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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 如何将VASP中的CONCAR导入到MS中？？
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lijuanshu

铜虫 (正式写手)

[求助] 如何将VASP中的CONCAR导入到MS中？？

我做的是金属间化合物的表面催化裂解，表面取得是111，构建7层原子和真空层后需要用VASP进行弛豫，以取得稳定结构，但遇到的难题是如何将生成的CONCAR导入到MS中，好像可以用Compaq Visual Fortran这个编译器实现，但由于没学过Fortan语言，不会编程，找到的一些编好的程序也看不懂，下面贴出程序以及CONCAR，还请大师们帮我解释下程序的大致内容，以及那些需要修改的地方，不胜感激！！！

MODULE PREC
      INTEGER, PARAMETER :: q =SELECTED_REAL_KIND(10)
      INTEGER, PARAMETER :: qs=SELECTED_REAL_KIND(5)
      END MODULE   
       
        program constucture_of_supercell
       USE PREC
        real(q)  deta_d(151)
      real(q) pos(151,3),pos_extend(151,3),pos1(151,3)
        real(q) a1,a2,a3,b1,b2,b3,c1,c2,c3,a,x,y,z

        integer atom_num,supercellnum_a,supercellnum_b,supercellnum_c
      integer pos_num,flag
        integer atom_num1,atom_num2,atom_num3,atom_num4,atom_begin,
     &        atom_end
      character*10 temp,temp_Coordination
      supercellnum_a=1
        supercellnum_b=1
        supercellnum_c=1
      pos_num=1
        flag=1
      
      open(1,file='4.txt',status='old')
      open(2,file='visions-2.xyz',status='unknown')
      open(3,file='deta.out',status='unknown')
        write(*,*) "dasafa"
      
      read(1,*) temp

      read(1,*) a

      read(1,*) a1,a2,a3
        read(1,*) b1,b2,b3
        read(1,*) c1,c2,c3
   !   read(1,*) temp
        read(1,*) atom_num1,atom_num2,atom_num3 !,atom_num4
      
      read(1,*) temp_Coordination
       write(*,*) "2dasafa"
        atom_num=atom_num1+atom_num2+atom_num3+atom_num4

      write(2,*)  (atom_num*supercellnum_a*supercellnum_b*
     &        supercellnum_c)
        write(*,*) "3dasafa"
      write(2,*)   "nomame"
      
      
      do i=1,atom_num
       read(1,*) x,y,z
       write(*,*) x,y,z,i
         pos(i,1)=x
         pos(i,2)=y
         pos(i,3)=z
         pos1(i,1)=x
         pos1(i,2)=y
         pos1(i,3)=z
        enddo
      

      do i=1,atom_num-1
       deta_d(i)=(pos(atom_num-i+1,3)*8-pos(atom_num-i,3)*8-
     &8.574929257125441E-002)/8.574929257125441E-002
                        
      
        enddo
      if((temp_Coordination(1:1).EQ.'D').OR.                        
     &        (temp_Coordination(1:1).EQ.'d'))then
        write(*,*) "This points denote by direct coordinates!"
        write(*,*) "convert to cartsian:"  
         
      do i=1,atom_num
       pos1(i,1)=pos(i,1)*a1+pos(i,2)*b1+pos(i,3)*c1
         pos1(i,2)=pos(i,1)*a2+pos(i,2)*b2+pos(i,3)*c2
         pos1(i,3)=pos(i,1)*a3+pos(i,2)*b3+pos(i,3)*c3
       write(*,*) pos1(i,1)/1.5,pos1(i,2)/1.5,pos1(i,3)/1.5,0
      write(3,*) pos1(i,3)/1.5,0
        write(3,*) pos1(i,3)/1.5,1
         write(3,*) 0.0,0


        enddo
        
        endif



   !   do i=1,atom_num
   !   write(2,*) "cu",pos(i,1),pos(i,2),pos(i,3),pos_num,flag
   !  pos_num=pos_num+1
!        enddo
      
      do jb=0,supercellnum_b-1
           do ja=0,supercellnum_a-1
               do jc=0,supercellnum_c-1
      
      atom_begin=1
        atom_end=atom_num1

        do i=atom_begin,atom_end
       pos_extend(i,1)=pos1(i,1)+a1*ja+b1*jb+c1*jc
       pos_extend(i,2)=pos1(i,2)+a2*ja+b2*jb+c2*jc
       pos_extend(i,3)=pos1(i,3)+a3*ja+b3*jb+c3*jc
      write(8,*) pos_extend(i,1),pos_extend(i,2),pos_extend(i,3),"T T T"
       pos_extend(i,1)=pos_extend(i,1)*a
       pos_extend(i,2)=pos_extend(i,2)*a
       pos_extend(i,3)=pos_extend(i,3)*a

