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许你安然然

新虫 (初入文坛)

[求助] 复合物中的配体是短肽,怎么删除配体,仅保留受体蛋白呢?已有1人参与

如题,新手,刚刚接触分子模拟,看过其他帖子配体都是小分子,如果配体也是蛋白应该怎么删除呢?

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mddock

新虫 (小有名气)

2楼2017-03-23 20:52:14
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hclwonder

新虫 (正式写手)

一般会是两条链chain,选中多肽那条删去再保存即可。找个合适的分子显示软件比如ds的client或者schrodinger的maestro或者其它软件。

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3楼2017-03-23 21:54:59
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许你安然然

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by hclwonder at 2017-03-23 21:54:59
一般会是两条链chain,选中多肽那条删去再保存即可。找个合适的分子显示软件比如ds的client或者schrodinger的maestro或者其它软件。

请问我用pymol选中了后面的一段蛋白,然后删掉了,这样可以吗?原pdb是x-ray得到的,是不是没有水啊?

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4楼2017-03-24 19:15:21
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hclwonder

新虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 许你安然然 at 2017-03-24 19:15:21
请问我用pymol选中了后面的一段蛋白,然后删掉了,这样可以吗?原pdb是x-ray得到的,是不是没有水啊?
...

pymol我不大熟,按说应该可以。x衍射得到的晶体结构不一定没有水,要具体看。

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5楼2017-03-24 19:19:28
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mddock

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 许你安然然 at 2017-03-24 19:15:21
请问我用pymol选中了后面的一段蛋白,然后删掉了,这样可以吗?原pdb是x-ray得到的,是不是没有水啊?
...

在DS里,蛋白晶体数据中的蛋白链,水,DNA,配体等都给你分门别类了,你只需要选中相应的配体,删除就可以了。你不能直接在蛋白图上选中地段删除。

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6楼2017-03-24 19:45:45
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hclwonder

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
引用回帖:
4楼: Originally posted by 许你安然然 at 2017-03-24 19:15:21
请问我用pymol选中了后面的一段蛋白,然后删掉了,这样可以吗?原pdb是x-ray得到的,是不是没有水啊?
...

pymol在display菜单可以选择显示sequence,在sequence选中不想要的peptide,右键remove删除;如果要去掉水(假如有的话),右侧点“A”-“remove waters”即可。
然后file-save molecule,完成。

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7楼2017-03-24 22:42:43
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许你安然然

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by hclwonder at 2017-03-24 22:42:43
pymol在display菜单可以选择显示sequence,在sequence选中不想要的peptide,右键remove删除;如果要去掉水(假如有的话),右侧点“A”-“remove waters”即可。
然后file-save molecule,完成。
...

我就是这么做的,谢谢^ω^

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8楼2017-03-25 11:26:20
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