应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 如何将VASP中的CONCAR导入到MS中？？
151/2返回列表12下一页
查看: 2553  |  回复: 14
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
【悬赏金币】回答本帖问题，作者lijuanshu将赠送您 3 个金币

lijuanshu

铜虫 (正式写手)

[求助] 如何将VASP中的CONCAR导入到MS中？？

我做的是金属间化合物的表面催化裂解，表面取得是111，构建7层原子和真空层后需要用VASP进行弛豫，以取得稳定结构，但遇到的难题是如何将生成的CONCAR导入到MS中，好像可以用Compaq Visual Fortran这个编译器实现，但由于没学过Fortan语言，不会编程，找到的一些编好的程序也看不懂，下面贴出程序以及CONCAR，还请大师们帮我解释下程序的大致内容，以及那些需要修改的地方，不胜感激！！！

MODULE PREC
      INTEGER, PARAMETER :: q =SELECTED_REAL_KIND(10)
      INTEGER, PARAMETER :: qs=SELECTED_REAL_KIND(5)
      END MODULE   
       
        program constucture_of_supercell
       USE PREC
        real(q)  deta_d(151)
      real(q) pos(151,3),pos_extend(151,3),pos1(151,3)
        real(q) a1,a2,a3,b1,b2,b3,c1,c2,c3,a,x,y,z

        integer atom_num,supercellnum_a,supercellnum_b,supercellnum_c
      integer pos_num,flag
        integer atom_num1,atom_num2,atom_num3,atom_num4,atom_begin,
     &        atom_end
      character*10 temp,temp_Coordination
      supercellnum_a=1
        supercellnum_b=1
        supercellnum_c=1
      pos_num=1
        flag=1
      
      open(1,file='4.txt',status='old')
      open(2,file='visions-2.xyz',status='unknown')
      open(3,file='deta.out',status='unknown')
        write(*,*) "dasafa"
      
      read(1,*) temp

      read(1,*) a

      read(1,*) a1,a2,a3
        read(1,*) b1,b2,b3
        read(1,*) c1,c2,c3
   !   read(1,*) temp
        read(1,*) atom_num1,atom_num2,atom_num3 !,atom_num4
      
      read(1,*) temp_Coordination
       write(*,*) "2dasafa"
        atom_num=atom_num1+atom_num2+atom_num3+atom_num4

      write(2,*)  (atom_num*supercellnum_a*supercellnum_b*
     &        supercellnum_c)
        write(*,*) "3dasafa"
      write(2,*)   "nomame"
      
      
      do i=1,atom_num
       read(1,*) x,y,z
       write(*,*) x,y,z,i
         pos(i,1)=x
         pos(i,2)=y
         pos(i,3)=z
         pos1(i,1)=x
         pos1(i,2)=y
         pos1(i,3)=z
        enddo
      

      do i=1,atom_num-1
       deta_d(i)=(pos(atom_num-i+1,3)*8-pos(atom_num-i,3)*8-
     &8.574929257125441E-002)/8.574929257125441E-002
                        
      
        enddo
      if((temp_Coordination(1:1).EQ.'D').OR.                        
     &        (temp_Coordination(1:1).EQ.'d'))then
        write(*,*) "This points denote by direct coordinates!"
        write(*,*) "convert to cartsian:"  
         
      do i=1,atom_num
       pos1(i,1)=pos(i,1)*a1+pos(i,2)*b1+pos(i,3)*c1
         pos1(i,2)=pos(i,1)*a2+pos(i,2)*b2+pos(i,3)*c2
         pos1(i,3)=pos(i,1)*a3+pos(i,2)*b3+pos(i,3)*c3
       write(*,*) pos1(i,1)/1.5,pos1(i,2)/1.5,pos1(i,3)/1.5,0
      write(3,*) pos1(i,3)/1.5,0
        write(3,*) pos1(i,3)/1.5,1
         write(3,*) 0.0,0


        enddo
        
        endif



   !   do i=1,atom_num
   !   write(2,*) "cu",pos(i,1),pos(i,2),pos(i,3),pos_num,flag
   !  pos_num=pos_num+1
!        enddo
      
      do jb=0,supercellnum_b-1
           do ja=0,supercellnum_a-1
               do jc=0,supercellnum_c-1
      
