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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 同源基因，基因定位
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薛TAT

新虫 (初入文坛)

[求助] 同源基因，基因定位 已有1人参与

我想找到拟南芥基因在龙葵中的同源基因，在龙葵没有测序的情况下，怎么样有效的找到同源基因，求教大神。

@biostar2009 发自小木虫Android客户端
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1楼 2017-03-30 16:09:02
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yudaoqian88

至尊木虫 (知名作家)

不良人

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 薛TAT at 2017-03-31 09:54:31
目前没有基因组，基因数据很少，有办法找到吗
...

那只能看ncbi数据库里是否有你要找的同源蛋白了，不知道你的这个基因在你的材料里同源基因多不多，我们做棉花的，有些基因在棉花里有好几个对应的同源基因，虽然进化关系显示在一个小组里面，但有些分支比较远。如果库里面是它真的同源蛋白，那就可以克隆对应的片段，如果是他同源家族里面别的基因，估计你克隆它也可以做，因为一般一个家族的基因功能往往相似。因为没有基因组数据，这点我不知道是否可以确定。
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特别喜欢家门口开门的瞬间，宝宝那个高兴呀，蹦蹦跳跳，好不热闹！
4楼2017-03-31 11:27:13
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yudaoqian88

至尊木虫 (知名作家)

不良人

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2017-03-30 22:42:19
用ncbi里面的blast，用蛋白比对，提前选择好物种，然后对比，找到和拟南芥对应的蛋白相似性最高的蛋白片段，然后找到cds区，记得看看他的标注里面是否是全长，我只知道这么多啦。不是的话可能要做race。

想想有基因组确实很方便。

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特别喜欢家门口开门的瞬间，宝宝那个高兴呀，蹦蹦跳跳，好不热闹！
2楼2017-03-30 19:21:36
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薛TAT

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yudaoqian88 at 2017-03-30 19:21:36
用ncbi里面的blast，用蛋白比对，提前选择好物种，然后对比，找到和拟南芥对应的蛋白相似性最高的蛋白片段，然后找到cds区，记得看看他的标注里面是否是全长，我只知道这么多啦。不是的话可能要做race。
想想有基因 ...

目前没有基因组，基因数据很少，有办法找到吗

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3楼2017-03-31 09:54:31
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yudaoqian88

至尊木虫 (知名作家)

不良人
引用回帖:
3楼: Originally posted by 薛TAT at 2017-03-31 09:54:31
目前没有基因组，基因数据很少，有办法找到吗
...

希望有别的高手可以给予指导哈！
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特别喜欢家门口开门的瞬间，宝宝那个高兴呀，蹦蹦跳跳，好不热闹！
5楼2017-03-31 11:27:33
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