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反对派

银虫 (正式写手)

[求助] 快酶切8小时的异常现象求助 已有1人参与

本人用TAKARA的快酶切对pET-28a(分子量5369 bp)进行三种方式的酶切,酶切时间均为8小时。得到如下结果,很不解,请问问题出在哪里?
从左至右依次为
泳道1.  5微升(约0.5μg)质粒空质粒pET-28a,不酶切(对照);
泳道2.  空孔(破了未上样);
泳道3. 5微升(约0.5μg)质粒pET-28a,  1微升 BamH I , 1微升buffer,3微升水单酶切;
泳道4. 20微升(约2.5 μg)质粒pET-28a,Nde I、Xho I 各4微升,buffer 8微升,水44微升;
泳道5. Supercoiled Marker(超螺旋DNA marker)
泳道6. 15微升(约1.5 μg)质粒pET-28a, BamH I 、Xho I 各4微升,buffer 8微升,水49微升.
酶切温度为37℃,酶切体系没有错。
我的疑问:酶切(不管是双酶切,还是单酶切)后,质粒变为线状,电泳的速度比超螺旋的空质粒慢,现在刚好相反(比超螺旋DNA要快很多),是什么原因? 是快酶不能长时间切吗? 还是公司卖给我的酶有问题(以前用fermentas的快酶酶切的时候从未出现这种问题)?
恳请有经验的同行指教!

快酶切8小时的异常现象求助
快酶酶切8小时异常现象.jpg
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jurkat.1640

至尊木虫 (文坛精英)

谁说的质粒一定是超螺旋?
2楼2017-04-06 09:35:34
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反对派

银虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by jurkat.1640 at 2017-04-06 09:35:34
谁说的质粒一定是超螺旋?

我电泳过的,最亮的那一条带是超螺旋的,与takara supercoiled marker 的5000-6000分子量相符。
3楼2017-04-06 10:07:15
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反对派

银虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by jurkat.1640 at 2017-04-06 09:35:34
谁说的质粒一定是超螺旋?

谢谢回复!
4楼2017-04-06 10:07:31
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爱萌的小天使

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖


反对派: 金币+1, 有帮助, 、热心 2017-04-21 16:08:47
从图上看,你的单酶切和双酶切一样的结果,还是我看错了,是第三个和第四个吧,中间隔了一个
5楼2017-04-21 13:52:10
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反对派

银虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 爱萌的小天使 at 2017-04-21 13:52:10
从图上看,你的单酶切和双酶切一样的结果,还是我看错了,是第三个和第四个吧,中间隔了一个

谢谢你的回复!
我这个胶一共6个泳道。第二个孔因为拨梳子的时候拔破了,未上样。
我说的是泳道从左到右的顺序。
单酶切和双酶切结果一样,而且切了以后的质粒比没有切的跑得还快!
如题!因为开始双酶切 1微克质粒,切了3个小时,切胶回收后与目的片段连接转化长出来的全部都是空质粒。
后来改用切8小时,结果就是这样的。
请回复些实质的问题。
6楼2017-04-21 16:03:05
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起风了521

新虫 (小有名气)

你的点样孔为什么这么亮?还有抽完的质粒可以直接跑胶吗?超螺旋的话它的大小是质粒的大小吗?

发自小木虫Android客户端
7楼2019-04-12 11:29:11
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细菌也疯狂

新虫 (初入文坛)

原因有很多,有可能是你胶的问题,可以尝试再放低一点胶浓度,因为我看你的marker还没跑开。
然后你的对照质粒也有点问题,完整质粒跑出来一般是有2-3条带的,不知道是你浓度低还是别的,我只看到一条带
8楼2019-04-29 16:47:52
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