侧的样子就是你模型最左面一层原子啊。周期性条件，所以是一个样子。模型没有问题

发自小木虫Android客户端
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计算顺利点吧
2楼2017-04-15 14:16:26
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努力的向日葵

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhangfrank at 2017-04-15 14:16:26
前面几个图不说。最后一个图，真空右侧的样子就是你模型最左面一层原子啊。周期性条件，所以是一个样子。模型没有问题

谢谢你的回答。但这样我的最终模型就和我想要测试的不一致了，会导致我的poscar文件里原子位置变化，这样一来我最终从vasp里看到的结构就变了
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3楼2017-04-15 17:18:22
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努力的向日葵

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhangfrank at 2017-04-15 14:16:26
前面几个图不说。最后一个图，真空右侧的样子就是你模型最左面一层原子啊。周期性条件，所以是一个样子。模型没有问题

谢谢你的回答。但这样我的最终模型就和我想要测试的不一致了，会导致我的poscar文件里原子位置变化，这样一来我最终从vasp里看到的结构就变了
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4楼2017-04-15 21:27:18
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yangych0801

木虫 (正式写手)
好好看看手册，建模必须搞懂，要不自己做的啥都不知道

发自小木虫IOS客户端
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要门儿活，要门儿死，绝不半死不活。
5楼2017-04-16 09:01:55
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zhangfrank

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
努力的向日葵: 金币+5, ★有帮助 2017-04-17 13:57:26
引用回帖:
4楼: Originally posted by 努力的向日葵 at 2017-04-15 21:27:18
谢谢你的回答。但这样我的最终模型就和我想要测试的不一致了，会导致我的poscar文件里原子位置变化，这样一来我最终从vasp里看到的结构就变了...

不明白你什么意思。
“会导致我的poscar文件里原子位置变化”完全不清楚你意思。。。

你的最后一个图的最左面一排和真空右面的一排是相同的原子，只是显示问题而已，对你的计算不会有任何影响。不是建模不对。周期性条件就是，你在某个边界上的原子跟对侧边界上原子是相同原子。所以能有什么问题。。。
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努力的向日葵
计算顺利点吧
6楼2017-04-17 11:06:34
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努力的向日葵

铁虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by zhangfrank at 2017-04-17 11:06:34
不明白你什么意思。
“会导致我的poscar文件里原子位置变化”完全不清楚你意思。。。

你的最后一个图的最左面一排和真空右面的一排是相同的原子，只是显示问题而已，对你的计算不会有任何影响。不是建模不对。 ...

谢谢。我指的是进行切面后原子的坐标发生了改变，这样得出的POSCAR文件也就变了，而在vasp计算时是需要这个文件的，而且在后面我希望能在vasp中加电场计算后再用vesta将结构显示出来，这样显示出来的结构肯定和我的第一幅图上结构不一样，这样我就不知道怎么说我所测试的就是Ge2Sb2Te5了。我试了很多切法最终的结构和我现在切出来的结构都大致相似，这样我要怎么说明其实他就是我最原始的结构加上真空层的结果呢？因为刚接触这方面所以有点想不明白。
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7楼2017-04-17 13:57:00
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