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许你安然然

新虫 (初入文坛)

[求助] 复合物中的配体是短肽，怎么删除配体，仅保留受体蛋白呢？ 已有1人参与

如题，新手，刚刚接触分子模拟，看过其他帖子配体都是小分子，如果配体也是蛋白应该怎么删除呢？

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1楼 2017-03-23 16:11:35
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mddock

新虫 (小有名气)
选中配体，delete。

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2楼2017-03-23 20:52:14
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hclwonder

新虫 (正式写手)
一般会是两条链chain，选中多肽那条删去再保存即可。找个合适的分子显示软件比如ds的client或者schrodinger的maestro或者其它软件。

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3楼2017-03-23 21:54:59
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许你安然然

新虫 (初入文坛)
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3楼: Originally posted by hclwonder at 2017-03-23 21:54:59
一般会是两条链chain，选中多肽那条删去再保存即可。找个合适的分子显示软件比如ds的client或者schrodinger的maestro或者其它软件。

请问我用pymol选中了后面的一段蛋白，然后删掉了，这样可以吗？原pdb是x-ray得到的，是不是没有水啊？

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4楼2017-03-24 19:15:21
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hclwonder

新虫 (正式写手)
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4楼: Originally posted by 许你安然然 at 2017-03-24 19:15:21
请问我用pymol选中了后面的一段蛋白，然后删掉了，这样可以吗？原pdb是x-ray得到的，是不是没有水啊？
...

pymol我不大熟，按说应该可以。x衍射得到的晶体结构不一定没有水，要具体看。

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5楼2017-03-24 19:19:28
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mddock

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 许你安然然 at 2017-03-24 19:15:21
请问我用pymol选中了后面的一段蛋白，然后删掉了，这样可以吗？原pdb是x-ray得到的，是不是没有水啊？
...

在DS里，蛋白晶体数据中的蛋白链，水，DNA，配体等都给你分门别类了，你只需要选中相应的配体，删除就可以了。你不能直接在蛋白图上选中地段删除。

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6楼2017-03-24 19:45:45
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hclwonder

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
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4楼: Originally posted by 许你安然然 at 2017-03-24 19:15:21
请问我用pymol选中了后面的一段蛋白，然后删掉了，这样可以吗？原pdb是x-ray得到的，是不是没有水啊？
...

pymol在display菜单可以选择显示sequence，在sequence选中不想要的peptide，右键remove删除；如果要去掉水（假如有的话），右侧点“A”-“remove waters”即可。
然后file-save molecule，完成。

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7楼2017-03-24 22:42:43
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许你安然然

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by hclwonder at 2017-03-24 22:42:43
pymol在display菜单可以选择显示sequence，在sequence选中不想要的peptide，右键remove删除；如果要去掉水（假如有的话），右侧点“A”-“remove waters”即可。
然后file-save molecule，完成。
...

我就是这么做的，谢谢^ω^

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8楼2017-03-25 11:26:20
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