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用lammps计算300K的水密度总是在减小，到0.7g/cm3了，是哪里出了问题？ 已有2人参与
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采用的周期性边界条件，一开始建立的是方盒形的水模型，但随着模拟的进行，整个体系就不再是方形的，密度也在减小，这是为什么呢？按道理根据周期性边界条件从边界跑出去的原子应该会从另一边再进来的，应该会始终保持方盒形的吧？看这模拟结果似乎不是？ 初始结构：  模拟的结果：  in 文件如下： units real boundary p p p dimension 3 atom_style full neighbor 2.0 bin neigh_modify delay 0 every 1 check yes read_data water.data mass 1 1.008 mass 2 15.9994 pair_style lj/cut/tip4p/long 2 1 1 1 0.1546 12 12 bond_style harmonic angle_style harmonic kspace_style pppm/tip4p 1.0e-4 pair_modify mix arithmetic pair_coeff 1 1 0 0 12 pair_coeff 2 2 0.1852 3.1589 12 pair_coeff 1 2 0 0 12 # bond coefficient, K, r0 bond_coeff 1 450 0.9572 # angle coefficient, K, theta angle_coeff 1 55 104.52 #后面两个参数看angle_style，是K和θ # Coulomb interaction group O type 2 group H type 1 group water type 1 2 timestep 0.1 dump 1 all custom 1000 dump.lammpstrj id element xu yu zu dump_modify 1 element H O thermo_style custom step pe etotal press temp #multi thermo 1000 velocity all create $t 72489 dist gaussian minimize 1.0e-8 1.0e-8 5000 5000 fix 1 all shake 0.0001 20 0 b 1 a 1 fix 2 all npt temp $t $t 10 iso 1 1 100 fix out_put all print 500 "$S $T $Y $P $K $N $V $D" file water_stat.txt screen no title "step temp press pe ke etotal volume Density" run 1000000 部分data文件: LAMMPS data file. CGCMM style. atom_style full generated by VMD/TopoTools v1.2 on Sat Apr 01 08:49:42 +0800 2017 5943 atoms 3962 bonds 1981 angles 0 dihedrals 0 impropers 2 atom types 1 bond types 1 angle types 0 dihedral types 0 improper types -0.012000 39.988000 xlo xhi 0.026501 40.026501 ylo yhi 0.008500 40.008500 zlo zhi # Pair Coeffs # # 1 HT # 2 OT # Bond Coeffs # # 1 # Angle Coeffs # # 1 unknown Masses 1 1.007940 # HT 2 15.999400 # OT Atoms 1 1 2 -0.834000 3.668000 10.082000 15.904000 # OT TIP3 2 1 1 0.417000 3.224000 10.451000 15.101000 # HT TIP3 3 1 1 0.417000 3.092000 10.379000 16.627001 # HT TIP3 4 2 2 -0.834000 6.033000 4.876000 20.891001 # OT TIP3 5 2 1 0.417000 6.078000 5.224000 21.798000 # HT TIP3 6 2 1 0.417000 6.592000 4.088000 20.961000 # HT TIP3 7 3 2 -0.834000 4.569000 3.960000 29.886999 # OT TIP3 8 3 1 0.417000 3.959000 3.160000 29.980000 # HT TIP3 9 3 1 0.417000 3.995000 4.655000 29.422001 # HT TIP3 10 4 2 -0.834000 0.975000 14.007000 38.567001 # OT TIP3 |
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各位老师好，求调剂，本科211，一志愿天津大学生物与医药学硕，差两名录取。
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4楼2017-04-04 08:49:29
【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
完全是火: 金币+20, ★★★很有帮助, 多谢，我试一下 2017-04-04 08:49:06
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| simulation box 会一直是方形的，不过因为你用了fix npt的nose hoover 控压法，该算法会根据压力调控simulation box的尺寸，导致你的simulation box 尺寸变大，密度只有0.7有些小了，我模拟的一般都是1.04左右，你可以仔细看看manual的fix npt command,一些参数可能调整下就好了。 |
2楼2017-04-02 23:55:28
3楼2017-04-03 22:05:52
5楼2017-05-08 09:14:36
