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盛夏的记忆

新虫 (初入文坛)

[求助] ZnO建模 关于真空层问题新手请教 已有2人参与

需要建立如下图所示纳米线模型,即Zn48O48要计算态密度和能带结构,按照文献是先建立7×7×2超胞,删掉多余原子,再设置另外两个方向上的10埃的真空层,我的问题是,若先建立超胞,删掉多余原子之后,得到初始模型,但这时打开build,crystal,build vaccum slab这个选项就变灰色不可用了,不能建真空层,到底怎么回事呢?若是建立这种结果具体步骤该怎样呢,谢谢!刚入门实在不懂,还望各位多多指教!

ZnO建模 关于真空层问题新手请教


ZnO建模 关于真空层问题新手请教-1


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zhangfrank

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
盛夏的记忆(蛋蛋小童鞋代发): 金币+5, 谢谢参与,小木虫鼓励积极回答问题者 2017-03-01 08:54:41
用GaN模型试了一下(GaN和ZnO空间对称性一样)

首先:build,crystal,build vaccum slab这个操作只能对surface slab做,也就是你做这步之前必须要先把某个bulk material切割成某个方向的表面,然后在这个表面的法线方向加一定厚度的真空。所以如果你想这么做,正确的方法是:
(1) 先建立超胞,删掉多余原子之后,得到初始模型
(2) 切割(0 1 -1 0)方向表面,在这个表面加上真空
(3) 切割(1 0 -1 0)方向表面,在这个表面加上真空
不过这个办法比较复杂,我尝试了下,可以用下面方法,简便有效:
(1)先建立超胞,删掉多余原子之后,得到初始模型
(2)直接修改晶格常数:build,crystal, rebuild crystal, lattice parameters中把ab晶格常数修改就行。
俩方法得到的结构应该是一样的。

注意:
修改晶格常数,如果直接是右键,lattice parameters,修改ab,那么材料的空间坐标会等比例变化(也就是整体会被拉伸)
build,crystal, rebuild crystal, lattice parameters中把ab晶格常数修改,是材料不变,只改了晶格常数,等价于加真空

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计算顺利点吧
2楼2017-02-28 12:00:19
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lisu555

铁杆木虫 (著名写手)

楼主好:您能将相关的英文文献发出来一下吗?谢谢!
17楼2017-03-03 13:41:54
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普通回帖

盛夏的记忆

新虫 (初入文坛)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhangfrank at 2017-02-28 12:00:19
用GaN模型试了一下(GaN和ZnO空间对称性一样)

首先:build,crystal,build vaccum slab这个操作只能对surface slab做,也就是你做这步之前必须要先把某个bulk material切割成某个方向的表面,然后在这个表面的法 ...

我按照你所说的先导入ZnO结构,直接建了7×7×2的超胞,然后删掉周围多的原子,如下图,晶格参数应该设置多少呢在哪可以查到? a,b代表的是这个框的长度吧?文献中有这样一句话:the supercell contained a vaccum region of 12埃 perpendicular to the nanowire axis.

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3楼2017-02-28 14:44:56
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盛夏的记忆

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 盛夏的记忆 at 2017-02-28 14:44:56
我按照你所说的先导入ZnO结构,直接建了7×7×2的超胞,然后删掉周围多的原子,如下图,晶格参数应该设置多少呢在哪可以查到? a,b代表的是这个框的长度吧?文献中有这样一句话:the supercell contained a vaccum  ...

如下图
ZnO建模 关于真空层问题新手请教-2


ZnO建模 关于真空层问题新手请教-3



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4楼2017-02-28 14:46:45
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zhangfrank

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

白天我在用GaN实践的时候,MS显示跟你发出来的截图是一样的。

晶格参数应该设置多少呢在哪可以查到? a,b代表的是这个框的长度吧?文献中有这样一句话:the supercell contained a vaccum region of 12埃 perpendicular to the nanowire axis.

你第一个图中的22.7A就是你的7x7x2的超胞的晶格常数,也就是你说的这个框的长度。
我觉得你直接改成32.7A就可以了,因为真空只要足够厚就可以(当然,太厚会增加计算量)你从7x7x2中删除很多原子后,删除的部位其实就已经是真空了,所以如果你把22.7改成32.7,相当于有了一定真空(删除原子产生的)+10A真空,肯定就已经足够了
计算顺利点吧
5楼2017-02-28 21:03:12
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盛夏的记忆

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by zhangfrank at 2017-02-28 21:03:12
白天我在用GaN实践的时候,MS显示跟你发出来的截图是一样的。

晶格参数应该设置多少呢在哪可以查到? a,b代表的是这个框的长度吧?文献中有这样一句话:the supercell contained a vaccum region of 12埃 perpend ...

再次请教,关于悬挂键加氢饱和是怎么加呢?手动一个个加么,你知道下图的态密度是怎么计算出来的吗? 好像平常看到的DOS和PDOS图都只有上半部分呢

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6楼2017-03-01 19:19:23
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盛夏的记忆

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 盛夏的记忆 at 2017-03-01 19:19:23
再次请教,关于悬挂键加氢饱和是怎么加呢?手动一个个加么,你知道下图的态密度是怎么计算出来的吗? 好像平常看到的DOS和PDOS图都只有上半部分呢
...

DOS和PDOS
ZnO建模 关于真空层问题新手请教-4



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7楼2017-03-01 19:20:24
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zhangfrank

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by 盛夏的记忆 at 2017-03-01 19:19:23
再次请教,关于悬挂键加氢饱和是怎么加呢?手动一个个加么,你知道下图的态密度是怎么计算出来的吗? 好像平常看到的DOS和PDOS图都只有上半部分呢
...

再次请教,关于悬挂键加氢饱和是怎么加呢?手动一个个加么

嗯 手动一个个在MS中加。一般加的位置是在Zn-O键的键长一半位置
计算顺利点吧
8楼2017-03-01 20:40:14
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zhangfrank

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by 盛夏的记忆 at 2017-03-01 19:20:24
DOS和PDOS

...

ISPIN=2 开自旋 有下一半
计算顺利点吧
9楼2017-03-01 20:40:38
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10楼2017-03-01 20:54:25
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