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反对派

银虫 (正式写手)

[求助] 快酶切8小时的异常现象求助 已有1人参与

本人用TAKARA的快酶切对pET-28a(分子量5369 bp)进行三种方式的酶切,酶切时间均为8小时。得到如下结果,很不解,请问问题出在哪里?
从左至右依次为
泳道1.  5微升(约0.5μg)质粒空质粒pET-28a,不酶切(对照);
泳道2.  空孔(破了未上样);
泳道3. 5微升(约0.5μg)质粒pET-28a,  1微升 BamH I , 1微升buffer,3微升水单酶切;
泳道4. 20微升(约2.5 μg)质粒pET-28a,Nde I、Xho I 各4微升,buffer 8微升,水44微升;
泳道5. Supercoiled Marker(超螺旋DNA marker)
泳道6. 15微升(约1.5 μg)质粒pET-28a, BamH I 、Xho I 各4微升,buffer 8微升,水49微升.
酶切温度为37℃,酶切体系没有错。
我的疑问:酶切(不管是双酶切,还是单酶切)后,质粒变为线状,电泳的速度比超螺旋的空质粒慢,现在刚好相反(比超螺旋DNA要快很多),是什么原因? 是快酶不能长时间切吗? 还是公司卖给我的酶有问题(以前用fermentas的快酶酶切的时候从未出现这种问题)?
恳请有经验的同行指教!

快酶切8小时的异常现象求助
快酶酶切8小时异常现象.jpg
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细菌也疯狂

新虫 (初入文坛)

原因有很多,有可能是你胶的问题,可以尝试再放低一点胶浓度,因为我看你的marker还没跑开。
然后你的对照质粒也有点问题,完整质粒跑出来一般是有2-3条带的,不知道是你浓度低还是别的,我只看到一条带
8楼2019-04-29 16:47:52
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jurkat.1640

至尊木虫 (文坛精英)

谁说的质粒一定是超螺旋?
2楼2017-04-06 09:35:34
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反对派

银虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by jurkat.1640 at 2017-04-06 09:35:34
谁说的质粒一定是超螺旋?

我电泳过的,最亮的那一条带是超螺旋的,与takara supercoiled marker 的5000-6000分子量相符。
3楼2017-04-06 10:07:15
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反对派

银虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by jurkat.1640 at 2017-04-06 09:35:34
谁说的质粒一定是超螺旋?

谢谢回复!
4楼2017-04-06 10:07:31
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