      write(2,*) "Au",pos_extend(i,1),pos_extend(i,2),pos_extend(i,3)

        write(31,*) pos_extend(i,1)/a,pos_extend(i,2)/a,pos_extend(i,3)/a

        pos_num=pos_num+1
   
      
      
      
         enddo
       
      atom_begin=atom_num1+1
        atom_end=atom_num2+atom_num1


        do i=atom_begin,atom_end
       pos_extend(i,1)=pos1(i,1)+a1*ja+b1*jb+c1*jc
       pos_extend(i,2)=pos1(i,2)+a2*ja+b2*jb+c2*jc
       pos_extend(i,3)=pos1(i,3)+a3*ja+b3*jb+c3*jc
      write(8,*) pos_extend(i,1),pos_extend(i,2),pos_extend(i,3),"T T T"
       pos_extend(i,1)=pos_extend(i,1)*a
       pos_extend(i,2)=pos_extend(i,2)*a
       pos_extend(i,3)=pos_extend(i,3)*a


      write(2,*) "C",pos_extend(i,1),pos_extend(i,2),pos_extend(i,3)
        write(31,*) pos_extend(i,1)/a,pos_extend(i,2)/a,pos_extend(i,3)/a
        pos_num=pos_num+1
         enddo
      
      atom_begin=atom_num2+atom_num1+1
        atom_end=atom_num3+atom_num2+atom_num1

        do i=atom_begin,atom_end
       pos_extend(i,1)=pos1(i,1)+a1*ja+b1*jb+c1*jc
       pos_extend(i,2)=pos1(i,2)+a2*ja+b2*jb+c2*jc
       pos_extend(i,3)=pos1(i,3)+a3*ja+b3*jb+c3*jc
      write(8,*) pos_extend(i,1),pos_extend(i,2),pos_extend(i,3),"T T T"
       pos_extend(i,1)=pos_extend(i,1)*a
       pos_extend(i,2)=pos_extend(i,2)*a
       pos_extend(i,3)=pos_extend(i,3)*a

      write(2,*) "O",pos_extend(i,1),pos_extend(i,2),pos_extend(i,3)
        write(31,*) pos_extend(i,1)/a,pos_extend(i,2)/a,pos_extend(i,3)/a
        pos_num=pos_num+1


         enddo

        atom_begin=atom_num3+atom_num2+atom_num1+1
        atom_end=atom_num

             do i=atom_begin,atom_end
       pos_extend(i,1)=pos1(i,1)+a1*ja+b1*jb+c1*jc
       pos_extend(i,2)=pos1(i,2)+a2*ja+b2*jb+c2*jc
       pos_extend(i,3)=pos1(i,3)+a3*ja+b3*jb+c3*jc
      write(8,*) pos_extend(i,1),pos_extend(i,2),pos_extend(i,3),"T T T"
       pos_extend(i,1)=pos_extend(i,1)*a
       pos_extend(i,2)=pos_extend(i,2)*a
       pos_extend(i,3)=pos_extend(i,3)*a

      write(2,*) "Ag",pos_extend(i,1),pos_extend(i,2),pos_extend(i,3)
        pos_num=pos_num+1
         enddo



              enddo       
            enddo               
        enddo
       

       write(*,*)  "the task finished"
         do i=1,atom_num-1
         write(*,*)  "deta_d",i,i+1,"=",deta_d(i)
   !      write(3,'(A6,I2.2,I2.2,A6,E)')  "deta_d",i,i+1,"=",deta_d(i)
       !  write(*,'(A6,I2.2,I2.2,A6,E)')  "deta_d",i,i+1,"=",deta_d(i)
         enddo
        end
   

