| 查看: 3868 | 回复: 6 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
[求助]
用lammps计算300K的水密度总是在减小，到0.7g/cm3了，是哪里出了问题？ 已有2人参与
|
||
|
采用的周期性边界条件，一开始建立的是方盒形的水模型，但随着模拟的进行，整个体系就不再是方形的，密度也在减小，这是为什么呢？按道理根据周期性边界条件从边界跑出去的原子应该会从另一边再进来的，应该会始终保持方盒形的吧？看这模拟结果似乎不是？ 初始结构：  模拟的结果：  in 文件如下： units real boundary p p p dimension 3 atom_style full neighbor 2.0 bin neigh_modify delay 0 every 1 check yes read_data water.data mass 1 1.008 mass 2 15.9994 pair_style lj/cut/tip4p/long 2 1 1 1 0.1546 12 12 bond_style harmonic angle_style harmonic kspace_style pppm/tip4p 1.0e-4 pair_modify mix arithmetic pair_coeff 1 1 0 0 12 pair_coeff 2 2 0.1852 3.1589 12 pair_coeff 1 2 0 0 12 # bond coefficient, K, r0 bond_coeff 1 450 0.9572 # angle coefficient, K, theta angle_coeff 1 55 104.52 #后面两个参数看angle_style，是K和θ # Coulomb interaction group O type 2 group H type 1 group water type 1 2 timestep 0.1 dump 1 all custom 1000 dump.lammpstrj id element xu yu zu dump_modify 1 element H O thermo_style custom step pe etotal press temp #multi thermo 1000 velocity all create $t 72489 dist gaussian minimize 1.0e-8 1.0e-8 5000 5000 fix 1 all shake 0.0001 20 0 b 1 a 1 fix 2 all npt temp $t $t 10 iso 1 1 100 fix out_put all print 500 "$S $T $Y $P $K $N $V $D" file water_stat.txt screen no title "step temp press pe ke etotal volume Density" run 1000000 部分data文件: LAMMPS data file. CGCMM style. atom_style full generated by VMD/TopoTools v1.2 on Sat Apr 01 08:49:42 +0800 2017 5943 atoms 3962 bonds 1981 angles 0 dihedrals 0 impropers 2 atom types 1 bond types 1 angle types 0 dihedral types 0 improper types -0.012000 39.988000 xlo xhi 0.026501 40.026501 ylo yhi 0.008500 40.008500 zlo zhi # Pair Coeffs # # 1 HT # 2 OT # Bond Coeffs # # 1 # Angle Coeffs # # 1 unknown Masses 1 1.007940 # HT 2 15.999400 # OT Atoms 1 1 2 -0.834000 3.668000 10.082000 15.904000 # OT TIP3 2 1 1 0.417000 3.224000 10.451000 15.101000 # HT TIP3 3 1 1 0.417000 3.092000 10.379000 16.627001 # HT TIP3 4 2 2 -0.834000 6.033000 4.876000 20.891001 # OT TIP3 5 2 1 0.417000 6.078000 5.224000 21.798000 # HT TIP3 6 2 1 0.417000 6.592000 4.088000 20.961000 # HT TIP3 7 3 2 -0.834000 4.569000 3.960000 29.886999 # OT TIP3 8 3 1 0.417000 3.959000 3.160000 29.980000 # HT TIP3 9 3 1 0.417000 3.995000 4.655000 29.422001 # HT TIP3 10 4 2 -0.834000 0.975000 14.007000 38.567001 # OT TIP3 |
回复此楼» 猜你喜欢
面上项目filecode邪修
已经有6人回复
-
应该是93bebmhtak前后十一个字符比较关键
已经有14人回复
-
2026国自然放榜时间
已经有4人回复
-
关于代码变化问题，想知道的进来
已经有22人回复
-
这样的filecode谁见过
已经有21人回复
-
filecode与中标关系的预测
已经有5人回复
-
fileCode有新解读？
已经有18人回复
-
关于filecode，很负责任的告诉大家
已经有7人回复
-
【2027博士申请】纳米药物递送方向
已经有5人回复
-
关于豆爷回答的JTJC与%2F数量
已经有7人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- Lammps计算SiO2熔点，原子丢失错误
已经有10人回复
- lammps计算弹性模量应力应变
已经有4人回复
- lammps 计算粘度 lj单位 转化为 metal单位 出错
已经有7人回复
- 初学者用LAMMPS做气体穿过多孔石墨烯遇到报错
已经有7人回复
- lammps经验心得-2c0q1u4z1n204
已经有105人回复
- lammps计算石墨烯的热导率的问题
已经有2人回复
- lammps中速度自相关函数的计算
已经有11人回复
- 关于用lammps建立无限延伸聚合物晶体模型的问题
已经有2人回复
- lammps的2D计算问题
已经有1人回复
- 关于用lammps计算金属表面能的问题
已经有1人回复
- 求大神给写个lammps计算示例呀
已经有2人回复
- lammps计算结构的电荷选取
已经有1人回复
- LAMMPS并行计算的问题（cpu——time关系）
已经有17人回复
- 用LAMMPS计算Cu的表面能的问题求助
已经有3人回复
- lammps关于反应立场安装与计算问题
已经有5人回复
- 【分享】LAMMPS的语法中文解释
已经有137人回复
- 【求助】lammps计算heat/flux出错
已经有1人回复
3楼2017-04-03 22:05:52
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
完全是火: 金币+20, ★★★很有帮助, 多谢，我试一下 2017-04-04 08:49:06
感谢参与，应助指数 +1
完全是火: 金币+20, ★★★很有帮助, 多谢，我试一下 2017-04-04 08:49:06
| simulation box 会一直是方形的，不过因为你用了fix npt的nose hoover 控压法，该算法会根据压力调控simulation box的尺寸，导致你的simulation box 尺寸变大，密度只有0.7有些小了，我模拟的一般都是1.04左右，你可以仔细看看manual的fix npt command,一些参数可能调整下就好了。 |
2楼2017-04-02 23:55:28
4楼2017-04-04 08:49:29
5楼2017-05-08 09:14:36
100