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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 土壤微生物多样性分析-16S和ITS高通量测序
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lhf903

金虫 (正式写手)

[求助] 土壤微生物多样性分析-16S和ITS高通量测序 已有1人参与

如题，我的课题是土壤微生物多样性，方法是用的高通量测序细菌16S和真菌ITS。

我的问题是后续分析中，PCoA图和NMDS图都会有加权和不加权的，文章中如果加权和不加权的图都放的话，怎么解释比较好，有相关的文章写得比较好的吗，可以推荐我看看。
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1楼 2017-02-15 18:03:17
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yanlijuan

新虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
lhf903(小冀-代发): 金币+6, 鼓励回帖交流 2017-04-15 15:56:17
引用回帖:
6楼: Originally posted by lhf903 at 2017-02-15 22:22:00
那你看到过文章里面加权和不加权都出现的情况吗，能够解释的很好的~...

基本只用一个…你选一个比较能说明问题的，比如pcoa图里x和y轴的R2数值大一点的，或是你的样品在不同处理下区别大一点的（就是group和group直接距离越远的）！其实，正常情况下，两个图的差别不会太大的。这个得看你的选择。图多了反而不好。如果这两个图差别大，就有意思了，这样你就可以两个都放进去，找到问题所在，然后讨论一下。

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7楼2017-02-15 22:33:43
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cloris222

禁虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★
小冀-: 金币+5, 鼓励回帖交流 2017-02-15 19:53:39
本帖内容被屏蔽
2楼2017-02-15 19:41:50
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yanlijuan

新虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
lhf903(小冀-代发): 金币+5 2017-04-15 15:55:30
楼主是用的unifrac作的距离矩阵吗？所以有加权和不加权？随便选一个图就行。PCOA和NMDS也是差不多的unconstrained ordination…RDA是constrained ordination，考虑了处理水平的，不太一样…

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3楼2017-02-15 20:12:04
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lhf903

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by yanlijuan at 2017-02-15 20:12:04
楼主是用的unifrac作的距离矩阵吗？所以有加权和不加权？随便选一个图就行。PCOA和NMDS也是差不多的unconstrained ordination…RDA是constrained ordination，考虑了处理水平的，不太一样…
...

加权和不加权的区别是什么，对加权和不加权的结果分别应该怎么解释~
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4楼2017-02-15 20:58:02
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