      atom_begin=1
        atom_end=atom_num1

        do i=atom_begin,atom_end
       pos_extend(i,1)=pos1(i,1)+a1*ja+b1*jb+c1*jc
       pos_extend(i,2)=pos1(i,2)+a2*ja+b2*jb+c2*jc
       pos_extend(i,3)=pos1(i,3)+a3*ja+b3*jb+c3*jc
      write(8,*) pos_extend(i,1),pos_extend(i,2),pos_extend(i,3),"T T T"
       pos_extend(i,1)=pos_extend(i,1)*a
       pos_extend(i,2)=pos_extend(i,2)*a
       pos_extend(i,3)=pos_extend(i,3)*a

      write(2,*) "Au",pos_extend(i,1),pos_extend(i,2),pos_extend(i,3)

        write(31,*) pos_extend(i,1)/a,pos_extend(i,2)/a,pos_extend(i,3)/a

        pos_num=pos_num+1
   
      
      
      
         enddo
       
      atom_begin=atom_num1+1
        atom_end=atom_num2+atom_num1


        do i=atom_begin,atom_end
       pos_extend(i,1)=pos1(i,1)+a1*ja+b1*jb+c1*jc
       pos_extend(i,2)=pos1(i,2)+a2*ja+b2*jb+c2*jc
       pos_extend(i,3)=pos1(i,3)+a3*ja+b3*jb+c3*jc
      write(8,*) pos_extend(i,1),pos_extend(i,2),pos_extend(i,3),"T T T"
       pos_extend(i,1)=pos_extend(i,1)*a
       pos_extend(i,2)=pos_extend(i,2)*a
       pos_extend(i,3)=pos_extend(i,3)*a


      write(2,*) "C",pos_extend(i,1),pos_extend(i,2),pos_extend(i,3)
        write(31,*) pos_extend(i,1)/a,pos_extend(i,2)/a,pos_extend(i,3)/a
        pos_num=pos_num+1
         enddo
      
      atom_begin=atom_num2+atom_num1+1
        atom_end=atom_num3+atom_num2+atom_num1

        do i=atom_begin,atom_end
       pos_extend(i,1)=pos1(i,1)+a1*ja+b1*jb+c1*jc
       pos_extend(i,2)=pos1(i,2)+a2*ja+b2*jb+c2*jc
       pos_extend(i,3)=pos1(i,3)+a3*ja+b3*jb+c3*jc
      write(8,*) pos_extend(i,1),pos_extend(i,2),pos_extend(i,3),"T T T"
       pos_extend(i,1)=pos_extend(i,1)*a
       pos_extend(i,2)=pos_extend(i,2)*a
       pos_extend(i,3)=pos_extend(i,3)*a

      write(2,*) "O",pos_extend(i,1),pos_extend(i,2),pos_extend(i,3)
        write(31,*) pos_extend(i,1)/a,pos_extend(i,2)/a,pos_extend(i,3)/a
        pos_num=pos_num+1


         enddo

        atom_begin=atom_num3+atom_num2+atom_num1+1
        atom_end=atom_num

             do i=atom_begin,atom_end
       pos_extend(i,1)=pos1(i,1)+a1*ja+b1*jb+c1*jc
       pos_extend(i,2)=pos1(i,2)+a2*ja+b2*jb+c2*jc
       pos_extend(i,3)=pos1(i,3)+a3*ja+b3*jb+c3*jc
      write(8,*) pos_extend(i,1),pos_extend(i,2),pos_extend(i,3),"T T T"
       pos_extend(i,1)=pos_extend(i,1)*a
       pos_extend(i,2)=pos_extend(i,2)*a
       pos_extend(i,3)=pos_extend(i,3)*a

      write(2,*) "Ag",pos_extend(i,1),pos_extend(i,2),pos_extend(i,3)
        pos_num=pos_num+1
         enddo



              enddo       
            enddo               
        enddo
       

       write(*,*)  "the task finished"
         do i=1,atom_num-1
         write(*,*)  "deta_d",i,i+1,"=",deta_d(i)
   !      write(3,'(A6,I2.2,I2.2,A6,E)')  "deta_d",i,i+1,"=",deta_d(i)
       !  write(*,'(A6,I2.2,I2.2,A6,E)')  "deta_d",i,i+1,"=",deta_d(i)
         enddo
        end
   

