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薛TAT

新虫 (初入文坛)

[求助] 同源基因,基因定位 已有1人参与

我想找到拟南芥基因在龙葵中的同源基因,在龙葵没有测序的情况下,怎么样有效的找到同源基因,求教大神。

@biostar2009 发自小木虫Android客户端
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yudaoqian88

至尊木虫 (知名作家)

不良人

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2017-03-30 22:42:19
用ncbi里面的blast,用蛋白比对,提前选择好物种,然后对比,找到和拟南芥对应的蛋白相似性最高的蛋白片段,然后找到cds区,记得看看他的标注里面是否是全长,我只知道这么多啦。不是的话可能要做race。

想想有基因组确实很方便。

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特别喜欢家门口开门的瞬间,宝宝那个高兴呀,蹦蹦跳跳,好不热闹!
2楼2017-03-30 19:21:36
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薛TAT

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by yudaoqian88 at 2017-03-30 19:21:36
用ncbi里面的blast,用蛋白比对,提前选择好物种,然后对比,找到和拟南芥对应的蛋白相似性最高的蛋白片段,然后找到cds区,记得看看他的标注里面是否是全长,我只知道这么多啦。不是的话可能要做race。
想想有基因 ...

目前没有基因组,基因数据很少,有办法找到吗

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3楼2017-03-31 09:54:31
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yudaoqian88

至尊木虫 (知名作家)

不良人

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 薛TAT at 2017-03-31 09:54:31
目前没有基因组,基因数据很少,有办法找到吗
...

那只能看ncbi数据库里是否有你要找的同源蛋白了,不知道你的这个基因在你的材料里同源基因多不多,我们做棉花的,有些基因在棉花里有好几个对应的同源基因,虽然进化关系显示在一个小组里面,但有些分支比较远。如果库里面是它真的同源蛋白,那就可以克隆对应的片段,如果是他同源家族里面别的基因,估计你克隆它也可以做,因为一般一个家族的基因功能往往相似。因为没有基因组数据,这点我不知道是否可以确定。
特别喜欢家门口开门的瞬间,宝宝那个高兴呀,蹦蹦跳跳,好不热闹!
4楼2017-03-31 11:27:13
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yudaoqian88

至尊木虫 (知名作家)

不良人

引用回帖:
3楼: Originally posted by 薛TAT at 2017-03-31 09:54:31
目前没有基因组,基因数据很少,有办法找到吗
...

希望有别的高手可以给予指导哈!
特别喜欢家门口开门的瞬间,宝宝那个高兴呀,蹦蹦跳跳,好不热闹!
5楼2017-03-31 11:27:33
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