      
CONCAR

  Ni3Fe-111
1.000000000000000
       4.327023630626480      -2.498208257932070       0.000000000000001
       0.000000000000000       4.996416515864140       0.000000000000000
       0.000000000000000       0.000000000000000      24.238671006281699
  21  7  0
Direct
    0.0000000000000000   0.5000000000000000   0.0000000000000001  F F F
    0.6666666666666670   0.8333333333333330   0.0841538919571259  F F F
    0.3333333333333330   0.1666666666666670   0.1683077839142520  F F F
   -0.0000000000000000   0.4999999999999999   0.2524616758713780  T T T
    0.6666666666666670   0.8333333333333330   0.3366155678285030  T T T
    0.3333333333333330   0.1666666666666670   0.4207694597856290  T T T
   -0.0000000000000001   0.5000000000000000   0.5049233517427550  T T T
    0.5000000000000000   0.5000000000000000   0.0000000000000001  F F F
    0.1666666666666670   0.8333333333333329   0.0841538919571259  F F F
    0.8333333333333330   0.1666666666666671   0.1683077839142520  F F F
    0.5000000000000000   0.5000000000000000   0.2524616758713780  T T T
    0.1666666666666670   0.8333333333333329   0.3366155678285030  T T T
    0.8333333333333330   0.1666666666666660   0.4207694597856290  T T T
    0.5000000000000000   0.5000000000000000   0.5049233517427550  T T T
    0.5000000000000000   0.0000000000000001   0.0000000000000001  F F F
    0.1666666666666670   0.3333333333333329   0.0841538919571258  F F F
    0.8333333333333330   0.6666666666666670   0.1683077839142520  F F F
    0.5000000000000000  -0.0000000000000000   0.2524616758713780  T T T  
    0.1666666666666670   0.3333333333333329   0.3366155678285030  T T T
    0.8333333333333330   0.6666666666666670   0.4207694597856290  T T T
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    0.0000000000000001   0.0000000000000002  -0.0000000000000000  F F F
    0.6666666666666661   0.3333333333333330   0.0841538919571259  F F F
    0.3333333333333330   0.6666666666666670   0.1683077839142520  F F F
   -0.0000000000000000   0.0000000000000000   0.2524616758713780  T T T
    0.6666666666666670   0.3333333333333330   0.3366155678285030  T T T
    0.3333333333333330   0.6666666666666670   0.4207694597856290  T T T
   -0.0000000000000002  -0.0000000000000001   0.5049233517427550  T T T
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第一性原理VASPLinux这些都要学啊
1楼2012-05-07 16:32:27
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

mengfc

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
lijuanshu: 金币+3, ★★★很有帮助 2012-05-07 17:07:27
fzx2008: 金币+1, 谢谢指教 2012-05-07 18:34:18
用VESTA打开CONTCAR，然后保存成cif格式，就可以导入MS了
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2012-05-07 17:01:42
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普通回帖

huangll99

木虫 (职业作家)

21  7  0
楼主，我非常不解这个0是干嘛的？
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2楼2012-05-07 16:47:44
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lijuanshu

铜虫 (正式写手)
好像程序里是三种元素，就加了个0
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第一性原理VASPLinux这些都要学啊
3楼2012-05-07 16:53:23
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lijuanshu

铜虫 (正式写手)
VESTA怎么用啊，能不能说的具体点，我对这些东西都不太懂,谢谢啦
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第一性原理VASPLinux这些都要学啊
5楼2012-05-07 17:05:59
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mengfc

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
fzx2008: 金币+1, 谢谢回帖！ 2012-05-07 18:33:44
引用回帖:
5楼: Originally posted by lijuanshu at 2012-05-07 17:05:59:
VESTA怎么用啊，能不能说的具体点，我对这些东西都不太懂,谢谢啦

把CONTCAR拖VESTA的界面里就可以了，需要的话可以问我要
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6楼2012-05-07 17:10:49
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lijuanshu

铜虫 (正式写手)
内容已删除
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第一性原理VASPLinux这些都要学啊
7楼2012-05-07 17:29:20
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youzhizhe

荣誉版主 (职业作家)

有志者

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
fzx2008: 金币+2, 谢谢指教 2012-05-07 18:34:08
引用回帖:
4楼: Originally posted by mengfc at 2012-05-07 17:01:42:
用VESTA打开CONTCAR，然后保存成cif格式，就可以导入MS了

正解。VESTA下载可以在本版资源区找，最新版的请直接登录其官方网站http://jp-minerals.org/vesta/en/。
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微博http://weibo.com/10986069
8楼2012-05-07 18:09:09
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jixiao0526

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
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liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2012-05-08 08:40:36
VESTA很好用，直接把CONTCAR拖进去，然后save as 选*.cif就行了
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9楼2012-05-07 23:30:55
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lijuanshu

铜虫 (正式写手)
送鲜花一朵
VESTA我学会用了，先将CONTCAR保存为COMTCAR.vasp，在VESTA中打开，再Expose data，保存成CONTCAR.cif，就可以在MS中打开了，不过有人知道上面的程序是怎么回事吗，继续求救啊！！
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第一性原理VASPLinux这些都要学啊
10楼2012-05-08 09:19:23
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