      
CONCAR

  Ni3Fe-111
1.000000000000000
       4.327023630626480      -2.498208257932070       0.000000000000001
       0.000000000000000       4.996416515864140       0.000000000000000
       0.000000000000000       0.000000000000000      24.238671006281699
  21  7  0
Direct
    0.0000000000000000   0.5000000000000000   0.0000000000000001  F F F
    0.6666666666666670   0.8333333333333330   0.0841538919571259  F F F
    0.3333333333333330   0.1666666666666670   0.1683077839142520  F F F
   -0.0000000000000000   0.4999999999999999   0.2524616758713780  T T T
    0.6666666666666670   0.8333333333333330   0.3366155678285030  T T T
    0.3333333333333330   0.1666666666666670   0.4207694597856290  T T T
   -0.0000000000000001   0.5000000000000000   0.5049233517427550  T T T
    0.5000000000000000   0.5000000000000000   0.0000000000000001  F F F
    0.1666666666666670   0.8333333333333329   0.0841538919571259  F F F
    0.8333333333333330   0.1666666666666671   0.1683077839142520  F F F
    0.5000000000000000   0.5000000000000000   0.2524616758713780  T T T
    0.1666666666666670   0.8333333333333329   0.3366155678285030  T T T
    0.8333333333333330   0.1666666666666660   0.4207694597856290  T T T
    0.5000000000000000   0.5000000000000000   0.5049233517427550  T T T
    0.5000000000000000   0.0000000000000001   0.0000000000000001  F F F
    0.1666666666666670   0.3333333333333329   0.0841538919571258  F F F
    0.8333333333333330   0.6666666666666670   0.1683077839142520  F F F
    0.5000000000000000  -0.0000000000000000   0.2524616758713780  T T T  
    0.1666666666666670   0.3333333333333329   0.3366155678285030  T T T
    0.8333333333333330   0.6666666666666670   0.4207694597856290  T T T
    0.5000000000000000  -0.0000000000000001   0.5049233517427550  T T T
    0.0000000000000001   0.0000000000000002  -0.0000000000000000  F F F
    0.6666666666666661   0.3333333333333330   0.0841538919571259  F F F
    0.3333333333333330   0.6666666666666670   0.1683077839142520  F F F
   -0.0000000000000000   0.0000000000000000   0.2524616758713780  T T T
    0.6666666666666670   0.3333333333333330   0.3366155678285030  T T T
    0.3333333333333330   0.6666666666666670   0.4207694597856290  T T T
   -0.0000000000000002  -0.0000000000000001   0.5049233517427550  T T T
回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

lijuanshu

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
第一性原理VASPLinux这些都要学啊
1楼2012-05-07 16:32:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

mengfc

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
lijuanshu: 金币+3, ★★★很有帮助 2012-05-07 17:07:27
fzx2008: 金币+1, 谢谢指教 2012-05-07 18:34:18
用VESTA打开CONTCAR，然后保存成cif格式，就可以导入MS了
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2012-05-07 17:01:42
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

huangll99

木虫 (职业作家)

21  7  0
楼主，我非常不解这个0是干嘛的？
赞一下 回复此楼
2楼2012-05-07 16:47:44
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lijuanshu

铜虫 (正式写手)
好像程序里是三种元素，就加了个0
赞一下 回复此楼
第一性原理VASPLinux这些都要学啊
3楼2012-05-07 16:53:23
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lijuanshu

铜虫 (正式写手)
VESTA怎么用啊，能不能说的具体点，我对这些东西都不太懂,谢谢啦
赞一下 回复此楼
第一性原理VASPLinux这些都要学啊
5楼2012-05-07 17:05:59
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mengfc

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
fzx2008: 金币+1, 谢谢回帖！ 2012-05-07 18:33:44
引用回帖:
5楼: Originally posted by lijuanshu at 2012-05-07 17:05:59:
VESTA怎么用啊，能不能说的具体点，我对这些东西都不太懂,谢谢啦

把CONTCAR拖VESTA的界面里就可以了，需要的话可以问我要
赞一下 回复此楼
6楼2012-05-07 17:10:49
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lijuanshu

铜虫 (正式写手)
谢谢啦，我QQ是479451646，我刚刚下了个，但是在MS中打不开，不知道为什么，还请指教
赞一下 回复此楼
第一性原理VASPLinux这些都要学啊
7楼2012-05-07 17:29:20
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

youzhizhe

荣誉版主 (职业作家)

有志者

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
fzx2008: 金币+2, 谢谢指教 2012-05-07 18:34:08
引用回帖:
4楼: Originally posted by mengfc at 2012-05-07 17:01:42:
用VESTA打开CONTCAR，然后保存成cif格式，就可以导入MS了

正解。VESTA下载可以在本版资源区找，最新版的请直接登录其官方网站http://jp-minerals.org/vesta/en/。
赞一下 回复此楼
微博http://weibo.com/10986069
8楼2012-05-07 18:09:09
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jixiao0526

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2012-05-08 08:40:36
VESTA很好用，直接把CONTCAR拖进去，然后save as 选*.cif就行了
赞一下 回复此楼
9楼2012-05-07 23:30:55
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lijuanshu

铜虫 (正式写手)
送鲜花一朵
VESTA我学会用了，先将CONTCAR保存为COMTCAR.vasp，在VESTA中打开，再Expose data，保存成CONTCAR.cif，就可以在MS中打开了，不过有人知道上面的程序是怎么回事吗，继续求救啊！！
赞一下 回复此楼
第一性原理VASPLinux这些都要学啊
10楼2012-05-08 09:19:23
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 lijuanshu 的主题更新
151/2返回列表12下一页
不应助 确定回帖应助 (注意：应助才可能被奖励，但不允许灌水，必须填写15个字符以上)
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[论文投稿] MDPI投稿连续拒稿是什么原因？文章质量不好吗？还是其他原因？ 2+8 多听多看多学 2024-12-17 17/850 2024-12-21 18:51 by 6681981668
[论文投稿] 挑数据是造假吗 +5 电话的建设 2024-12-21 5/250 2024-12-21 17:16 by 科研皮皮猪
[硕博家园] 招聘博士 +7 大发财树 2024-12-18 8/400 2024-12-21 16:17 by yanjiaming
[教师之家] 今年的科研绩效只奖励Q1了 +12 holypower 2024-12-20 17/850 2024-12-21 16:13 by willbuilder
[教师之家] 在学校是提拔成处长难度大还是教授难度大 +8 akslis2024 2024-12-17 11/550 2024-12-21 10:43 by 328838485
[有机交流] 工艺需求，付费 +4 想当然灬 2024-12-17 6/300 2024-12-21 06:23 by a893069456
[考博] 有偿聘请兼职硕士 +10 大发财树 2024-12-19 10/500 2024-12-20 17:30 by mopsite
[硕博家园] 博一 +9 幽皮皮皮 2024-12-17 15/750 2024-12-20 15:08 by 木炭萨姆
[有机交流] 请问液溴开封后没有密封，放一年会变质吗？ +9 rommel1975 2024-12-16 9/450 2024-12-20 11:01 by 2005127239
[教师之家] 只是硕士不是博士，即便有教授职称，换工作也很受限 +12 河西夜郎 2024-12-15 13/650 2024-12-20 11:01 by zhzhzhi
[找工作] 水电解制氢方向求职 +5 kyle1999 2024-12-19 8/400 2024-12-20 04:48 by 胖胖的大海
[教师之家] 学校规定明显不合理，校领导会接受建议调整吗？ +19 河西夜郎 2024-12-14 21/1050 2024-12-20 04:38 by 胖胖的大海
[教师之家] 删了哦 +5 原因在哪里 2024-12-18 6/300 2024-12-19 12:25 by keikofans
[论文投稿] 投稿意见求助，没弄清回答的方向 8+3 moonlig 2024-12-18 3/150 2024-12-19 08:59 by 北京莱茵润色
[有机交流] 核磁氢谱分析 +3 然虫 2024-12-16 4/200 2024-12-18 15:52 by 小肉干
[考博] 有未就业的博士吗 +4 大发财树 2024-12-17 4/200 2024-12-18 14:13 by 她在学习
[教师之家] 我感觉学生水平很差，随随便便工资上万 +19 guilin2018 2024-12-15 23/1150 2024-12-18 08:57 by zxf984
[考研] 英一考研复习 +5 考研一路顺风 2024-12-14 6/300 2024-12-17 19:18 by Andy_124
[论文投稿] 小论文投稿求助（电机、控制方面或者综合类的三四区） 20+5 zht图 2024-12-15 8/400 2024-12-17 18:29 by 大发财树
[硕博家园] 大连海事大学双一流学科招收2025年博士研究生 +3 steresewan 2024-12-15 3/150 2024-12-16 00:17 by luweidong401
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